Une ingénieur ingénieuse en bioinformatique... - Tag - bioinformatique - Commentaires

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Evy

Evy — Mon, 17 Nov 2008 09:40:17 +0100

Bonjour Odile

J'avoue que vous me posez une belle colle. En effet, j'ai beau travailler dans le milieu biologique, je ne suis en aucun cas médecin.
Ce que je sais, c'est que la maladie de Basedow est une maladie auto-immune comme beaucoup (sclérose en plaques que vous citez, lupus...). En gros, ces maladies interviennent quand le système immunitaire ne fonctionne plus correctement et cherche à attaquer le "soi", c'est-à-dire son propre organisme. C'est pourquoi l'organisme produit des anticorps, il tente de se défendre contre ce qu'il considère comme pathogène, ici certains tissus de la thyroïde.

Les conséquences de ceci sont un mauvais fonctionnement de la thyroïde, hors c'est une glande hormonale essentielle pour la régulation de l'appétit, du poids, de la régulation thermique... d'un patient.

Pourquoi de telles affections ? Je sais simplement qu'il existe des facteurs génétiques pour une partie des maladies auto-immunes et que certains effets environnementaux peuvent intervenir (comme fumer ou être stressé). Je n'en sais pas plus.

Pour vos traitements, je n'ai en aucun cas les qualifications pour vous répondre.

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - kernane

kernane — Sat, 15 Nov 2008 14:57:03 +0100

Bonjour,
Je viens d'apprendre que j'avais la maladie de Basedow. Pourquoi la thyroïde se met-elle à produire trop d'anticorps? je ne comprends pas non plus qu'elles peuvent en être les conséquences.... je ne sens rien hormis le fait de voir ma demi-thyroïde encore gonflée! oui j'ai été opérée de l'autre moitié ne 92 j'avais un nodule froid ... on me parle de cause psycho-affective ( psy) qui peut déclencler cette maladie. Dans ma famille, ma mère a eu une sclérose en plaques, et mon père est décédé d'une polyo car pas vacciné à l'époque. Sinon, ni ma mère ni ma soeur n'ont ce problème. Mon endocrinologue me soigne avec du propranolol et néomercazol. Je produisais bcp d'hormones il y a un mois et là cela semble aller mieux. Pouvez-vous répondre à mes questions c'est si nouveau pour moi cette maladie. Cordialement.
Odile Cordier

De quoi pourrait-on parler ? - cricrib45

cricrib45 — Thu, 30 Oct 2008 19:46:54 +0100

J'aimerai savoir également pourquoi nous ne savons pas inventer une molécule qui saurait casser la molécule de gaz carbonique et ainsi faire diminuer son taux et ses conséquences sur la planète

De quoi pourrait-on parler ? - cricrib45

cricrib45 — Thu, 30 Oct 2008 19:45:16 +0100

J'ai entendu une émission sur ici et maintenant qui parlais d'une méthode de prévention très efficace contre les cancers connue depuis de nombreuses années du ministère mais qui ne souhaite pas le dire de peur de remplir les hospices
Pouvons nous en savoir plus, cela est complémentaire du sujet sur le système immunitaire

Devenir bioinformaticien - Amandine

Amandine — Wed, 29 Oct 2008 18:25:19 +0100

Il existe également une option "Bio-Informatique et Modélisation pour la Biologie" au sein du département de Génie Biologique de Polytech' Nice Sophia (école d'ingénieurs située à Sophia-Antipolis).
Pour plus d'infos : www.polytechnice.fr

Devenir bioinformaticien - Vincent

Vincent — Sat, 25 Oct 2008 19:13:44 +0200

Il existe aussi un master de bioinformatique à Nantes.
Mais attention celui-ci se prépare en 2 ans (master1 + master2) et aucune personne n'est acceptée en M2 sans avoir préalablement fait le M1 correspondant.

http://www.sciences.univ-nantes.fr/...

Devenir bioinformaticien - Evy

Evy — Thu, 16 Oct 2008 10:43:35 +0200

Merci pour cette précision Majake. Je vais compléter...

Devenir bioinformaticien - majake

majake — Sun, 05 Oct 2008 11:56:04 +0200

Je précise vite fait qu'un parcours de licence préparant spécialement à la bio-informatique est mis en place à Luminy(j'y suis en première année: il est nommé Bim à partir de la deuxieme d'ailleurs) et commence à se mettre en place sur nice.

Débat du mois : l'emploi au féminin - BJC

BJC — Tue, 30 Sep 2008 21:35:13 +0200

Billet très réaliste en effet et qui en dit finalement long... quel travail ça valait le coup d'attendre !

Débat du mois : l'emploi au féminin - Véronique

Véronique — Sat, 27 Sep 2008 09:43:53 +0200

Super billet Evy, réaliste et bien cerné!
NB: si ça t'intéresse, suite de la discussion Kupiek sur mon blog entre une biologiste et un philosophe des sciences!!
Bonne journée à toi.

Devenir bioinformaticien - Evy

Evy — Mon, 08 Sep 2008 09:58:00 +0200

Merci pour l'info, je complète tout de suite

Devenir bioinformaticien - Valentine

Valentine — Sun, 07 Sep 2008 16:32:44 +0200

Il y a une formation à Strasbourg aussi, la formation que je suis entrain de suivre : Master Génomique Structurale et Bioinformatique.

La bioinformatique, où trouver un emploi ? - Evy

Evy — Wed, 03 Sep 2008 19:49:31 +0200

Merci beaucoup Cancoillotte

Effectivement, ce n'est pas facile en sortant de la biologie de trouver le boulot de nos rêves, et beaucoup de mes connaissances ont soit décidé de "changer de bord", soit se pose véritablement la question. J'epère que tu trouveras le travail qui te convient, et que ta SSII n'est que temporaire si elle ne te convient pas ! Bon courage en tout état de cause.

