Ingénieur Bioinformaticienne - Tag - emploi

Débat du mois : l'emploi au féminin

Evelyne Duvernois — Fri, 26 Sep 2008 13:53:00 +0200

Voilà, le débat du mois est lancé. J'ai mis un peu de temps à publier mon "expertise". Cela valait-il le coup ? Vous me le direz après m'avoir lu !
Après Nathalie, Véronique, Marie, Patricia, Seb, Sylvain et Sylve, c'est enfin mon tour !

Pour parler d'emploi au féminin, je pense qu'il faut déjà parler d'emploi tout court... Selon les dictionnaires en tout genre, un emploi correspond à un contrat entre 2 parties, un employeur et un employé, pour réaliser un travail contre rémunération.

Il n'y a donc pas de "genre masculin/féminin" là dedans.
On ne distingue pas "emploi au féminin" et "emploi au masculin"...
Alors pourquoi débattons-nous aujourd'hui ? Tentons une explication dans le milieu qui me caractérise le plus : la recherche française et le monde de la bioinformatique !

Alors alors c'est parti, vous cherchez un emploi dans la recherche. Vous êtes technicienne, ingénieur (et même ingénieuse) ou chercheuse, vous êtes surtout une femme ! Telle est l'épée de Damoclès qui vous est tombée dessus dès votre naissance : être une femme dans la recherche française, ce n'est pas de tout repos !

Vous sortez des études en biologie, chimie, physique... et vous voulez percer dans le milieu de la recherche. En tant que "jeune femme et jeune active", vous cumulez un peu les mauvais points. Nombreux sont les milieux professionnel où les femmes sont encore mal perçues : une femme c'est forcément bavard, ce n'est pas assez productif, c'est une faible chose et pour peut que ça soit une blonde... Non j'exagère un peu là !

En ce moment dans la recherche, les emplois ne sont pas simples à trouver, mais c'est le lot de tout le monde, garçon ou fille. Tout dépend le milieu dans lequel vous cherches. Je vais m'attarder un peu plus sur le milieu que je connais le mieux : la bioinformatique !

Une femme bioinformaticienne

Il est vrai que la bioinformatique n'est pas encore un milieu très "féminin". Le terme "informatique" fait penser qu'on programme toute la journée, qu'on est enfermé dans une sorte de grotte souterraine, sans lumière, sans visite, sans vie sociale. Bref, en tant que bioinformaticienne, nous sommes forcément des garçons manqués pour souhaiter faire ce travail ! Et bien que nenni, cher lecteur. La bioinformatique est un monde d'échange, de collaboration, où toute femme et tout homme a sa place.

Jusqu'à présent, ma "qualité" de femme n'a jamais été un problème. Mon chef actuel n'a aucun préjugé et préfère les qualités d'un candidat à son apparence. Je remplace d'ailleurs une autre femme à mon poste. Mes collègues sont des hommes ET des femmes, en nombre équivalent. J'ai toujours été bien accueillie dans mes emplois et stages, mes idées sont écoutées, prises en compte, étudiées. De même durant mes études, filles et garçons s'entendaient bien et l'entre-aide était de rigueur (oui je sais, j'ai fait une super formation avec des gens supers). Bref, on ne peut pas vraiment dire que mon environnement de travail soit le plus mauvais pour une femme.

Les avantages d'être une femme en bioinformatique :

Depuis que le femmes travaillent (déjà 60 ans et des brouettes, pour la majorité...), pleins de choses se sont dites sur le travail des femmes, et pas toujours très élégantes ! Je pense moi qu'une femme apporte un peu de "douceur à ce monde de bruts" et surtout je pense qu'une femme a sa place dans n'importe quel milieu professionnel.
En bioinformatique, les femmes sont de plus en plus nombreuses. On ne voit plus d'hommes informaticiens isolés dans leur bureau, enfin si, encore un peu, mais ça évolue. La bioinformatique est un de ces métiers qui, je pense, permet d'intégrer un individu à une équipe, qu'il soit homme ou femme. En effet, notre condition même de bioinformaticiens imposent une vision large du travail : nous partageons, nous échangeons, puisque notre travail est pluri-disicplinaire. Peut-être est-ce justement ce côté pluri-disciplinaire qui fait que la bioinformatique est un monde ouvert à tous ?
Je ne sais pas ce qu'être une femme peut apporter à un tel emploi. Je ne suis pas partisane du fait de dire qu'une femme est différente professionnellement d'un homme. Je considère qu'on peut être dynamique ou mollasson, organisé ou bordélique, compétent ou inutile... qu'on soit un homme ou une femme.

