Une ingénieur ingénieuse en bioinformatique...

Blog relooké et CV rénové

Evelyne Duvernois — Mon, 15 Mar 2010 20:34:00 +0100

Comme certains s'en sont sans doute aperçu, il paraît que janvier c'est fini. Il paraît même que c'est fini depuis presque 2 mois.
Piouf, comme le temps passe vite !

Tout ça pour dire j'ai été très occupée ces derniers temps. Et voilà à quoi : mon nouveau CV et la préparation à des candidatures. En effet, mars est arrivé (oui oui déjà, je m'y fais toujours pas) et avec lui le début de la saison des candidatures ITA (ingénieurs, techniciens et administratifs). Je suis donc en plein dossiers. Comme dirait ma maman, "si tu postules pas, t'auras pas le poste", donc je postule ! Oui, ma maman elle dit toujours des trucs super logiques.

En outre, et comme je suis prévoyante, je prépare aussi CV et lettres de motivation pour postuler à d'autres postes que dans la fonction publique. En ce qui concerne mon CV, vous avez déjà eu un avant goût ici. Depuis, il a pas mal progressé en particulier grâce à Pauline. Pauline m'a gentiment proposé son aide pour revoir et corriger mon CV. Après de nombreux échanges par mails interposés, nous sommes arrivés à ce que vous pouvez voir ici.

Comme on me l'a fait remarqué la dernière fois, il aurait été bien de garder la charte graphique pour mon blog et mon CV détaillé. Pour le CV détaillé, on verra plus tard, mais pour le blog, c'est maintenant d'actualité. J'espère que ça vous plaît.

Comme la dernière fois, toute remarque est la bienvenue.

Petit détail qui a son importance, mon CV fait 2 pages. Oui c'est pas bien. Oui il faudrait qu'il fasse un page. Oui mais (ouh ça ma maman elle n'aimerait pas les "oui mais" qui ne veulent rien dire).
J'ai choisi de faire un CV évolutif. La page 2 correspond à une annexe uniquement nécessaire au monde de la recherche publique. En effet, la recherche publique demande des référents quasiment obligatoirement (d'où le fait de les mettre directement dans le CV - ça fait gagner du temps à tout le monde) et demande aussi la liste des communications, séminaires, workshops, conférences, et formations que l'on a assurés. Cette partie n'est ni exigée ni requise pour une candidature en privé. Ainsi donc, pour une candidature en privé, je n'envoie que la page 1.

Mission à l'étranger et remise en question

Evelyne Duvernois — Thu, 28 Jan 2010 21:43:00 +0100

La vie du bioinformaticien en milieu académique, n'est pas toujours de tout repos. Comme tout bon ingénieur qui se respecte, il nous arrive parfois de traverser quelques montagnes pour aller voir si l'herbe n'est pas plus verte dans le champ d'à côté. En l'occurence, c'est ce que j'ai fait la semaine dernière, avec un petit aller-retour rapido pour Gand, en Belgique.

Gand, c'est pas très grand, mais c'est très beau et ça a une très grande université. Voilà donc le pourquoi du comment, j'y suis allée pour consulter des collègues flamands (logique) et français (aussi logique) à propos de mon projet. En effet, je vis ~~professionnellement~~ au quotidien assez seule, mon équipe "bioinfo" étant constituée de moi et d'une autre personne venant à peine de se mettre sur mon projet. En clair, si je vais dans le mur, j'y vais seul et à pleine vitesse.
Il est donc essentielle pour moi de me confronter à la réalité de la bioinformatique actuelle, à ce qui s'y passe, à ce qu'on y fait, et surtout à comment on le fait. C'est ce que le labo que je suis allée visiter pouvait m'apporter : voir comment une équipe, une vraie, une forte, avec des muscles et de la sueur pouvait faire, quand elle est composée de 50 personnes. Et ben, ce qu'on peut dire, c'est que ça brasse ! Oh ça oui alors, et pas qu'un peu !

En ce qui concerne mon projet, le verdict est donc tombé. Mes méthodes ne sont pas moyen-ageuses, mais un peu de sang neuf (comprendre idées neuves), ça fera pas de mal. Bien au contraire, j'ai rarement autant appris en si peu de temps sur les méthodes bioinfo modernes. Dingue à quelle vitesse les idées fusent, comment les gens ont une facilité déconcertantes pour dire entre 2 phrase "bon je crois que Mr X va pouvoir t'aider, attends il est là, je l'appelle"... J'ai rarement croisé autant de monde en si peu de temps, tous étant prêt à m'apporter un petit peu de leur temps précieux pour m'aider. En l'espace de quelques heures de travail, aggrémentée de quelques pintes... de coca (et oui, dommage !), me voilà avec un pipeline tout neuf, des idées plein la tête, des procédures à suivre comme jamais.

Verdict de l'opération, 2 jours absolument pas perdus mais usants. Il faut encore que je me "recentre sur moi-même" pour passer de l'abstrait au concret. Est-ce que tout ça va s'ajuster à mon projet ? C'est encore à voir. Il faut réfléchir. Ce que je retiens surtout, c'est que ça fait du bien au moral de voir ce qu'une vraie équipe bioinfo, qui coexiste physiquement ensemble, qui discute, qui interagit, peut faire sur un même projet.