La bioinformatique, où trouver un emploi ? - Cancoillotte

Cancoillotte — Wed, 03 Sep 2008 19:08:14 +0200

Et oui, après un BTS analyse bio puis un master en bio-info à Evry, cause de manque de temps et d'argent, me voila rentrée dans le cercle infernal de la SSII .... Dans le domaine .... du crédit et à faire quoi : du cobol (le plus vieux langage du monde lol)

Enfin la bio, ça me manque quand même beaucoup...

Bravo pour ton blog, il est vraiment sympa.

PS : Bon courage à ceux qui cherche dans le domaine, moi je désespère pas de pouvoir retourner en bio-info un jour...

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Evy

Evy — Sun, 17 Aug 2008 11:21:21 +0200

@ Noureddine

La mission d'un ingénieur base de données serait intéressant dans la mesure où ce blog serait dédié à l'informatique générale. Or le but ici est de faire découvrir mon métier en général et les différentes missions que l'on peut donner à un bioinformaticien. Je n'ai pas pour vocation ni ambition de me présenter en tant qu'informaticienne pure et dure, je ne le suis en aucun cas. Je suis bioinformaticienne et cette catégorie avait pour vocation première de faire découvrir les différentes facettes de mon métier...

En espérant avoir pu te répondre...

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Noureddine

Noureddine — Sat, 16 Aug 2008 12:01:01 +0200

Je crois qu'il vaut mieux parler de la mission de l'ingénieur de base de donnée en général.

Une semaine de pré-vacances d'août ! - BJC

BJC — Fri, 08 Aug 2008 16:55:45 +0200

joli billet chronomettré à la minute près !!
nous on sait que ton chéri il est gentil
mais dis moi, t'aurais pas oublié le moment où vous.........
jouez à la Wii je t'ai fait peur hein ?

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Touline

Touline — Wed, 06 Aug 2008 21:43:50 +0200

Et n'oublie pas que le mercredi tu gagnes un concours...
Bravo EVY !

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Véronique

Véronique — Wed, 06 Aug 2008 19:44:57 +0200

Bien joli billet
Bravo pour le concours, c'est bien mérité, tu n'arrêtes pas d'améliorer les choses (si c'est possible!!!!!). Et oui, ton chéri a l'air super (non, on n'en doute pas) !

Apport de la bioinformatique dans la vie de tous les jours - Julien B.

Julien B. — Wed, 06 Aug 2008 10:19:12 +0200

@Gert : Je tiens juste à souligner que faire une remarque de ce genre sans plus d'arguments n'amène pas à vous prendre au sérieux.
J'estime que c'est plus une remarque de frustration qu'une remarque amenant à un véritable débat.

Pourquoi dites-vous cela?
Des exemples?
Une expérience à faire partager peut être?

Bref, j'apprécie que chacun écrive ses ressentis, ses sentiments, ses remarques, ses interrogations (normal, c'est un blog, tout le monde est libre d'écrire ce qu'il veut)...encore faut-il être en mesure d'exprimer cela avec de VRAIS arguments.

Je tiens en plus de cela à féliciter Evy pour avoir publier ce commentaire sans aucune censure et d'y avoir répondu malgré la maigre consistance du commentaire de Gert.

Apport de la bioinformatique dans la vie de tous les jours - Evy

Evy — Wed, 06 Aug 2008 09:30:35 +0200

@ Gert Je ne pense pas être naïve mais je ne pense pas qu'il était intéressant de souligner que tout le monde se déteste et que si on peut mettre des bâtons dans les roues des autres, on le fait. Je pense véritablement que même si ce n'est pas la panacée encore, la communication et l'entre-aide commencent à émerger de tout ce brouhaha. Je n'ai certes que peu d'expériences encore, mais je travaille pourtant avec des collaborateurs de Paris, Montpellier et Pretoria (Afrique du Sud), et je ne suis que simple ingénieur perdu au milieu d'un grand labo végétaliste.

Effectivement on ne s'aime pas tous, et effectivement aussi on s'évite parfois. Ça ne nous empêche pas de partir au bout du monde en congrès pour aller voir ce que les autres font.
Je voulais aussi souligner ici qu'on voit de moins en moins de "chercheur fou", tout seul dans leur laboratoire et qui ne parle à personne. Je ne pense pas que ça soit l'avenir de la recherche de se "tirer dans les pattes" ni de rester seul dans son coin.

Peut-être est-ce seulement l'impression que j'ai en tant que "jeune recrue". Peut-être est-ce seulement ce que je ressens avec la jeune génération que je côtoie plus que l'ancienne et peut-être que l'expérience me fera changer d'avis. Il n'en demeure pas moins qu'à mon sens, si on fait ce travail pour discuter simplement avec soi-même ou ses collaborateurs proches, cela n'a aucun intérêt ou du moins, je ne souhaite pas m'investir professionnellement dans ce genre de carrière.

Apport de la bioinformatique dans la vie de tous les jours - Gert

Gert — Tue, 05 Aug 2008 23:08:47 +0200

"la recherche est actuellement à l'ère de la collaboration. On partage et on reconnaît le travail de chacun. "

Tu vis à Disneyland? Où est-ce que tu à vu cela? Tu me sembles bien naïve pour croire cela.

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Julien B.