Les désavantages à être une femme !

Ce qui se complique surtout, c'est quand vous arrivez à l'age "fatidique" des 25-30 ans où votre patron se dit "tient, mais elle va nous faire un bébé !". Oh oui le gros mot est lancé : BEBE. Ne soyons pas naïves chères lectrices (et peut-être chers lecteurs), ce qui pose problème à notre condition de femme, c'est bien la maternité. Comment mener de front une carrière dans la recherche, ce qui prend de base quelques années, tout en voulant mener une vie de famille. Nombreuses sont celles qui ont baissé les bras pour faire un enfant "tard", passé 35 ans. Nombreuses aussi sont celles qui ont tiré un trait sur leur carrière pour faire des enfants tôt, donc avant 30 ans.
Si vous avez déjà un clone génétiquement non-modifié, la difficulté est identique. La femme chercheuse est forcément une maman ultra-possessive dont le mari/compagnon ne s'occupe jamais du dit clone. Donc, devinez qui doit aller garder le bout de choux quand il est malade ? Quoi, en plus tu en veux plusieurs des enfants ?? Quoi, tu en veux 3 ? Mais c'est horrible ! Quand c'est que tu bosses ? Voilà l'opinion que j'ai souvent vue dans les laboratoires.
La super-woman carriériste de la recherche et maman ultra-pro qui fait les courses, le ménage, à manger et s'occupe de bébé n'est pas encore née. Je pense que là est le plus grand tabou et surtout la plus grande hypocrisie à notre époque, tout milieu confondu. Une femme chercheur devrait toujours faire passer sa carrière en premier, avant sa vie personnelle, ceci pour le respect de ses collègues. Mais il est à l'inverse normal dans notre monde que ce soit la femme qui s'occupe des enfants, et anormal si un homme prend un congès de paternité (si si, ça fait beaucoup jaser !!). Nous ne sommes pas encore dans un monde où on peut trouver un juste milieu...

Conclusion :

Je dirais surtout que le problème dans le recherche est qu'il est normal de ne pas compter ses heures (oups, qui a dit heures sup'). J'aime ce milieu (je suis jeune et pas encore blasée), mais les sacrifices pour une femme sont souvent plus importants que ceux d'un homme.

Dur la recherche !

Une semaine de pré-vacances d'août !

Evelyne Duvernois — Tue, 05 Aug 2008 09:46:00 +0200

J'ai décidé aujourd'hui d'inaugurer une nouvelle catégorie de mon blog, je cite "La vie du bioinformaticien". Oui je sais, je prends souvent des titres qui font peur !
Bon alors, qu'est-ce que je vais bien pouvoir raconter dedans ? En fait, c'est simple. Je vais raconter un peu ma vie de tous les jours. Vu que les journées de travail se suivent mais ne se ressemble pas, j'ai décidé de vous raconter mes journées, une fois vécue (donc le lendemain) pour vous faire partager un peu mon quotidien.

On va commencer aujourd'hui avec hier (si, si, relisez la phrase doucement, ça veut dire quelque chose.). Bref, voilà comment commence ma semaine à une semaine des vacances. Ce n'est pas forcément la semaine la plus représentative, mais c'est souvent la plus remplie de l'année...

JOUR 1 : lundi, c'est parti...

Et voilà, la semaine pré-vacances d'août commence. Ce n'est pas ma semaine favorite, on attend qu'une seule chose : le vendredi pour enfin partir en vacances (pour mon cas, mardi soir de la semaine prochaine mais passons...). Voyons un peu ce qui s'est passé hier :

7h30
Mon chéri vient me réveiller gentiment, en douceur. Il sait que sinon, je boude et je ne me lève pas. Il me demande tout aussi gentiment "chocolat ou café ?" et je lui réponds d'un ton endormi "cafééééééééééééééé". Il sort de la chambre pour me préparer le dit-café (oui oui, j'ai un super chéri !).