Nouvelle recherche, nouveau CV

Evelyne Duvernois — Wed, 13 Jan 2010 10:18:00 +0100

Me voilà donc repartie pour de nouvelles aventures en recherche d'emploi.
Et oui, avec 5 mois devant moi, il est temps de se mettre au travail, et de commencer à refaire ses dossiers de candidature. Pour cela, l'étape 1 c'est le CV. Voici donc la nouvelle version du mien. Il reste encore 2/3 petites choses à modifier mais n'hésiter pas à me faire tous les commentaires constructifs sur celui-ci.

Lien vers mon CV en PDF, version décembre 2009. Il est aussi accessible au niveau du bandeau à droite de ce blog.

J'en profite aussi pour vous faire part de l'ouverture de mon CV détaillé sur http://evelyne.duvernois.free.fr/.

Bonnes résolutions

Evelyne Duvernois — Wed, 13 Jan 2010 07:52:00 +0100

Et voilà, nous avons passé le cap de 2010 depuis quelques jours déjà (oui oui 13 je sais). Je ne vous dirais pas que ce que c'est que de passer dans cette nouvelle décennie parce que la matheuse bien cachée au fond de moi sait que les décennies, comme le reste d'ailleurs, ben ça commence à 1 et pas à 0 (donc 2011 pour le petit curieux).

Enfin bref, il est temps pour moi de vous faire découvrir mes bonnes résolutions pour l'année, que je tiendrai ou non, mais en tout cas, j'essaierai ! Je sais bien que c'est un peu kitch, "has-been", mais moi j'aime bien mes résolutions... Je disais donc : Je promets solennellement, sur la tête de mon Pluche ~~mon nounours adoré~~ de :

Arrêter de fumer : Ca c'est ma résolution de chaque année. Comme je ne fume pas, celle là, je la tiens bien
Chercher un emploi en temps et en heure : c'est-à-dire incessamment sous peu, mon contrat finissant début juin. Un CDI serait la perle rare en privé, mais je ne suis pas encore assez blasée pour ne pas chercher un poste CDD en publique. CNRS, CEA, INRA & co, si tu m'entends...
Passer les concours de la fonction publique : avec le veto qu'il faut avoir un poste qui me correspond. Soit dit en passant, les considérations géographiques n'entrent en ligne de compte, vu qu'un changement de région de nous déplairait pas tant que ça à moi et à mon mari (voir le petit quizz de Région Job... On était une réponse ! J'ai rarement été une réponse dans ma vie, donc c'est à noter !)
Prendre du temps pour moi : ce qui implique de ne pas passer tout mon temps libre entre linge et cuisine, mais aller au resto par ci par là en amoureux. Après presque 1 an, ce fut hier et ça fait du bien !
Préparer notre rêve professionnel à 2 : mais ça, je ne vous en parlerai que quand tout sera formalisé. Et c'est pas pour tout de suite, malheureusement....

Bon, voilà pour mes résolutions 2010. Peut-être vais-je en rajouter par ci par là si j'ai d'autres idées. Je préfère en avoir plein, histoire de se dire qu'on a réussit à tenir au moins 50% d'entre elles.

Bonne année à tous, que vos vœux se réalisent. Profiter bien de cette dernière année de la décennie. Comment ça je remets encore ça sur le tapis ?

Cher Père Noël

Evelyne Duvernois — Tue, 15 Dec 2009 19:41:00 +0100

Mon cher Père Noël
Voilà 25 ans que nous nous connaissons tous deux et cela fait 25 ans que notre relation perdure au delà des hivers. C'est un peu comme si notre attachement mutuel était lié à mon existence propre. Oh non ne t'inquiète pas, mes 25 ans sonnant ne vont pas me faire sombrer dans le mélo, quoi que...

Père Noël, si je t'écris, et Dieu sait que je ne t'ai pas écrit souvent, c'est que cette année, je pense avoir été suffisament sage pour te demander 2/3 petites choses. Je ne parlerai pas ici du vœu annuel faits par chacun qu'est la Paix et l'Amour sur Terre, nous savons tout deux que cela n'est pas en ton pouvoir. Parce que oui, si tu le pouvais, ça ferait bien longtemps que tout cela serait balayer comme un coup de pichnette dans un boulet au milieu de la cour de récré. Donc non, je suis parfaitement consciente, que ça, même si tu voulais, ben tu peux pas !

Non, ma lettre ici est beaucoup plus égoïste, je pense à moi.
J'ai eu une année pleine de rebondissements, de tragédies mais aussi de grands bonheurs. Bref, tout ce qu'il y a de plus commun. Cela n'a pas été tous les jours faciles mais je m'en sors plutôt bien, et je serais même des plus chanceuses parmi tous. Pour autant certaines choses me manquent et je sais que ça, ben c'est dans ton pouvoir de me les apporter. Je te ferai donc une petite liste non-exhaustive de ce qui me ferait plaisir. Ne tient pas compte de l'ordre, je jette sur le papier mes idées du jour. Ne t'inquiète pas déjà , promis, je ne te demanderait pas le plus gros diamant du monde, c'est bien trop lourd à porter... Je disais donc :

des mitaines, parce que mon bureau bien que chauffé, ben il est froid !
un arrêt des grèves dans le RER, parce que oui, je prend le train la semaine prochaine, et j'aimerai pouvoir accéder à la gare sans trop de dommages.
un travail pour juin, de préférence un CDI mais je ne vais pas trop t'en demander. Tout ce que tu trouveras me conviendra, si tant est que cela porte sur la bioanalyse, parce que quand même, faut pas déconner ! On va dire que ça, c'est la priorité du moment.
une maison pour construire une petite vie de famille... En l'occurrence, pour mes lecteurs, je lance un EvyThon... toute participation est la bienvenue, argent liquide, chèque, visa, mitaines, tout convient ! Le déménagement en région parisienne a quelque peu décalé les échelles de valeurs. Bizarre...
un gros pull polaire qui va de paire avec les mitaines, parce que mes pulls en laine, ben ils sont parti faire le lustrage de l'armoire. J'en avais marre de laver des trous !