Julien B. — Tue, 05 Aug 2008 13:09:56 +0200

Bien sûr qu'il est gentil, vous en doutiez?
Tu devrais mettre plus l'accent sur ton travail, car d'après ce que je sais tu abats un travail monstre ^^

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Modérateur

Modérateur — Tue, 05 Aug 2008 11:36:30 +0200

C'est bien vu cet aspect chronologique d'une journée type. Et oui, ton chéri a l'air sympa !

Devenir bioinformaticien - Julien B.

Julien B. — Mon, 04 Aug 2008 13:51:45 +0200

Il y a quand même un bon nombre de formations !

Le latin et la biologie / bioinformatique - Touline

Touline — Sat, 26 Jul 2008 20:53:42 +0200

J'imagine que le latin permet de garder toute la diversité des organismes sans réinventer de nouveaux termes. J'ignorais aussi in silico (ou avais oublié).
Passionnant !

Le latin et la biologie / bioinformatique - Véronique

Véronique — Thu, 24 Jul 2008 20:16:01 +0200

Quel talent Evy dans ces billets où tu parles de ton métier!
Je ne connaissais pas in silico. J'avoue que c'est étrange de trouver la coexistence ainsi de l'ancien et du moderne!

Apport de la bioinformatique dans la vie de tous les jours - Julien B.

Julien B. — Wed, 23 Jul 2008 09:06:20 +0200

Belle explication !
Simple, claire, à la portée de tous ^^

Si avec ça tu n'es pas passionnée par ton métier, alors le mot "passionné" n'a plus aucun sens

Apport de la bioinformatique dans la vie de tous les jours - Véronique

Véronique — Tue, 22 Jul 2008 19:48:23 +0200

Passionnant! Merci Evy!
(et ne vous avisez pas de faire des copiés/collés avec ACGT!!)

Le vrai visage de la bioinformatique : le bioinformaticien - Evy

Evy — Wed, 16 Jul 2008 08:49:11 +0200

@ Véronique
Je veux bien prendre le 13ème épisode en main, mais j'avoue ne pas avoir trop de temps à y consacrer. Et puis il faut que je relise tout pour récupérer les "codes" et voir ce que je peux faire avec... Mais si ça ne vous dérange pas d'attendre 1 jour ou 2, pas de problème !

@ Carole
Pas de problème non plus, le but est de continuer sur ma lancée dès que j'aurais le temps suffisant à y consacrer. Autant que ça soit instructif. Je ne suis pas partisane du "postage pour faire bien" sur mon blog, je préfère travailler un peu mes billets

Le vrai visage de la bioinformatique : le bioinformaticien - Carole

Carole — Wed, 16 Jul 2008 07:30:51 +0200

oui, très intéressant, j'aimerais bien en savoir plus...

Le vrai visage de la bioinformatique : le bioinformaticien - Véronique

Véronique — Wed, 16 Jul 2008 07:13:06 +0200

Bonjour Evy,
est-ce que tu veux prendre l'épisode 13 de drôle d'emploi? on s'est dit que nous avions beaucoup écrit, et vite; Carole se demandait si tu voulais prendre la suite?
Merci.@+

Le vrai visage de la bioinformatique : le bioinformaticien - Evy

Evy — Tue, 15 Jul 2008 09:29:29 +0200

@ BJC
Non je ne parle pas le serpentard mais le paseltongue, oups le fourchelangue... Tu ne savais pas, je suis l'héritière cachée de Serpentard ! Non même pas vraie, je suis une pure Gryffondord

Pour le postgresql/mysql, il faut bien que je parle technique de temps en temps (pour info, c'est des langages de bases de données, ces espèces de grosses boîtes informatiques pour stocker des données...)

@ Véro
Merci

Le vrai visage de la bioinformatique : le bioinformaticien - Véronique

Véronique — Sun, 13 Jul 2008 18:54:29 +0200

Heu...oui, pareil! (toute petite). Toujours intéressants ces billets sur ton métier.

Le vrai visage de la bioinformatique : le bioinformaticien - BLC

BLC — Sat, 12 Jul 2008 19:47:53 +0200

oui j'ai une remarque : je me sens toute petite, mais alors toute petite...
Alors comme ça tu parles le Serpentar... euh pardon le python... quant à "postgresql ou mysql" à proposer au prochain "des chiffres et des lettres"
Merci pour cet éclairage, j'espère qu'un recruteur passera par là

Il était une fois, au pays du cea... - Carole

Carole — Thu, 26 Jun 2008 21:59:30 +0200

aaaahhhh le mois de juillet de la mort... ça fait peur !!!

Il était une fois, au pays du cea... - Sylve

Sylve — Thu, 26 Jun 2008 08:47:38 +0200

... Brrrr ! Le mois de juillet de la mort ! Des frissons en pleine canicule ! Courage Evy, et que la force soit avec toi !

Il était une fois, au pays du cea... - Evy

Evy — Wed, 25 Jun 2008 13:46:11 +0200

Bah pour Paris c'est annulé... enfin espérons que ce ne soit que partie remise !

Et pis c'est pas chez "bo-papa" et "belle-maman" qu'il m'emmène, pas besoin, je travaille dans la rue où ils habitent... Je les vois souvent ! Non non ! Il m'emmène chez MON papa et MA maman parce qu'ils habitent à près de 600 km... !

Il était une fois, au pays du cea... - BJC

BJC — Wed, 25 Jun 2008 09:41:31 +0200

Alors comme cela tu vas passer un mois de juillet de la mort et un mois d'août chez bo-papa et belle-maman... deux mois très très durs ben oui quoi, t'as écrit "l'affrontement sera terrible" juste après les vacances chez les bo-parents...
Non, sans blague, beaucoup de courage à toi, mais maintenant que je te connais un peu mieux nul doute que tu t'en sortiras haut la main, soutenue par ce cher et tendre et Paris en juillet est magnifique tu verras.
Bonne continuation
Bises

Il était une fois, au pays du cea... - Véronique

Véronique — Tue, 24 Jun 2008 17:43:47 +0200

Que dire après Julien?! Tu vas tout bien faire et émerger au mois d'août sans même t'en rendre compte pour profiter pleinement de belles et bonnes vacances

Il était une fois, au pays du cea... - Julien B.

