Ingénieur Bioinformaticienne - Définitions et autres lexicalités

Le latin et la biologie / bioinformatique

Evelyne Duvernois — Thu, 24 Jul 2008 17:49:00 +0200

En biologie comme en médecine, nous utilisons des mots latins pour exprimer notre pensée. Le latin, ça fait pro, ça fait bien mais surtout quand tout le monde comprend ce que l'on dit.
Je vous propose donc un petit medlay de définitions latines couramment utilisé en biologie et en bioinformatique. J'espère que ceci vous permettra de mieux comprendre ma pensée...

La biologie moderne est une science récente mais qui utilise pourtant des termes latins.

Nous pouvons compter parmi ces termes latins tous les noms scientifiques des organismes. En effet, les organismes portent majoritairement le nom que les naturalistes leur ont donné au moment de leur découverte. Il s'avère que la plupart des organismes ont été découverts alors que le latin était élégamment pratiqué par la communauté scientifique. L'habitude est restée...
Je vous fais grâce ici des exemples compliqués qui ne vous diront sans doute rien. Mais je vous le jure, on s'habitue à appeler le riz, celui que vous manger, Oryza sativa. Je trouve ça très joli. La levure ? Saccharomyces cerevisiae. Un que vous connaissez... si si si... Homo sapiens, l'homme ! Ou encore le poulet, Gallus gallus...

Déjà que nous avons la fâcheuse tendance à parler mi-français mi-anglais...

Quand le latin s'en mêle, voilà quelques exemple de ce que cela peut donner :

In vivo et in vitro

Ces deux termes sont couramment utilisés lors de manipulation, c'est-à-dire d'expériences. On dit qu'une expérience est faite in vivo pour montrer que nous travaillons "dans le vivant" donc à l'intérieur de ou sur l'organisme que l'on étudie. Au contraire, ex vivo ou plus couramment in vitro indique que le travail se faire en dehors du vivant mais "dans le verre" donc dans un milieu artificiel.

In planta

Ce terme est couramment utilisé dans les laboratoires végétalistes. Sa signification précise le in vivo puisqu'il signifie "dans la plante".

In situ

Ce terme est utilisé pour indiquer qu'on observe un phénomène "sur place", sans modification, c'est-à-dire dans son milieu d'origine. A la différence de in vivo où l'on étudie un organisme souvent mort, le travail in situ oblige de garder l'intégrité du système étudié, et donc de travailler sur un organisme vivant. Cette définition fait souvent le lien entre un travail in vivo et un travail in vitro.

In utero

On travaille ici "dans l'uterus" en gestation. On étudie ici un fœtus ou un embryon (l'embryon étant le stade précédent l'embryon dans le développement) directement dans l'utérus de la femelle en gestation. Cette manière de travailler est utilisée souvent en biologie du développement pour comprendre, par exemple, comment se déroule une malformation au cours du développement, ou comprendre les phénomènes entrant en jeu dans une mauvaise gestation.

In silico

En bioinformatique, nous utilisons d'autres termes. En effet, ne travaillant pas sur du matériel vivant mais avec un ordinateur, nous disons que nous générons des données in silico c'est-à-dire "dans le silicium". Cela indique que nous travaillons grâce à des simulations informatiques.

De novo

Ce terme indique la nouveauté d'un élément. Il est un peu compliqué d'indiquer une définition fiable à ce terme car il est très utilisé et de manière différente selon les disciplines. En bioinformatique, il indique par exemple une nouvelle structure 3D d'une protéine qu'on a identifié de manière informatique. Je vous propose de vous référer à un pdf de Pharmaterm rédigé par Diane Bouilhac pour de plus amples explications.

Locus

Le locus d'un gène est l'endroit où il est placé sur le génome. En effet, tous les ATGC et donc les acides aminés sont comptés dans un génome, sur l'ADN des organismes séquencés. Ainsi, on peut indiquer précisément la position d'un gène au sein de tout une génome.

Consensus

Consensus est un terme courant dans la langue française. En alignement de séquences, on parle de séquences consensus pour désigner la séquence que l'on retrouve dans les deux séquences que l'on aligne.

Per se

"Per se" est un terme que l'on retrouve parfois dans les publications qui signifie par traduction directe "par soi". Ce terme n'est pas uniquement utilisé dans le milieu de la Recherche et on retrouve parfois ce terme dans les textes de loi.

Je me ferai un plaisir de compléter cette liste si d'autres termes me viennent.
Bonne lecture et bon latin !