Bon voilà , je te rajouterai peut-être quelques petites choses, si j'y pense d'ici le 25. Mais tu vois, globalement, ce n'est pas hors de ta portée, tu es le Père Noël après tout.
Et sinon, est-ce que Comète va mieux ? Je sais qu'il est assez sensible quand tombent les premières neiges en Europe...

C'est Nowel

Evelyne Duvernois — Wed, 09 Dec 2009 20:39:00 +0100

Et j'ai mis mon petit costume pour noël, enfin mon header ! J'espère que ça vous plaît.

Je prévois d'autres "aménagements" dans mon petit appartement, mais pour le moment, tout ça reste dans ma tête. Parce que oui, j'ai beau savoir bidouiller en toshop, je ne fais que "bidouiller" et je n'ai pas assez de connaissance pour faire plus que bidouiller. D'un autre côté, je suis fière de mon header que c'est moi qui l'ai fait toute seule, na !

En outre, je n'ai pas beaucoup de temps en ce moment. Je suis assez prise côté boulot pour préparer 2010, ou plutôt pour finir l'année 2009 en beauté. Bref, je suis assez occupée par mon mode "biblio" ! J'espère que personne ne m'en tiendra rigueur.

Aller zou je me sauve. Bon achat de cadeaux, et on se retrouve vite pour que je vous fête de bonnes fêtes... (oui parce que c'est pas encore là et tok).

La bibliographie, c'est toute une histoire

Evelyne Duvernois — Thu, 03 Dec 2009 20:39:00 +0100

Salut ninternaute. Comment tu vas en ce premier jour de décembre ? Déjà en pleines courses de Noël ? Tu as déjà sorti le sapin ?

Cela fait un petit moment maintenant que je n'ai pas parlé de mon travail, du moins de manière concrète. J'ai décidé de pallier ce manque aujourd'hui en parlant d'une étape essentielle à mon travail, et essentielle au travail de bien de mes collègues : la recherche bibliographique.
Habituellement, ce n'est pas la partie préférée du boulot, loin s'en faut, mais on n'y coupe pas. Y'a des choses comme ça, qu'on aimerait laissé au lendemain, mais une petite voix venue du lointain, du plus profond... du couloir... sous la forme d'un chef, te dit qu'il faut bien que tu t'y colles !

La biblio c'est rigolo mais c'est long !

Quand on parle bibliographie, plusieurs réactions viennent. La première c'est un "pouah" du chercheur qui sait de quoi il parler. La seconde est un "ben et alors ?" des personnes ne sachant pas trop en quoi cela consiste. La bibliographie est, je pense (et ceci n'engage que moi), une activité à part entière dans le travail du chercheur. Un chercheur, c'est savant, c'est intelligent, mais pour le devenir, il a fallu étudier dur. Et au même titre que l'on étudie à l'école, la vie du chercheur consiste encore et toujours à s'instruire.
Alors là, je pense que tu te demandes ce que c'est réellement faire de la bibliographie, "chercheusement parlant". Parce que toi oui, tu as ouvert un bouquin ou deux dans ta carrière, mais tu n'en fais pas tout un flan aux pruneaux. Et bien c'est tout simple à expliquer, un peu moins à faire. Faire sa biblio, c'est rechercher tout (le plus possible) ce qui a été publié précédemment sur un sujet de recherche. Et suivant son projet, on remonte plus ou moins loin.
Exemple concret, pour mon travail actuel, je remonte à une petite quinzaine d'années pour chercher des algos (j'en parlerai une autre fois si j'ai le temps), et pour mon projet grenoblois, je remontais des fois aux années 50...

Utilité et nécessité

Pour se plonger dans un sujet de recherche, il faut déjà connaître ce que la communauté sait déjà sur le dit sujet. Une recherche bibliographique s'impose. Mais ce n'est pas le seul cas. Au contraire, bien qu'un projet soit avancé, nous lisons encore et toujours. Pour résumer, voilà quelques petites choses que la biblio permet :

ne pas réinventer la roue ou de voir si on ne s'est pas fait couper l'herbe sous le pied (une équipe plus rapide)
ne pas foncer dans le mur quand quelqu'un s'est déjà fait mal au nez (certains "non-résultats" sont en effet publiés)
aller trouver des contacts (rencontrer des équipes qui ont un projet similaire, histoire de s'associer, ou de confronter ses résultats, de récupérer du matériel...)
voir les progrès techniques : exemple une nouvelle méthode révolutionnaire de purification de protéines qui en 3 tours de manivelle, vous sort votre prot purifiée à souhait en grande quantité (on peut toujours rêver...)

La bibliographie fait donc partie intégrante du travail de recherche. Nul projet ne s'ouvre sans qu'une recherche approfondie n'ait lieue. Et nul projet n'est mené sans une recherche de ce qui est publié au quotidien sur le sujet.

Techniquement, c'est faire quoi ?