Julien B. — Tue, 24 Jun 2008 14:29:39 +0200

Allez courage !
C'est pour la bonne cause tu te bats, tu es du bon côté de la force ^^
Et qui sait ? Peut être que de Paris tu reviendras avec des bonne nouvelles

Bref, même si ce mois de Juillet te fait plutôt peur (j'en sais quelques choses !), je ne me fais pas d'inquiétude pour toi connaissant ton sérieux et ta rigueur !

Réforme CNRS et bioinformatique... - colphoto24

colphoto24 — Fri, 13 Jun 2008 14:29:28 +0200

C'est plutôt réjouissant de voir des jeunes (car pour moi vous êtes jeunes) avoir autant de maturité et regarder avec sérieux ce que veulent faire nos dites élites politiques (réforme portant un nom, aussitôt démontée par une contre réforme portant un nouveau nom mais dont l'apport est plus néfaste que constructif). Il faudrait avant tout que chaque candidat à un poste politique soit confronté à un groupe de psychiatres qui déterminerait son égo (ou son excès d'égo) et lui donnerait ou lui refuserait le poste afin de conserver un peu de sécurité et de sérieux dans le monde du travail.
J'ai vraiment plaisir à vous lire, et même si je ne peux rien pour la recherche ou votre devenir, je continuerai à suivre vos échanges, ça me parait plus intéressant que lire certains journaux vendus d'avance aux pouvoirs en place.

Réforme CNRS et bioinformatique... - Evy

Evy — Thu, 29 May 2008 07:51:50 +0200

Ben pour le moment, ce n'est pas d'actualité...
Sauf que si je ne trouve pas de poste, ou si je multiplie un peu trop les CDD à mon gouts, je me poserait sans doute la question... On va se laisser quand même un peu de temps et voir ce qui m'arrive dans un an !

Je suis ingénieur, donc cette réforme ne me touche pas de plein fouet comme certains, je peux toujours trouver chaussure à mon pied dans le privé...

Réforme CNRS et bioinformatique... - BLC

BLC — Thu, 29 May 2008 06:13:19 +0200

Sujet sensible en effet... Mon voisin chercheur/professeur au CNRS est parti au Canada plusieurs années pour revenir... racines familiales obligent. Un autre se pose actuellement la même question... Dis, tu vas pas partir hein ?

Réforme CNRS et bioinformatique... - Evy

Evy — Mon, 26 May 2008 14:31:34 +0200

Sur le côté financement, je pense que se sera vite réglé... Pas d'institut : pas de financement
Déjà qu'on en a pas beaucoup...

Réforme CNRS et bioinformatique... - Véronique

Véronique — Mon, 26 May 2008 14:10:28 +0200

Oui, Evy, c'est très important ce que tu écris. Il y a déjà si peu de possibilités pluridisciplinaires...tout cela n'est pas très réjouissant.
Sans parler des autres aspects des réformes en cours pour les chercheurs (sur l'aspect financements)... J'espère que tu seras entendue.

Réforme CNRS et bioinformatique... - Julien B.

Julien B. — Mon, 26 May 2008 14:03:57 +0200

Bon billet !
On sent une forte implication dans ton domaine, ce qui n'est pas donné à tout le monde.

Comme je te disais (dans la voiture), j'ai de plus en plus l'impression que les ministres veulent marquer les esprits en faisant LEUR réforme ... même si celle-ci n'est pas appréciée par les principaux intéressés, le but est juste de dire "ça y est, j'ai fait ma réforme !"

Démocratie vous avez dit ??? Ou pas....

Sondage : les résultats des sujets à aborder... - Véronique

Véronique — Thu, 22 May 2008 05:55:51 +0200

Evy, toujours un plaisir de te lire...on attend avec impatience

Ma vie, mon métier.... : La prédiction de structure... - omaima

omaima — Wed, 21 May 2008 21:13:08 +0200

changer ma vie

La bioinformatique, où trouver un emploi ? - spaque

spaque — Wed, 07 May 2008 07:24:30 +0200

Bonjour, je souhaite me lancer dans une licence en Bioinformatique après mon BTS BIotech...
J'ai une chance de trouver un emplois ou vous pensez que les débouchées sont limitées...?

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Thu, 03 Apr 2008 15:29:50 +0200

Je viens de déjeuner avec lui. je lui ai parlé de votre demande. Contactez-le (kupiec@canoe.ens.fr). Oui je suis au tel avec lui, il se souvient de vous.

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Renata

Renata — Wed, 02 Apr 2008 19:04:46 +0200

Justement, je viens à l’instant de voir que tu as posté un nouveau billet, que je vais m’empresser de lire avec attention.

Compte tenu du fait que tu as le sens du discernement, j’imagine que ton billet sera plein d’agréables surprises en terme d’analyse et d’approche.

A très bientôt Evy et au plaisir de te lire …

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S

Wed, 02 Apr 2008 17:59:04 +0200

Je suis heureuse d'avoir de ses nouvelles (à JJK). J'espère qu'il trouvera l'équipe et les financements pour faire ces travaux qui sont d'un grand intérêt. Passez lui le bonjour de ma part (Saloua Zrioual) : il comprendras

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Evy

Evy — Wed, 02 Apr 2008 12:46:47 +0200

Coucou Renata,

Et bien non, il ne reflète pas mon état actuel car il change à chaque fois que tu recharges la page. Toutefois, tu es tombé sur le bon smiley car je dois bien admettre que je suis relativement fatiguée en ce moment ! Les aléas du travail où on a plein de choses à faire...