EDIT :
Ajout de in situ, in utero

EDIT 2 : Ajout de in planta

EDIT 3 : Ajout de per se

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies

Evelyne Duvernois — Fri, 21 Mar 2008 09:47:00 +0100

Et voilà, une nouvelle rubrique toute neuve, tout belle, toute fraîche pour que l'on puisse parler ensemble d'un peu plus de la bioinformatique, en particulier du langage utilisé....

Un mot inconnu, une syntaxe incompréhensible, c'est ici que ça se passe et nous allons commencer notre première édition du genre avec ce qu'on appelle les ontologies.

Les ontologies.... Ça fait un peu nom barbare vous ne trouvez pas ? Mais qu'est-ce que ça peut bien être...
En fait, décrire une ontologie, il n'y a rien de plus simples, et ce terme n'est pas limité à l'usage "bioinformatique". Il faut imaginer une sorte de dictionnaire hiérarchisé, qui décrit un ensemble d'éléments de même nature. Trop compliqué ? Je vais reprendre tout ça !

Un peu d'histoire...

Le terme d'ontologie n'est pas récent, puisque ses premières allusions remontent au grec ancien, avec le terme oντος qui signifie : "étude le l'être en tant qu'être" (merci wikipedia)... En clair, une ontologie étudie les propriétés générales de ce qui existe.
Ce terme a alors été repris dans les domaines de l'étude de l'information, donc de l'informatique en générale, où ontologie désigne un ensemble structuré de termes et concepts qui ont un sens autour d'un thème donné. Une ontologie est donc un modèle de données représentatif d'un ensemble de concepts autour d'un sujet donné ainsi que des relations que ces concepts ont les uns par rapport aux autres.

Utilisation d'ontologies, quel est l'objectif...

Les utilisations des ontologies interviennent dans de multiples domaines, du génie logiciel à l'intelligence artificielle, et naturellement, en bioinformatique. Le but est de modéliser un ensemble de connaissances pour un domaine donné. Ainsi, les termes utilisés dans le domaine ne sont pas indépendants des autres, mais les relations entre concepts sont connus et détaillés...
D'après Thomas Gruber, cinq critères permettent de mettre en évidence des aspects importants d'une ontologie :

La clarté : un définition fait sens, doit être objective et la plus complète possible ainsi que documentée
La cohérence : pas de contradiction possible
L'extensibilité : les extensions doivent être anticipées. On ne doit pas interférer dans le fondement d'une ontologie
Une déformation de l'encodage minimal : l'influence de la spécification sur la conceptualisation doit être évitée autant que possible
Un engagement ontologique minimal : une ontologie ne définit que les termes nécessaires, c'est un vocabulaire, elle ne répond pas à toutes les questions du domaine.

Utilisation en bioinformatique

Les ontologies en bioinformatique, ou devrais-je plutôt dire en biologie, sont très utilisées, en particulier pour couvrir le domaine des gènes ou des protéines. En effet, il existe plusieurs façons de décrire la fonction d'un gène. Pour l'une des bases de données les plus connues d'ontologies appelées the Gene Ontology ou GO, il existe 3 fonctions possibles :

la fonction moléculaire ou molecular function : décrit une activité qui intervient au niveau moléculaire
le processus biologique ou biological process : décrit une série d'événements réalisés par un ou plusieurs assemblages ordonnés de molécules
la localisation cellulaire ou cellular component : décrit les composants cellulaires, d'un organite à tout un organe

Chaque gène ou protéine a donc une ou plusieurs fonctions au niveau de ces "types de fonction".

Par exemple, en prenant la protéine ACTN1: Alpha-actinin-1 humaine, on trouve plusieurs fonctions possibles :
source : screenshot d'un résultat de recherche sur Actin, filtre H. sapiens, par le Browser AmiGO de la Gene Ontology. Le résultat a été coupé pour des problèmes de place et de visibilité du résultat.

Deux relations entre les termes sont possibles sous GO : part_of ou is_a décrivant l'existence de sous-classes, avec pour particularité pour part_of que l'élément primaire n'est pas forcément présent dans l'ontologie. Ces relations peuvent être représentées sous la forme d'arbres comme celui présenté plus bas, pour une recherche sur l'activité omega12-desaturase dans les biological process (n° GO : GO:0042389).

En espérant que ce petit "intermède technique" vous a plu, je vous souhaite une bonne continuation de lecture de mon blog...
A bientôt pour de nouvelles aventures !