7h40
"Le café est prêtttttttttt". Bon bref faut que je me lève. Je pose un pied, puis l'autre et youpla je suis debout. Je vais dans le salon et prend mon petit déjeuné. Au menu café donc, et céréales, y'a plus de pain, faut faire les courses (ça commence bien les semaines comme ça).

8h03
Mon chéri s'en va travailler. Pour ma part, je saute sous la douche et dans mes habits de lumière.

8h21
Je suis au bas de la rue et attend mon bus. Pour une fois que j'arrive à attraper mon bus à l'heure !

8h40
Je suis assise à mon bureau prête à travailler. On passe en revue les flux rss du matin : on lit la presse, les blogs de regionsjob en urgence (je suis quand même au boulot...) et surtout je lis mes mails. Bon 6 spams, 1 mail informatique disant "le réseau est planté sur tel serveur"... inintéressant pour moi !

9h02
Mon chef est rentré de vacances et vient discuter un petit moment. "Comment ça va ? C'était dur sans moi ?" et patati et patata.

9h13
J'ouvre le rapport de stage de mon étudiant. Aller hop, au boulot réellement ! Je corrige, j'annote, je commente... Ça prend du temps tout ça. Je mets tout sur clef usb et rends à César ce qui va à César (bref je donne à mon étudiant une première version corrigée de son rapport de stage). Il va corriger par rapport à ce que je lui ai indiqué, et je recorrigerai, et ainsi de suite jusqu'à ce que tout soit ok !

10h42
Oulala, déjà ! Bon, j'ouvre vite mon rapport d'implémentation, regarde où j'en étais. Ah oui, il faut que je me fasse de la biblio aujourd'hui sur mes enzymes. Aller hop c'est parti sur mes désaturases, mes lipoxygénases et j'en passe. Je compare, annote, lis, rédige la fin de la matinée.

11h48
"Evy, manger ?"... Oui le "Tu viens manger ?" c'est trop long à dire. Et nous voilà parti, on n'oublie pas ceux qui sont dans les bureaux "excentrés" et nous voilà parti pour la cantine. Au menu pour moi, jambon cru avec concombre, compote et fromage blanc. Puis petit café serré pour finir le repas.

12h43
On rentre au bureau. Je réouvre mon ordinateur, fais un check-up de mes mails et flux rss, et recommence à faire ma biblio. Ben oui, c'est jamais fini les choses comme ça. J'en suis à 2 articles lus, et j'ai comme toujours des incohérences. Aller hop, une petite recherche sur PubMed pour trouver les papiers complémentaires.

13h54
Je vais me faire un petit thé. Alors aujourd'hui, c'est "Thé des Ceylan" (c'est marqué sur la boîte), ça change de mon thé vert à la menthe, sans sucre évidemment. Dans le bureau, fenêtre ouverte et ventilateur, il fait environ 30° (je le sais, on a un thermomètre !!!). Au moins la salle café est climatisée elle ! Je retourne à ma biblio et fais un peu de rangement. "J'ai besoin des oméga 6 et 3, c'est quoi ce bordel !!". Ben voilà, il faut que je range mon classeur, sinon je m'y retrouve pas. Je vérifie que mes enzymes sont correctement rangées et attaque l'article 3 de la série.

16h12
Petit mail à mon chéri "Alors pour jeudi soir c'est ok ?". Bon on continue sur la pause "psychologique". Je pars me faire mon 2ème thé de la journée "Si si, mon thé à moi infuse à 70° et pas à 100° ! Sinon il perd de ses qualités." Oui, je suis une pro en matière de thé et j'apprends plein de chose à mes collègues ( ). Bon il me reste combien de vacances ? Je pose 2 jours en septembre pour un mariage, le 2 novembre, y'a un trop gros trou et Noël. Bon, ça c'est fait. Au compteur, il me reste encore 7,5 jours de rtt... Mais je vais poser ça où ???