Si tu veux continuer à me lire, je viens juste de poster un nouveau billet sur le débat du mois

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Renata

Renata — Wed, 02 Apr 2008 12:04:45 +0200

Coucou Evy,

Dis-moi Evy, est-ce que ton « smiley moment » reflète ton état actuel ? fatiguéeeeeee, exténuéeeeeee, .. cependant, toujours aussi vaillante pour continuer à grimper les montagnes de la réussite !

Bon courage et au plasir de te lire ...

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Mon, 31 Mar 2008 16:04:50 +0200

1. Pour Evy et les autres, je vous conseille de faire un tour sur le blog (nouveau) de Thomas Heams. Thomas est un jeune biologiste (dont JJK était le directeur de thèse) plein de talent, de finesse et de bonne humeur. Son blog est à la fois sérieux sur le plan scientifique et plein d'humour. http://www.mediapart.fr/club/blog/t...

2. Pour S. A ma connaissance, JJK n'a pas à proprement parlé fait des travaux expérimentaux à partir de son nouveau modèle, si ce n'est la simulation qui a permis la publication de l'article que vous citez. Et si j'ai bien suivi, la thèse de Thomas tournait autour des travaux de JJK. Par contre des chercheurs en France et ailleurs ont commencé depuis à expérimenter, notamment un chercheur du côté de Toulouse. Vous pouvez toujours contacter JJK à l'ENS (Centre Cavaillès). C'est un type charmant, une espèce de professeur Tournesol qui fait pas loin de 2 mètres de haut, avec un humour décalé et parfois corrosif. Bien que je le considère comme un Copernic de l'embryogénése, (il sait que je pense ça de lui, c'est un de nos sujets de conversations favoris) il est abordable, humainement c'est un bon gars et il fait de très bons sandwichs juifs d'Europe centrale (c'est ce qu'il me fait à manger chaque fois que je vais papoter avec lui à midi. J'aimerais bien autre chose mais bon, ça lui fait plaisir !) . Quand son nouvel opus sortira (à l'automne sans doute) je préviendrais; Je viens de relire le manuscrit, avant de lui en rendre compte, je peux dire sans déflorer que ça va faire du bruit dans les labos et pas seulement de biologie.

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Florent

Florent — Thu, 27 Mar 2008 21:31:23 +0100

Super, mes amis non biologistes vont comprendre un peu mieux quand je leur parlerai de mon travail

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Wed, 26 Mar 2008 21:57:51 +0100

Bonjour Robert,
Est-ce que vous sauriez si JJK fait des travaux expérimentaux? (cf. possibilité de post-doc en biologie)

Merci. S

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Evy

Evy — Tue, 25 Mar 2008 09:59:19 +0100

Ok on peut le voir comme ça...

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Véronique

Véronique — Mon, 24 Mar 2008 15:01:55 +0100

"ensemble structuré de termes et concepts qui ont un sens autour d'un thème donné", mais si, mais si!

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evy

Evy — Mon, 24 Mar 2008 07:47:39 +0100

Merci beaucoup pour l'info Robert. Je vais regarder tout ça dès que ça sera sorti...
Je suis pour le moment trop "overbookée" pour pouvoir me pencher sur le sujet avec suffisamment de concentration mais dès que cette période se calme, je m'y intéresserai avec le plus grand plaisir.

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Evy

Evy — Mon, 24 Mar 2008 07:44:37 +0100

@ Véro
Merci pour le compliment, mais je ne suis pas sûre, au vue de la définition exacte, de faire de l'ontogie. Je fais plutôt une "mini-encyclopédie" de la biologie et bioinformatique... Comment ça, je me la joue un peu ???

@Renata
Merci aussi à toi. Les personnes néophytes (comme toi ?) m'intéressent aussi beaucoup, autant que des professionnels du sujet. Je considère mon blog comme un complément de CV mais aussi comme un moyen de faire découvrir mon monde peu connu...

@Tous
Si comme Renata des termes vous "manquent", n'hésitez pas à me prévenir et je pourrais dans ce cas faire un nouveau billet pour vous expliquer un terme, une terminologie, une syntaxe ou une expression que j'utilise couramment. J'avoue que c'est difficile de savoir ce qui n'est pas couramment utilisé, alors que j'en parle tous les jours...
Les commentaires sont donc bienvenus !

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Renata

Renata — Sun, 23 Mar 2008 20:13:58 +0100

Bonsoir Evy,

Voilà une excellente initiative pour des néophytes en la matière comme moi.
J’avoue que j’aime beaucoup lire tes rubriques qui sont extrêmement intéressantes mais il m'est arrivé de chercher la signification de certains termes sur google.

Maintenant, j’ai le contenu et la compréhension en même temps. Que demander de plus ?

A très bientôt et au plaisir de te lire ...

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Sun, 23 Mar 2008 15:10:23 +0100

JJK va bientôt publier un nouvel opus sur ses travaux. Il m'a fait l'honneur d'en être le premier lecteur mais il m 'a demandé la discrétion. Donc à suivre, publication à l'automne. Sinon, à l'ENS, s'est tenu fin janvier un colloque passionnant et riche dont l'intitulé était "Le hasard au coeur de la cellule". Les actes de ces colloques sont généralement publiés un an après chez Syllepses. L'année dernière c'était "Modèles, simulations, systèmes" et les actes ont été publiés en février de cette année, toujours chez Syllepses. http://www.syllepse.net/

Définitions et autres lexicalités : Les ontologies - Véronique

Véronique — Sat, 22 Mar 2008 17:57:45 +0100

Waw Evelyne, mais que de ressources! En fait, ton blog est ontologique, non?!

