Une ingénieur ingénieuse en bioinformatique... - Ma vie, mon métier... - Commentaires

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Evy

Evy — Sun, 17 Aug 2008 11:21:21 +0200

@ Noureddine

La mission d'un ingénieur base de données serait intéressant dans la mesure où ce blog serait dédié à l'informatique générale. Or le but ici est de faire découvrir mon métier en général et les différentes missions que l'on peut donner à un bioinformaticien. Je n'ai pas pour vocation ni ambition de me présenter en tant qu'informaticienne pure et dure, je ne le suis en aucun cas. Je suis bioinformaticienne et cette catégorie avait pour vocation première de faire découvrir les différentes facettes de mon métier...

En espérant avoir pu te répondre...

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Noureddine

Noureddine — Sat, 16 Aug 2008 12:01:01 +0200

Je crois qu'il vaut mieux parler de la mission de l'ingénieur de base de donnée en général.

Ma vie, mon métier.... : La prédiction de structure... - omaima

omaima — Wed, 21 May 2008 21:13:08 +0200

changer ma vie

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Thu, 03 Apr 2008 15:29:50 +0200

Je viens de déjeuner avec lui. je lui ai parlé de votre demande. Contactez-le (kupiec@canoe.ens.fr). Oui je suis au tel avec lui, il se souvient de vous.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S

Wed, 02 Apr 2008 17:59:04 +0200

Je suis heureuse d'avoir de ses nouvelles (à JJK). J'espère qu'il trouvera l'équipe et les financements pour faire ces travaux qui sont d'un grand intérêt. Passez lui le bonjour de ma part (Saloua Zrioual) : il comprendras

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Mon, 31 Mar 2008 16:04:50 +0200

1. Pour Evy et les autres, je vous conseille de faire un tour sur le blog (nouveau) de Thomas Heams. Thomas est un jeune biologiste (dont JJK était le directeur de thèse) plein de talent, de finesse et de bonne humeur. Son blog est à la fois sérieux sur le plan scientifique et plein d'humour. http://www.mediapart.fr/club/blog/t...

2. Pour S. A ma connaissance, JJK n'a pas à proprement parlé fait des travaux expérimentaux à partir de son nouveau modèle, si ce n'est la simulation qui a permis la publication de l'article que vous citez. Et si j'ai bien suivi, la thèse de Thomas tournait autour des travaux de JJK. Par contre des chercheurs en France et ailleurs ont commencé depuis à expérimenter, notamment un chercheur du côté de Toulouse. Vous pouvez toujours contacter JJK à l'ENS (Centre Cavaillès). C'est un type charmant, une espèce de professeur Tournesol qui fait pas loin de 2 mètres de haut, avec un humour décalé et parfois corrosif. Bien que je le considère comme un Copernic de l'embryogénése, (il sait que je pense ça de lui, c'est un de nos sujets de conversations favoris) il est abordable, humainement c'est un bon gars et il fait de très bons sandwichs juifs d'Europe centrale (c'est ce qu'il me fait à manger chaque fois que je vais papoter avec lui à midi. J'aimerais bien autre chose mais bon, ça lui fait plaisir !) . Quand son nouvel opus sortira (à l'automne sans doute) je préviendrais; Je viens de relire le manuscrit, avant de lui en rendre compte, je peux dire sans déflorer que ça va faire du bruit dans les labos et pas seulement de biologie.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Wed, 26 Mar 2008 21:57:51 +0100

Bonjour Robert,
Est-ce que vous sauriez si JJK fait des travaux expérimentaux? (cf. possibilité de post-doc en biologie)

Merci. S

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evy

Evy — Mon, 24 Mar 2008 07:47:39 +0100

Merci beaucoup pour l'info Robert. Je vais regarder tout ça dès que ça sera sorti...
Je suis pour le moment trop "overbookée" pour pouvoir me pencher sur le sujet avec suffisamment de concentration mais dès que cette période se calme, je m'y intéresserai avec le plus grand plaisir.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Sun, 23 Mar 2008 15:10:23 +0100

JJK va bientôt publier un nouvel opus sur ses travaux. Il m'a fait l'honneur d'en être le premier lecteur mais il m 'a demandé la discrétion. Donc à suivre, publication à l'automne. Sinon, à l'ENS, s'est tenu fin janvier un colloque passionnant et riche dont l'intitulé était "Le hasard au coeur de la cellule". Les actes de ces colloques sont généralement publiés un an après chez Syllepses. L'année dernière c'était "Modèles, simulations, systèmes" et les actes ont été publiés en février de cette année, toujours chez Syllepses. http://www.syllepse.net/