Le développement d'internet a quelques peu révolutionné la recherche bibliographique. Jusque dans les années 2000, beaucoup de revues étaient accessibles via un abonnement papier. Depuis des années maintenant, ces revues sont accessibles en ligne (encore faut-il avoir un abonnement, cela va s'en dire). Mais qui dit internet, dit amas de données.

Pour faire le tri dans tout cela, il existe plusieurs outils de (i) recherche bibliographique (ii) de gestion de cette biblio (ben oui, faut citer ses sources, comme pour le reste). Je survole ici volontairement car une description détaillée mériterait des billets à part entière.

Pour la recherche biblio, on fait le plus souvent appel (je parle ici de mon milieu, la biologie), à l'outil PubMed/MedLine accessible au NCBI (National Center for Biotechnology Information - UK). Il permet par des requêtes, de rechercher une publication d'un auteur particulier ou sur un sujet particulier. GoogleScholar en version bêta peut être aussi utilisé, mais moi, je ne l'utilise que rarement ~~à tord?~~.

En outre, la majorité des revues donnent un accès à de jolis petits flux RSS pour récupérer la liste des publications au moment de leur sortie. Vive donc les agrégateurs de flux, je vous laisse choisir votre petit préféré de la liste.
Pour la gestion de votre biblio, les chercheurs font souvent appel à EndNote (payant), les "bioinformaticiens" préférant un outil en ligne et gratuit appelé CiteULike.

Après, de savoir que les uns préfèrent le sur-lignage intempestif jaune (ça c'est moi) ou le soulignement rouge, que certains font des fiches de lecture, que d'autres pas, et je passe sur les méthodes de rangement (fiches plastiques ou chemises en vrac ?)... on va dire que c'est du détail...

LE CNRS au top

Evelyne Duvernois — Tue, 03 Nov 2009 20:01:00 +0100

Y'a des jours comme ça où on ne regrette pas de lire des blogs à la pause de midi.

Je viens de découvrir sur le blog Sciences de Libé que le CNRS a été classé en première position des institutions scientifiques du monde par le rapport 2009 de SCImage. Oui oui, rien que ça !
Pour la faire courte, SCImago est un groupe de recherche espagnol et portugais. Il étudie les activités de recherches en cartographiant et en classant la crème de la crème des universités et institutions de recherches. Pour 2009, ces études sont basées sur la période 2003-2007. Les études s'intéressent à 84 pays des 5 continents, pour 5 secteurs de recherche : gouvernement, éducation supérieure, santé, industrie et autres.

Et voilà, le CNRS français, le nôtre, ben il est premier et tok ! Alors quand on repense à notre gouvernement qui veut de l'élite et donc restructurer tout ça pour coller au classement Shangai...

Pour voir l'article de Sciences complet, c'est ici.
Pour le rapport 2009 de SCImage, c'est ici
Et pour comparer avec le Shangai 2009, c'est ici

Retour aux réalités locomotrices

Evelyne Duvernois — Mon, 02 Nov 2009 09:48:00 +0100

Après une petite semaine de reprise, tout semblait aller pour le mieux dans le meilleur des mondes. Avec les vacances de Toussaint (ouhhhhh Halloween...), la densité de population parisienne avait quelque peu baissée. On avait 2 sièges par personnes dans les RER, on ne se bousculait plus pour sortir, on arrivait même à l'heure ! Bref, le paradis, l'eden du transport en commun.

Mais tout a changé avec le nouveau mois. Novembre s'annonce pluvieux, noir, sale... et bondé !

Ce matin, tout avait bien commencé. A l'horizon, point de petits nuages griseux annonçant les galères RATP, mais une petite pluie qui me fit sortir mon bonnet pour la première fois de la saison. Certes, le froid n'est pas encore piquant, mais la protection du brushing, ça compte ! Mais là, tel le chevalier noir sortant du côté obscur de la force de la SNCF, mon train, qui certes partit à l'heure, arriva... en retard. Et là, catastrophe. Mon bus était parti sans moi, le vilain. Pfff, il part normalement à 15, et moi je suis arrivée à 17... il aurait pû m'attendre, il sait bien que y'en a qu'une qui court tous les matins, et d'habitude, il ferme les portes après moi. Bon ok, c'est normal.

Et me voilà donc prise par l'indécision la plus totale. Trop tard pour l'autre RER, prochain bus dans 25 minutes. Mais que vais-je faire ?

Et là, telle une épiphanie dans le cerveau, une idée me vint. Je vais prendre mon bus à l'arrêt du centre-ville et marcher un peu. Il fait beau, il ne pleut plus et ce n'est pas bien loin. Et me voilà donc partie, non sans une idée encore plus précise dans la tête, me dirigeant vers mon saint grâal à moi, celui que je souhaite atteindre depuis cet été sans qu'il m'en fut possible.

Arrivée en centre-ville de ma ville "château", c'est d'un pas plus que décidés que je me suis dirigiée vers la "star des gazelles" (ça c'est pour ne pas citer de marque... je sais je suis très subtile parfois) pour prendre mon saint grâal, mon Grand Frappuccino caramel. Ca au moins, c'est du remontant !

Après tout, la journée n'a pas si mal commencer...

Mon événement de l'année... ça c'est fait

Evelyne Duvernois — Tue, 27 Oct 2009 13:41:00 +0100

Oh là là, mon ninternaute. Non, ne me regarde pas comme ça avec ton oeil de merlan pané à la bordelaise. Oui, j'ai laissé s'empoussiérer ce blog mais non, je ne t'ai pas abandonné. Tout de suite les grands mots. Non franchement, est-ce que je t'ai déjà laissé sans nouvelles pendant des semaines si je n'étais pas très très très occupée ? Hein ?
Ah bah tu vois quand tu veux...