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Thu, 13 Mar 2008 05:43:28 +0100

Bonjour Evelyne,
Je partage votre intérêt pour le sujet, même si ça n'est pas (encore) mon domaine de prédilection. Ma thèse porte sur les mécanismes inflammatoires (vaste sujet) dans le cancer et les maladies autoimmunes. Je m'oriente pour ma recherche de post-doc sur des approches globales et transversales en biologie des systèmes (modélisation, émergence, auto-organisation...) : j'aimerais avoir une forte formation en biologie théorique pour à terme travailler dans une équipe pluridisciplinaire.
Je suis également sur la région Rhône-Alpes. Concernant vos recherches, avez-vous été voir du coté de Hélix-bioinformatique?

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 12 Mar 2008 07:49:40 +0100

Merci Robert et S. pour vos commentaires qui font sens... Je ne vois qu'une conclusions à vos commentaires : il va vraiment falloir que je me penche sur les travaux de JJK un peu plus sérieusement.

Il est vrai que je ne fais pas de phylogénie pour le moment, et que donc j'ai laissé ce domaine dans un coin de ma tête. Toutefois, et pour mon plaisir personnel, je vais dès que possible sortir les publi de JJK et comprendre un peu mieux tout son travail...

Merci encore à vous 2...

Pour S., je ne sais pas sur quoi porte exactement votre thèse mais je me ferais un plaisir de communiquer votre mail à qui pourrait vous proposer un post-doc.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Tue, 11 Mar 2008 20:26:37 +0100

Bonjour,
Je ne sais pas si c'est un espace de discussion privé...
J'avais assisté il y a 2 ans à la présentation des travaux de JJ Kupiec sur Paris; Après la parution de l'article "Modeling embryogenesis and cancer: an approach based on an equilibrium between the autostabilization of stochastic gene expression and the interdependence of cells for proliferation" dans Prog Biophys Mol Biol. 2005 Sep;89(1):93-120, il parlait d'entamer des validations expérimentales de son modèle de hasard-sélection. Pour ma part, j'ai trouvé tout cela très intéressant.
Quand on parle de la théorie Darwinnienne de l'évolution, on se place à des ères géologiques non accessibles à l'expérimentation, et finalement, même si la théorie fait consensus dans la communauté scientifique, la démarche scientifique de validation reste impossible. C'est peut-être en cela que cette démonstration au niveau moléculaire de la validité ou plutôt "viabilité" du modèle de hasard-sélection est d'un intérêt majeur dans le cadre de la théorie de l'évolution. ... Même si l'on admet que la complexité des êtres vivants n'a d'égal que la complexité des mécanismes mis en jeu.
Ce modèle est aussi très informatif lorsque l'on aborde les mécanismes mis en jeu dans les processus de différentiation cellulaires, l'exemple par excellence étant l'embryogenèse. En fait, en réfléchissant à l'époque à cela, j'y voyais l'explication plausible de certaines observation telles que la différentiation des cellules T, qui à leur état naif expriment les récepteurs de chimiokines et marqueurs de voies de différentiation Th1 ET Th2, puis au fur et à mesure de leur différentiation, se "stabilisent" en réprimant l'une des 2 voies... Y'a pleins d'exemples comme ça.

En fait, je suis en train de finir ma thèse et suis en recherche d'un post-doc avec qq idées de recherches fondamentales, et d'être tombée sur votre site, ben, ça donne qq idées... (Merci). Je laisse mon adresse email au cas où, car je suis intéressée par l'avancée de ses travaux

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Mon, 25 Feb 2008 08:21:18 +0100

Je suis partie sur l'idée du système immunitaire et le billet est en préparation. J'espère le finir dès que possible... Entre aujourd'hui et mercredi :p

Une autre idée pour la semaine prochaine ?

De quoi pourrait-on parler ? - Florent

Florent — Fri, 22 Feb 2008 21:41:36 +0100

J'aime bien l'idée du système immunitaire

Sondages : Semaine 3 - Florent

Florent — Fri, 22 Feb 2008 21:39:20 +0100

Blog très intéressant, l'un des rares en relation avec la bioinformatique.

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Fri, 22 Feb 2008 14:04:27 +0100

Ok alors je retiens l'idée du système immunitaire pour la semaine prochaine...

De quoi pourrait-on parler ? - Véronique

Véronique — Fri, 22 Feb 2008 10:17:58 +0100

Je me doute Evelyne! Sinon, l'idée que tu proposes sur le système immunitaire est une bonne idée, ça intéresse tout le monde.

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Fri, 22 Feb 2008 08:09:53 +0100

@ John T
************
Euh j'avoue que je pensais recevoir ici des idées moins "technique" et j'avoue aussi ma non-connaissance du sujet proposé. Je peux parler de l'algorithme blast, te dire à quoi sert formadb (à indexer les bases sur lesquelles blast va travailler), mais l'algo de stockage, ça je ne sait pas... mais je peux toujours chercher...

@ Valériane
****************
Ok pour la science, recherche et biologie... Un terme particulier à aborder ?
* un sujet général : qu'est-ce que l'adn ? Comment marche le système immunitaire ?
* un sujet technique : quels sont les analyses de routine en biologie ? Comment déceler une maladie génétique ?