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Thu, 13 Mar 2008 05:43:28 +0100

Bonjour Evelyne,
Je partage votre intérêt pour le sujet, même si ça n'est pas (encore) mon domaine de prédilection. Ma thèse porte sur les mécanismes inflammatoires (vaste sujet) dans le cancer et les maladies autoimmunes. Je m'oriente pour ma recherche de post-doc sur des approches globales et transversales en biologie des systèmes (modélisation, émergence, auto-organisation...) : j'aimerais avoir une forte formation en biologie théorique pour à terme travailler dans une équipe pluridisciplinaire.
Je suis également sur la région Rhône-Alpes. Concernant vos recherches, avez-vous été voir du coté de Hélix-bioinformatique?

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 12 Mar 2008 07:49:40 +0100

Merci Robert et S. pour vos commentaires qui font sens... Je ne vois qu'une conclusions à vos commentaires : il va vraiment falloir que je me penche sur les travaux de JJK un peu plus sérieusement.

Il est vrai que je ne fais pas de phylogénie pour le moment, et que donc j'ai laissé ce domaine dans un coin de ma tête. Toutefois, et pour mon plaisir personnel, je vais dès que possible sortir les publi de JJK et comprendre un peu mieux tout son travail...

Merci encore à vous 2...

Pour S., je ne sais pas sur quoi porte exactement votre thèse mais je me ferais un plaisir de communiquer votre mail à qui pourrait vous proposer un post-doc.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Tue, 11 Mar 2008 20:26:37 +0100

Bonjour,
Je ne sais pas si c'est un espace de discussion privé...
J'avais assisté il y a 2 ans à la présentation des travaux de JJ Kupiec sur Paris; Après la parution de l'article "Modeling embryogenesis and cancer: an approach based on an equilibrium between the autostabilization of stochastic gene expression and the interdependence of cells for proliferation" dans Prog Biophys Mol Biol. 2005 Sep;89(1):93-120, il parlait d'entamer des validations expérimentales de son modèle de hasard-sélection. Pour ma part, j'ai trouvé tout cela très intéressant.
Quand on parle de la théorie Darwinnienne de l'évolution, on se place à des ères géologiques non accessibles à l'expérimentation, et finalement, même si la théorie fait consensus dans la communauté scientifique, la démarche scientifique de validation reste impossible. C'est peut-être en cela que cette démonstration au niveau moléculaire de la validité ou plutôt "viabilité" du modèle de hasard-sélection est d'un intérêt majeur dans le cadre de la théorie de l'évolution. ... Même si l'on admet que la complexité des êtres vivants n'a d'égal que la complexité des mécanismes mis en jeu.
Ce modèle est aussi très informatif lorsque l'on aborde les mécanismes mis en jeu dans les processus de différentiation cellulaires, l'exemple par excellence étant l'embryogenèse. En fait, en réfléchissant à l'époque à cela, j'y voyais l'explication plausible de certaines observation telles que la différentiation des cellules T, qui à leur état naif expriment les récepteurs de chimiokines et marqueurs de voies de différentiation Th1 ET Th2, puis au fur et à mesure de leur différentiation, se "stabilisent" en réprimant l'une des 2 voies... Y'a pleins d'exemples comme ça.

En fait, je suis en train de finir ma thèse et suis en recherche d'un post-doc avec qq idées de recherches fondamentales, et d'être tombée sur votre site, ben, ça donne qq idées... (Merci). Je laisse mon adresse email au cas où, car je suis intéressée par l'avancée de ses travaux

Ma vie, mon métier.... : La prédiction de structure... - Véronique

Véronique — Wed, 20 Feb 2008 21:59:20 +0100

Je repasse par ici pour t'indiquer un lien qui pourrait t'intéresser, trouvé sur BaM (Blog à Moua) sur sciences et blogs:
http://bloguamoua.blogspot.com/2007...