Je disais donc, que oui, les dernières semaines ont été intenses, remplies, chargées, que dis-je surchargée. C'est le moins que l'on puisse dire. Petit changement à l'horizon, j'ai changé de statut... appelez-moi madame. Et bien oui, c'est fait, c'est garanti, c'est signé ! J'ai même un papier et un livret de famille pour le garantir. We are married, we are heureux, et non y'a pas de bébés en préparation (ça c'est pour les copines qui croient toutes qu'on se marrie pour agrandir le cadre familial...). J'agrandirai quand j'aurais décidé moua madame ! M'enfin !

Ceci étant, tu t'imagines bien qu'un mariage, ça ne se gère pas comme des vacances à la Baule. Et que ça demande quelques jours (euphémisme naturellement - oui on y a passé presqu'un an !) d'intenses efforts pour la déco de la salle, de la table, des plans de tables, des chambres, de la liste des invités... et j'en passe. D'où un effectif ralentissement de mon activité sur ce blog.

Voilà, maintenant, tu sais tout. Certains d'entre toi avaient deviné déjà, mais n'étaient pas forcément au courant des dates. Ce fut donc le 17 octobre dernier, il a fait moyennement beau, je ne te dirais pas qui a eu le plus froid... Et pour les curieux, voici une petite photo... C'est-y pas que j'étais trop choupinou ?

Transit en voiture

Evelyne Duvernois — Tue, 01 Sep 2009 10:39:00 +0200

La journée commence moyen.

Déjà, je laisse mon dormeur à la maison. Pour lui aujourd'hui, c'est "télétravail". Ben oui, aujourd'hui, c'est aussi "combat contre les insectes dans les appartements". Non pas qu'on est une colonie de cafards gros comme des castors, mais il vaut mieux prévenir que guérir.
Présence obligatoire. Ou laisser les clefs au gardien qui est en vacances. Bref, on se questionne, on avise, on décide que quelqu'un va rester. Y'en a un des deux qui est manager, c'est plus simple.
~~Petit message subliminal pour l'agence : la prochaine fois, ne prévenez pas 3 jours à l'avance. Tentez la semaine, vous verrez, c'est vachement mieux !~~

Ainsi donc, je m'baladais sur l'avenue, le coeur ouvert, à l'inconnu... Oups, je m'égare. Je sors donc à la course de mon appart, car pour changer, je ne suis pas en avance. J'ai oublié les lettres à poster (zut, les impôts) mais on verra ça demain. Sitôt descendue l'allée, les gouttes commencent à tomber. La seule fois de ces 15 derniers jours où je ne prends pas ma veste, naturellement. J'attrape au vol mon parapluie dans un retourné-cabriole-inversée triple-loots piqué de mon sac à dos suivi d'un dépliage harmonieusement compliqué pour le déplier. Ouf ça y est, je suis protégée. J'arrive à mon arrêt de bus, il est 6h58, le bus passe à 7h02, ok tout va bien. Je vérifie, le train pour Paris part à 17... Ouah, 10 minutes à attendre sur le quai, sympa, la prochaine fois je vérifie !

Le bus arrive, et je grimpe dedans. Pas grand monde ce matin, toujours les mêmes. Arrivée à la gare, je fais mes calculs de fous. Alors 17 plus 7 ça fait 24 donc j'aurais pas le 21, logique mais j'aurais le 36 ça c'est sûr. Chouette tout va bien. Et là, je lève le nez sur le panneau lumineux. Il est 7h08 et le prochain train est à ... 7h34 !!! QUEWA ? Mais qu'est-ce que c'est que cette m**** ?

Bon alors on remonte le quai en évitant les obstacles de pieds et poussettes et on va vérifier directo à la gare. Et là, toujours 7h34. Pinaise, j'aurais mieux faire de dormir 1/4 d'heure de plus, j'aurais pris le bus suivant, donc le train suivant, donc le 2ème train suivant, donc je serais arrivée avec 1/4 d'heure de décalage. Et ben là nan ! Je poirotte tel une légumineuse abandonnée dans un jardinet, tel un escargot sous les boîtes de conserve de ma maman (oui parce que ma maman elle met les escargots sous les boîtes de conserve avec un caillou dessus pour pas qu'ils mangent les tomates - enfin bref).
Petit message subliminal pour la SNCF/RATP : c'est sympa de PREVENIR ! Une explication, des fois, ça aide à ne pas hurler contre le vent quand on est planté sur un quai de gare. A bon entendeur...

Et là, oh miracle, oh incroyable destin qui a vu la soixantaine de personnes en fritte sur le quai, un train arrive à 7h24 ! Si si, avec le mauvais nom, le mauvais horaire mais la bonne destination.
Petit message subliminal 2 pour la SNCF/RATP : vue qu'on est comme des carottes au congelo sur votre quai, pourriez-vous au moins prévoir un peu plus que 10 sièges alors qu'on est 60 à poirotter ? Merci !
Les calculs reprennent. 24 plus 7 minutes ça donné 31. Le train, il est à 36 mais faut traverser la passerelle, ce qui donne 5 minutes à vitesse normal, qu'on peut raccourcir à 2/3 minutes à la course. Voyons, j'ai mes chaussures de rando, donc je peux courir (la dernière fois, j'ai failli perdre une tong au passage). S'il n'y a pas trop de monde, les marches 4 à 4 et que je suis la première à sortir, avec mon salto retourné triple-loots attrapage de carte navigo, ça devrait le faire.