@ Véronique
****************
Désolée, je suis en "recherche" de déco... et j'aime bien le changement...
Promis, ce week-end je vais vraiment réfléchir à la future allure de ce blog. Mais jusqu'à présent, je n'avais pas le temps...

De quoi pourrait-on parler ? - Véronique

Véronique — Thu, 21 Feb 2008 22:23:15 +0100

Idem, comme Valériane.
Merci de penser à nous poser la question Evelyne!
Suis perdue sur ton blog qui est devenu tout sombre

De quoi pourrait-on parler ? - Valériane

Valériane — Thu, 21 Feb 2008 21:42:47 +0100

Moi j'aimerais beaucoup qu'on parle de science, de recherche, de biologie ... mais c'est purement égoïste, c'est parce que ce sont des sujets qui m'intéressent !

De quoi pourrait-on parler ? - John T

John T — Thu, 21 Feb 2008 16:37:30 +0100

Parlez moi de l'algorithme de stockage des sequences par formatdb qui formatte les sequences pour Blast. Comment marche t-il ?

Ma vie, mon métier.... : La prédiction de structure... - Véronique

Véronique — Wed, 20 Feb 2008 21:59:20 +0100

Je repasse par ici pour t'indiquer un lien qui pourrait t'intéresser, trouvé sur BaM (Blog à Moua) sur sciences et blogs:
http://bloguamoua.blogspot.com/2007...

Ma vie, mon métier.... : La prédiction de structure... - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 20 Feb 2008 11:31:25 +0100

Merci beaucoup Véronique...
Disons qu'on fait ce qu'on peut... et qu'on essaye de faire partager ce qu'on aime

Ma vie, mon métier.... : La prédiction de structure... - Véronique

Véronique — Wed, 20 Feb 2008 11:00:31 +0100

Merci Evelyne, tes billets sont passionnants. De vrais articles scientifiques.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Tue, 19 Feb 2008 08:32:36 +0100

Bonjour,
C'est Véro qui m'a signalé votre blog, afin que je vous dise l'importance de l'informatique dans les travaux de Kupiec. D'abord, et je ne vous apprendrais rien, ils ne le sont pas plus chez lui que dans l'ensemble des recherches en biologie ou autres -voir BleuGene/P le supercalculateur que vient d'acquérir le CNRS-. Dans le cas de Kupiec, comme dans de nombreux cas en recherche fondamentale, l'importance réside dans la possibilité d'élaborer des simulations à partir d'un modèle (c'est bien le travail de BlueGene/P). Je vous renvoies à la publication du colloque annuel de 2007, que nous tenons chaque années à l'ENS. Publié par les éditions Syllepse ; il portait justement sur la modélisation en biologie. Dans le cas de JJK, la simulation informatique élaborée avec un physicien du CNES, a tout simplement permis de "vérifier" la validité du modèle "hasard sélection" et "l'expression stochastique du gène", que JJK trimbale dans sa tête et dans ses travaux depuis 30 ans, sans avoir eu jusque là les moyens financiers de le tester en labo. Je ne vous apprendrais rien en rappelant qu'une simulation informatique ne remplace pas la paillasse et ne peut que permettre l'élaboration d'un protocole expérimental en laboratoire. C'est d'ailleurs ce qui se passe dans plusieurs labos dans le monde, depuis que JJK a publié son article rendant compte des résultats de la simulation. Voilà. Si vous voulez plus d'information sur le travail de JJK, n'hésitez pas à me solliciter.

Sondages : Semaine 2 - Véronique

Véronique — Thu, 14 Feb 2008 06:15:48 +0100

Génial! Tant mieux Evelyne, moi, tu l'as compris, je suis preneuse côté sciences! Bravo pour ton dynamisme.

Sondages : Semaine 2 - Véronique

Véronique — Thu, 14 Feb 2008 06:15:39 +0100

Génial! Tant mieux Evelyne, moi, tu l'as compris, je suis preneuse côté sciences! Bravo pour ton dynamisme.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Véronique

Véronique — Tue, 12 Feb 2008 17:57:08 +0100

Merci Evelyne d'avoir répondu si précisemment.
Oui, je parlais de JJ Kupiec; si tu as l'occasion de le lire, c'est très intéressant; et il travaille avec un informaticien sur la théorie qu'il développe; je ne veux pas te dire de bêtises, je reviendrai avec une info précise!

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Tue, 12 Feb 2008 08:26:37 +0100

Les calculs de génération d'arbre que je présente ici sont assez anciens, et se fondent sur des méthodes statistiques "anciennes"...

L'inférence bayésienne se base sur le théorème de Bayes qui date de fin 18ème Siècle. Le maximum de vraisemblance a été développé au début du XXème siècle.

Par contre, je ne sais pas de quand date leurs applications à la génération des arbres phylogénétiques, mais je dirais que c'est assez récent, comme la phylogénie. Il faut aussi considéré que je parle ici de méthodes "classiques" et que d'autres sont développées chaque jour...

Ce tout dernier paragraphe était une ouverture, et je simplifie ici grandement les choses... Avec la phylogénie, il est possible de retrouver l'histoire évolutive des protéines. Si on considère un virus qui attaque un homme, des protéines virales sans aucune histoire "humaine" (pas trouver dans le génome de l'homme) pourront être la cible de médicaments. Le résumé est très rapide et les puristes m'en voudront sans doute mais c'était surtout pour indiquer que la phylogénie est une science qui peut aider la médecine, du moins dans une certaine mesure...