Ma vie, mon métier.... : La prédiction de structure... - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 20 Feb 2008 11:31:25 +0100

Merci beaucoup Véronique...
Disons qu'on fait ce qu'on peut... et qu'on essaye de faire partager ce qu'on aime

Ma vie, mon métier.... : La prédiction de structure... - Véronique

Véronique — Wed, 20 Feb 2008 11:00:31 +0100

Merci Evelyne, tes billets sont passionnants. De vrais articles scientifiques.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Tue, 19 Feb 2008 08:32:36 +0100

Bonjour,
C'est Véro qui m'a signalé votre blog, afin que je vous dise l'importance de l'informatique dans les travaux de Kupiec. D'abord, et je ne vous apprendrais rien, ils ne le sont pas plus chez lui que dans l'ensemble des recherches en biologie ou autres -voir BleuGene/P le supercalculateur que vient d'acquérir le CNRS-. Dans le cas de Kupiec, comme dans de nombreux cas en recherche fondamentale, l'importance réside dans la possibilité d'élaborer des simulations à partir d'un modèle (c'est bien le travail de BlueGene/P). Je vous renvoies à la publication du colloque annuel de 2007, que nous tenons chaque années à l'ENS. Publié par les éditions Syllepse ; il portait justement sur la modélisation en biologie. Dans le cas de JJK, la simulation informatique élaborée avec un physicien du CNES, a tout simplement permis de "vérifier" la validité du modèle "hasard sélection" et "l'expression stochastique du gène", que JJK trimbale dans sa tête et dans ses travaux depuis 30 ans, sans avoir eu jusque là les moyens financiers de le tester en labo. Je ne vous apprendrais rien en rappelant qu'une simulation informatique ne remplace pas la paillasse et ne peut que permettre l'élaboration d'un protocole expérimental en laboratoire. C'est d'ailleurs ce qui se passe dans plusieurs labos dans le monde, depuis que JJK a publié son article rendant compte des résultats de la simulation. Voilà. Si vous voulez plus d'information sur le travail de JJK, n'hésitez pas à me solliciter.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Véronique

Véronique — Tue, 12 Feb 2008 17:57:08 +0100

Merci Evelyne d'avoir répondu si précisemment.
Oui, je parlais de JJ Kupiec; si tu as l'occasion de le lire, c'est très intéressant; et il travaille avec un informaticien sur la théorie qu'il développe; je ne veux pas te dire de bêtises, je reviendrai avec une info précise!

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Tue, 12 Feb 2008 08:26:37 +0100

Les calculs de génération d'arbre que je présente ici sont assez anciens, et se fondent sur des méthodes statistiques "anciennes"...

L'inférence bayésienne se base sur le théorème de Bayes qui date de fin 18ème Siècle. Le maximum de vraisemblance a été développé au début du XXème siècle.

Par contre, je ne sais pas de quand date leurs applications à la génération des arbres phylogénétiques, mais je dirais que c'est assez récent, comme la phylogénie. Il faut aussi considéré que je parle ici de méthodes "classiques" et que d'autres sont développées chaque jour...

Ce tout dernier paragraphe était une ouverture, et je simplifie ici grandement les choses... Avec la phylogénie, il est possible de retrouver l'histoire évolutive des protéines. Si on considère un virus qui attaque un homme, des protéines virales sans aucune histoire "humaine" (pas trouver dans le génome de l'homme) pourront être la cible de médicaments. Le résumé est très rapide et les puristes m'en voudront sans doute mais c'était surtout pour indiquer que la phylogénie est une science qui peut aider la médecine, du moins dans une certaine mesure...

Pour Kupiek, est-ce que tu parles de Jean-Jacques Kupiec ? Biologiste ayant écrit sur la théorie de l'évolution ?
Si oui, effectivement, je connais un peu... mais peu... Je crois savoir qu'il propose que le hasard joue un rôle dans l'évolution. Sa théorie est fondée surtout sur le développement embryonnaire, et je n'en ai fait que peu dans mon cursus universitaire. Je dois donc admettre que mes connaissances sont loin d'être suffisantes pour adhérer à l'une des deux parties ici, d'autant plus que je n'ai pas lu les écrits de Kupiec.
Toutefois, je suis partisane du fait que la biologie est loin d'être une science immuable et que c'est par le développement de théories que la science avance... Alors pourquoi pas, à lire ! :D

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Véronique

Véronique — Tue, 12 Feb 2008 07:34:57 +0100

Passionnant billet.
Juste, deux, trois questions: à quand remontent les programmes utilisés pour obtenir les calculs sur la génération des arbres?
Ton tout dernier paragraphe: je ne comprends pas très bien?
Et enfin, connais-tu les travaux de Kupiek?

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 06 Feb 2008 07:52:08 +0100

Véronique
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Pour ce qui est des bases de données "françaises", je ne connais que celles développées au sein même d'un laboratoire pour utilisation personnelle, et encore.
En effet, l'usage veut que tout soit en anglais, à la fois par habitude mais surtout parce que tous les collaborateurs d'une équipe ne sont pas forcément francophones.

Florent
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Merci beaucoup de ton soutien... J'espère pouvoir développer ce blog de mieux en mieux