Pour la petite histoire, j'ai eu le train prévu à 36, celui que j'avais prévu hier soir. A l'arrivée, pas de bus (ben nan, les horaires peuvent pas se caler tout comme ça m'arrange) donc je suis allée à la station d'après et j'ai fait un bout de chemin à pied. Vous vous souvenez qu'il pleuvait, ben j'ai battu la pluie, même pas mouillée !
Bizarrement, j'ai peur pour ce soir...

Etre consulté et valoriser son travail

Evelyne Duvernois — Thu, 27 Aug 2009 18:56:00 +0200

La valorisation de son travail, c'est un moyen pour se faire connaître, se faire voir, et se faire reconnaître, ceci professionnellement. La valorisation d'un travail, c'est ce à quoi on tend, ce qu'on espère, ce qu'on souhaite.
Il y a maintenant plus d'une semaine, j'ai été contacté par un journaliste au Figaro, M. Yves Miserey, qui s'occupe d'une rubrique scientifique. Son but était de se renseigner sur les ontologies, en vue de rédiger un article sur le papier de Renear & Palmer, Science, 2009.

Cet article parle de l'évolution des méthodes de lecture chez les scientifiques. En effet, depuis quelques temps, le publish or perish (comprendre publiez ou mourrez) est plutôt d'actualité et la quantité ~~astronomique~~ importante de papiers publiés fait que les chercheurs n'ont plus le temps matériel de lire les papiers qui sortent. Or les études montrent que le temps passé à lire reste stable depuis des décennies tandis que le nombre de papiers lus ne cessent d'augmenter. Ainsi, c'est la méthode de lecture qui a changé. Entre autre, le développement des ontologies a permis une lecture plus rapide des articles.

C'est là que moi j'interviens. Mr Miserey m'a contacté pour :

donner mon expertise de bioinformaticienne pour expliquer ce que sont les ontologies
donner mon avis sur cette étude

après être tombé sur mon billet sur les ontologies.

J'ai trouvé très intéressant de participer à cet article. Je dirais même plus que c'est assez grisant de se sentir "importante" et "experte" dans un domaine. Je tenais aussi à remercier Yves Miserey de cette opportunité.

Je mets ici un lien mais il ne va pas directement à l'article. Vous pouvez chercher l'article intitulé Comment Internet transforme les habitudes de lectures et daté du 26/08/2009.

La culture de la vache

Evelyne Duvernois — Mon, 10 Aug 2009 22:26:00 +0200

Coucou toi

Comme tu t'en rends compte, je suis relativement occupée en ce moment, et j'ai du mal pour poster des billets de manière régulière. Toutefois, ça, je ne pouvais pas laisser passer ! Voilà comment on élève des vaches en biologie. Je vous rappelle que je travaille pour l'INRA...

Copier et cloner, c'est parti...

Copier coller | Copy and clone from louis rigaud on Vimeo.

Vu sur Viméo

La bioanalyse : l'analyse de séquences

Evelyne Duvernois — Wed, 22 Jul 2009 22:09:00 +0200

Salut mon ninternaute.
Je t'ai promis, il y a peu, une description plus ou moins poussée du travail de bioanalyse. Et ça, ça mérite bien une nouvelle catégorie. Voici donc le premier billet en rapport avec la bioanalyse et qui te abordera aujourd'hui le thème de l'analyse de séquences.

En bioanalyse, notre rôle est d'organiser les données biologiques pour en tirer certaines conclusions. L'un de nos travaux peut être l'analyse de séquences. Je n'aborderai pas ici la manière dont on récupère des séquences, cela nous vaudra à tous les deux un nouveau billet de la même catégorie. Je sais que tu es impatient de tout savoir, mais la sagesse s'acquiert avec le temps, et prendre son temps n'est pas forcément en perdre. Oula, très ~~trop~~ philosophe aujourd'hui moi dis donc !

Ici, je vais t'exposer mon travail actuel qui est un exemple de bioanalyse. Naturellement, le travail du bioinformaticien est de s'adapter aux données et à ce qu'il cherche. Pour moi, je cherche une famille de protéines.

Création d'un set de données

Notre démarche commence donc avec un set de données, comprendre jeu de données, comprendre un ensemble de séquences (on va dire ici protéiques, pour clarifier le dialogue, mais ça peut être aussi nucléotidique, de l'ADN donc). Notre set de données est constituée de X nombres de séquences qui ont été récupérées par diverses méthodes. Notre a priori est que ces séquences ont un certain lien évolutif entres-elles, que l'on souhaite étudier. En effet, et pour faire simple, les méthodes de récupération de séquences permettent de pêcher des séquences dans des grosses banques de données qui ont un lien, une ressemblance si tu veux, avec une séquence primaire appelée query ou requête (celle sur qui on base notre analyse).
Si tu as suivi tous mes "cours" (oh ben voilà qu'elle se prend pour une prof maintenant), tu sais qu'une séquence protéique est constituées de 20 acides aminés répartis aléatoirement (statistiquement du moins, pas biologiquement) sur une longueur L de la séquence. Grossièrement, la séquence commence par une méthionyne M (attention, je résume ici).
On enregistre ces séquences selon divers formats, comme le format fasta. La première ligne de commentaires des séquences commence par un chevron > puis la séquence est écrite sans espace sur une ou plusieurs lignes comme ceci :