Pour Kupiek, est-ce que tu parles de Jean-Jacques Kupiec ? Biologiste ayant écrit sur la théorie de l'évolution ?
Si oui, effectivement, je connais un peu... mais peu... Je crois savoir qu'il propose que le hasard joue un rôle dans l'évolution. Sa théorie est fondée surtout sur le développement embryonnaire, et je n'en ai fait que peu dans mon cursus universitaire. Je dois donc admettre que mes connaissances sont loin d'être suffisantes pour adhérer à l'une des deux parties ici, d'autant plus que je n'ai pas lu les écrits de Kupiec.
Toutefois, je suis partisane du fait que la biologie est loin d'être une science immuable et que c'est par le développement de théories que la science avance... Alors pourquoi pas, à lire ! :D

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Véronique

Véronique — Tue, 12 Feb 2008 07:34:57 +0100

Passionnant billet.
Juste, deux, trois questions: à quand remontent les programmes utilisés pour obtenir les calculs sur la génération des arbres?
Ton tout dernier paragraphe: je ne comprends pas très bien?
Et enfin, connais-tu les travaux de Kupiek?

Sondages : Semaine 1 - Véronique

Véronique — Wed, 06 Feb 2008 23:33:37 +0100

C'est une bonne idée "ma vie, mon métier"; je suis sûre que nous allons aprendre beaucoup de choses sur ton métier, domaine "de pointe" s'il en est!

Sondages : Semaine 1 - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 06 Feb 2008 09:40:12 +0100

Oui c'est sûr...

Mais bon, soyons franc, nous développons un site internet ou un blog pour nos fidèles lecteurs, intéressés par ce que l'on dit. Ici, c'est leur avis avant tout qui m'intéresse non pas pour "fidéliser la clientèle" mais surtout pour que mon blog ne sois pas obsolète d'ici 2 mois. Ainsi, j'attache une importance toute particulière à écouter tous les conseils et recommandations que l'on veut bien me donner pour que ce blog se développe de la meilleurs façon possible.

Sondages : Semaine 1 - Modérateur

Modérateur — Wed, 06 Feb 2008 09:09:26 +0100

Effectivement, les personnes les plus tentées de répondre sont celles qui apprécient un blog ! Ou qui le détestent... Dans tous les cas, malheureusement peu de monde répond... Mais c'est toujours intéressant, après quelques semaines, d'obtenir une tendance significative.

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 06 Feb 2008 07:52:08 +0100

Véronique
*************
Pour ce qui est des bases de données "françaises", je ne connais que celles développées au sein même d'un laboratoire pour utilisation personnelle, et encore.
En effet, l'usage veut que tout soit en anglais, à la fois par habitude mais surtout parce que tous les collaborateurs d'une équipe ne sont pas forcément francophones.

Florent
********
Merci beaucoup de ton soutien... J'espère pouvoir développer ce blog de mieux en mieux

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Florent

Florent — Tue, 05 Feb 2008 23:16:43 +0100

Très bon blog, ça fait plaisir d'entendre parler de la bioinformatique.

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Véronique

Véronique — Tue, 05 Feb 2008 18:31:50 +0100

C'est très intéressant, et l'on comprend de mieux en mieux ton métier.
Y-a-t-il des bases de données en français, ou sont-elles toutes en anglais, biology oblige?

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Mon, 04 Feb 2008 13:13:01 +0100

C'est bien pour cela qu'on parle "biologique" avec des biologistes...
Non, je rigole... Ce n'est pas compliqué, il suffit de bien expliquer les choses, de mettre le temps qu'il faut lors des réunions pour poser les problèmes "techniques" dont la réponse est "biologique".

Globalement, il n'y a pas de problème. Mais il faut de temps en temps se tourner vers de vrai informaticien si le problème à résoudre est véritablement technique.

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Julien B.

Julien B. — Mon, 04 Feb 2008 13:09:48 +0100

Je te rassure tout de suite, il n'y a aucun copyright sur mon titre. Tu peux t'en inspirer comme tu veux.

Billet intéressant ^^
Est-ce facile de disucter avec les chercheurs sur des sujets relatifs aux base de données ?
Parce que je me doute que le langage typement "informatique" ne leur est pas compréhensible tout de suite, non?

La bioinformatique, où trouver un emploi ? - Modérateur

Modérateur — Mon, 15 Oct 2007 17:12:35 +0200

Comme quoi, Plugoo est bien utile Merci pour ces éclaircissements !

Et le bioinformaticien dans tout ça ?? - Evelyne D.

Evelyne D. — Sun, 14 Oct 2007 09:36:45 +0200

Les études pour faire de la bioinfo sont multiples.

Tu as la possibilité de faire dans certaines fac des master 2 spécialisés en Bioinfo ou Biostat ou encore Génomique (spécialité souvent en 2eme année) sur Paris, Marseille, Grenoble et Toulouse. Je ne connais que ces formations, mais peut-être en existe-t-il d'autres...

Il existe encore des écoles d'ingénieurs spécialisées en Biotechnologies qui offrent des modules de Bioinformatique. Cette partie m'est un peu moins connue mais je crois connaître une école de Biotech à Sofia-Antipolis.

Et le bioinformaticien dans tout ça ?? - Justine

Justine — Sat, 13 Oct 2007 19:52:12 +0200

Merci beaucoup pour ces infos, mais j'aimerais savoir quelles études faut faire pour y arriver ?

Et le bioinformaticien dans tout ça ?? - Modérateur

Modérateur — Mon, 27 Aug 2007 14:15:18 +0200

Très bonne présentation en effet ! Je suis sûr que ce billet apprendra beaucoup de choses à tes lecteurs.

Et le bioinformaticien dans tout ça ?? - FmR

FmR — Tue, 21 Aug 2007 17:47:24 +0200

Je ne connaissais pas bien ce métier, grâce à cette présentation je dormirai un peu moins bête. Merci pour ces infos !