L'alignement

Maintenant que tu as ces séquences, il faut bien les étudier. Telles qu'elles, les données risquent de te passer sous le nez tel un TGV en pleine campagne, bref à vitesse Grand V. Regarde la fichier Fasta au-dessus. Pas facile d'en déduire quoi que ce soit comme ça !
Il faut comprendre que les séquences de différentes protéines sont par définition, différentes. Cela peut paraître évident à le dire, mais c'est important tout de même de le rappeler. Si ces protéines sont si différentes, comment alors comparer ce qui pourrait être proche mais noyé dans l'ensemble de le l'information ?
Pour mieux identifier des régions des protéines proches, on réalise un alignement multiple des protéines. Je ne vais pas exposer ici les méthodes d'alignement (c'est un peu long) mais je te dirai simplement qu'il existe des algorithmes comme ClustalW, t-coffee ou encore mafft qui calculent ces alignements pour toi, public. Le but est de mettre en vis à vis toutes les séquences en mettant les régions proches les unes en face des autres.
Ce qu'il faut néanmoins comprendre, c'est que les protéines n'évoluent pas conjointement mais plutôt en parallèle et donc certaines protéines subissent des modifications à des positions (des acides aminés) et d'autres protéines non. En outre, les protéines peuvent perdre ou gagner les acides aminés. Or nous observons les protéines à un temps T et il est impossible de dire si la séquence A a perdu des positions ou si c'est plutôt la séquence B qui en a gagner. On nomme ces phénomènes d'insertion/délétion des indels et cela est représenté par des trous dans les alignements, appelés gaps.
Malheureusement, les algorithmes aident mais souvent, l'oeil humain doit repasser derrière et corriger l'alignement à la main. Bref, on travaille sur des choses qui ressemblent à ça :

Ce que je peux te dire, c'est que travailler pendant une semaine sur des alignements a des conséquences. Outre un boulot super top bien réalisé, tu peux voir un feu d'artifice gratos rien que pour toi pour la semaine suivante. Je te jure, mon ninternaute, en période de fort "alignement", je vois des points roses et bleus un peu partout...

On va s'arrêter dans la bioanalyse pour le moment. Je suis sûre que ton cerveau est déjà suffisamment tourneboulé et que tu te dois d'intégrer ces infos.
Promis, je repartirai du bon pied pour de nouvelles aventures dans la bioanalyse.

La plus longue éclipse solaire du siècle

Evelyne Duvernois — Wed, 22 Jul 2009 21:54:00 +0200

Mon ninternaute, si tu as lu un peu les journaux cette semaine, tu as dû te rendre compte que de l'autre côté de la Terre (par rapport à la France), c'est-à-dire en Asie, il y a eu la plus longue éclipse solaire du siècle.
La Lune a caché le soleil ce mercredi 22 juillet pendant 6 minutes (un record). L'éclipse a été visible de l'Inde au Pacifique. Cela représente une fenêtre de 258km de large sur 15 000 de long. Ce phénomène astronomique exceptionnelle a permis de rassembler potentiellement 2 milliards de personnes. Les hôtels Chinois ont été par ailleurs pris d'assaut par un nombre important de touristes venus assister à l'événement.

Le prochain record ne sera pas avant 2132... et la prochaine éclipse solaire est pour 11 juillet prochain (2010) visible en Polynésie française.

Pour les photos, c'est ici et pour les détails, c'est ici.

Jurer peut vous protéger

Evelyne Duvernois — Wed, 22 Jul 2009 21:39:00 +0200

Les jurons, ces petits mots pas forcément très appréciés et qui sortent d'on ne sait où seraient-ils bons pour vous ?
Qui n'a jamais laissé sortir quelques noms d'oiseaux au milieu des bouchons sur le périph, en se coinçant le doigt dans une porte ou en loupant son rer malgré une course effrénée sur la passerelle de Massy (je sais, ça sent le vécu) ? Et bien c'est bon, ça soulage, ça réconforte. Une équipe de Keele University en Angleterre vient d'aller encore plus loin.

Un article dans NeuroReport l'équipe explique que jurer permettrait d'augmenter la résistance à la douleur. L'expérience a été faite avec des volontaires plongeant leur main dans de l'eau très froide et de la maintenir en place le plus longtemps possible. La moitié de l'échantillon (des volontaires) devrait répéter un mot "neutre" (non juron) versus l'autre moitié qui répétait un juron. Deviner quelle partie de l'échantillon résista le plus longtemps.

Le juron est un phénomène linguistique universel, entendre par là que toutes les langues ont leur juron et qu'ils sont utilisés par bon nombre d'individus. Outre les réponses émotionnelles que les jurons provoquent (angoisse, colère, soulagement...), ils permettent une réponse physique. C'est pourquoi, selon les auteurs, les jurons ont persisté durant des siècles malgré l'évolution de chaque langue indépendamment des autres.

source : Richard et al., 2009, NeuroReport, 20(12):1056-1060
vue ici

Un coeur se répare

Evelyne Duvernois — Thu, 16 Jul 2009 22:12:00 +0200

Juste un petit aparté médical pour te faire part, mon ninternaute, d'une info que j'ai lu en début de semaine.

Hannah Clark est née il y a 16 ans avec une maladie congénitale qui l'oblige à subir bébé une greffe du coeur. Son coeur d'origine est laissé en place, le second coeur l'aidant à fonctionner mieux. Les problèmes sont finis pour Hannah et ses parents, c'est du moins ce qu'ils pensent jusqu'à ce que les médicaments anti-rejet que prend la petite fille, limitant son système immunitaire, permet l'infection des tissus greffés par le virus d'Ebstein-Barr, engendrant une forme de cancer baptisée «syndrome lymphoprolifératif», maladie courante chez les patients traités aux immunosuppresseurs.
Malgré tous les traitements contre le cancer, la maladie progresse jusqu'à ce que les médecins décident de lui retirer le coeur greffé, source de la maladie. Et là, miracle de la médecine, son premier coeur se remet à fonctionner parfaitement. Pendant ces années où le second coeur a pris le relais, le premier a récupéré de lui même...

Alors moi perso, je retrouve confiance avec des histoires comme ça non pas en la médecine, mais surtout en la petite machine qu'est l'homme. Elle est pas belle la vie ?

On a marché sur la Lune...

Evelyne Duvernois — Thu, 16 Jul 2009 22:02:00 +0200

« C'est un petit pas pour l'homme, mais un bond de géant pour l'humanité ». C'est la célèbre phrase qu'a dit Niel Armstrong quand il a posé ses pas sur le sol lunaire pour la première fois.

Pour les gens qui comme moi sont nés après ce pas de géant pour la conquête de l'espace, Niel, Buzz et Apollo 11 font partie de notre histoire et tout ceci nous paraît plutôt naturel. "Ben oué on a marché sur la Lune y'a supeeeer longtemps que même j'étais pas née ! SI jte jure !". Pour autant, je ne sais pas ce que les gens ont ressenti quand, sur toutes les télés de l'époque et autres postes de radios, on pouvait suivre les événements pas à pas.

Le décollage, c'était il y a 40 ans aujourd'hui, le 16 juillet 1969. Pour vivre ou revivre alors cette extraordinaire démonstration ~~de force~~ de compétences des Américains, futura-sciences vous propose de voir les images colorisées des archives de l'INA. C'est un poil long et en anglais mais c'est que du bonheur.

La vie sur Mars est finie...

Evelyne Duvernois — Thu, 16 Jul 2009 21:43:00 +0200

Je t'en avais parlé il y a 3 mois et demi exactement, la survie d'astronautes en préparation d'un voyage sur Mars vient de se terminer. Tous les 6 hommes volontaires pour l'expérimentation sont sortis avant hier (je sais, je suis en retard) après 105 jours de confinement total.

Tout s'est déroulé comme sur des roulettes, et même le français Cyrille Fournier serait bien resté quelques jours de plus. puisque tout est passé relativement vite. La surveillance était naturellement constante et l'emploi du temps chargé et prévu à la minute près. Bref, pas le temps de s'ennuyer.

Toutefois, comme le rappelle l'article du Monde, la survie était ici sans doute plus facile que ne le sera le véritable voyage. Dans les conditions de l'expérimentation, pas de gravité zéro ni de nourriture en tube. Et puis, les astronautes (ou cosmonautes - on est en Russie ici) savaient qu'ils pourraient sortir en cas de soucis, ce qui est beaucoup plus compliqué au beau milieu de l'espace entre la Terre et Mars.

Votre connaissance en la théorie de l'évolution

Evelyne Duvernois — Mon, 06 Jul 2009 22:19:00 +0200

Le Nouvel Observateur a fait paraître en fin de semaine dernière un article traitant de la connaissance des étudiants en la théorie de l'évolution. Et bien le constat est assez ~~stupéfiant~~ déroutant.

L'Université d'Orsay (Essonne 91) a donné à ses étudiants de L1 Biologie un questionnaire anonyme de 2005 à 2008 pour évaluer leurs connaissances en la théorie de l'évolution. Ils ont été interrogés entre le 3ème et 6ème mois suivant leur rentrée à la faculté.

Pour 23% des étudiants, la théorie de l'évolution est une hypothèse et 12% refusent de placer l'homme au même niveau que les animaux. Pour une bioinformaticienne comme moi, c'est assez stupéfiant. La notion d'ancêtre commun est niées par 9% des étudiants et 12% refusent l'idée que plusieurs espèces d'Homme aient pu jamais cohabiter.

Alors là, pour la Périgourdine de service, je m'outre (comme dirait mon cher et tendre). Que fait-on de toutes les reliques trouvées près de chez moi. Et Homo erectus ? Et Homo neandethalensis ? Ne parlons même pas de placer l'homme comme un primate (comme les autres singes oui oui oui...).
4% des étudiants pensent que les espèces sont apparues une fois pour toute. Que penser alors des fossile ? Pour 20%, l'évolution suit un plan établi et plus de 36% pensent qu'un autre événement que des événements simplement physico-chimiques sont intervenus dans l'apparition de la vie sur Terre.

Ce qui m'étonne est que ces étudiants sont de futurs biologistes et parmi eux, peut-être existe-t-il de futurs bioinformaticiens. Mais qu'est-ce que penserait Darwin, mon héros ?? Ahhhhhhh j'enrage ! Bon non, j'enrage pas, je m'interroge... Je dirais que je suis étonnée que ces faits soient niés alors qu'ils font tant partie de ma vie. C'est vraiment déroutant et j'imagine à peine la réaction des profs à la lecture des questionnaires.

Je vous laisse lire l'intégralité de l'article ici et tester vos connaissances ici. Les réponses de chercheurs sont ici mais à ne regarder qu'après avoir fini le questionnaire... Attention, je surveille...
Qui s'est qui a tout juste ??