17h29
Je prépare ma réunion avec mon chef demain. Rentrant de vacances, il souhaite savoir ce qu'on a fait sans lui, moi et mon étudiant. L'étudiant, il prépare son travail de son côté, et moi j'ai plein de choses dont il faut que je discute avec mon chef. Je suis la pro de l'organisation alors je rassemble les 25 post-it collés sur mon étagère et fais un post-it "résumé". Au total, 8 points recensés !

18h12
Ma collègue nous fait de bisous de bonnes vacances. Elle s'en va et on se revoit en septembre. Bonnes vacances à toi. Je discute un peu avec un collègue sur "moi ma vie en thèse" (il est en pleine rédaction !).

19h00
Piouf, j'ai eu mon bus pile poil. Je peux enfin rentrer à la maison. J'y arrive 20 minutes plus tard.

20h00
Je fais à manger. Au menu de ce soir, une tranche de gigot d'agneau avec tomate piment et oignon, avec un peu de riz. Dessert : glace avec quelques petites framboises. Une fois fini de manger, on se repose devant la télé. On regarde FBI mais on les a déjà vu. On supporte le premier épisode, mais pas le 2ème. Je pars me coucher avec mon livre et je bouquine jusqu'à éteindre la lumière... Bonne nuit les petits !

Voilà une première journée dans ma vie. Ça vous a plu ?

Apport de la bioinformatique dans la vie de tous les jours

Evelyne Duvernois — Tue, 22 Jul 2008 09:42:00 +0200

Et oui, la bioinformatique c'est un nom compliqué. On ne sait pas bien à quoi cela sert, on ne sait non plus ce que font ces fameux bioinformaticiens. Mais la question qui brûle les lèvres à tout le monde, c'est surtout : qu'est-ce que ça nous apporte à nous, pauvres mortels ?

La question est difficile et la réponse encore plus. La bioinformatique n'est pas un métier où les applications sont directes, visibles, applicables. Le travail du bioinformaticien est le plus souvent une aide pour appréhender un phénomène P.

Tentative d'explication par l'exemple tout de même. Suivez le guide !

En quoi la bioinformatique est utile à la société ? C'est une bonne question, merci de l'avoir poser !

Le bioinformaticien développe des médicaments ? Pas vraiment !
Le bioinformaticien crée de nouveaux logiciels pour le public ? Non plus !
Mais alors, que fait-il véritablement pour notre société ?

Il est relativement difficile à répondre à la question "que fait le bioinformaticien pour nous ?". Le travail du bioinformaticien est en relation avec le monde de la biologie dans son ensemble, sans pour autant être "visible" de l'extérieur. Il est clair que son action influe sur les percées dans certains domaines mais il faut avouer que pour le commun des mortels, vu de l'extérieur, son travail est plutôt abstrait voire illusoire voire inutile (?). Je vais tout de même tenter une présentation des bienfaits apportés par la bioinformatique au monde de la biologie, et donc ayant un intérêt pour tous.
Comment donc répondre à cette question le mieux possible ? Je vais tenter d'aborder des petits exemples dans lesquels l'action d'un bioinformaticien est requise. Peut-être ces exemples vous aideront-ils à mieux percer à jour l'intérêt d'une telle valeur ajoutée pour un laboratoire.

Je pense que vous avez tous toucher à un ordinateur dans votre vie (sinon vous ne seriez pas en train de me lire) et que vous avez tous parcouru des listings de milliers de lignes en quête d'une information X ou Y, que vous avez sans doute dû un jour copier coller des dizaines de fichiers, ou que vous avez déjà perdu votre dossier contenant le rapport hyper important de la réunion du lendemain. C'est "petites" choses sont tout autant présentes en biologie, à ceci près que le volume de données est bien souvent énorme, qu'une traçabilité est nécessaire dans toute expérience et que des tests statistiques doivent valider les résultats. Une répétition des tâches est souvent nécessaires pour obtenir un résultat. La bioinformatique peut aider un biologiste en créant des scripts qui feront ces tâches répétitives sans qu'aucune erreur de copier-coller ne sera produite : pipeline d'alignement de séquences, remplissage automatique de bases de données à partir de fichier ou formulaires (sauvegarde + rangement). Bref, tout ceci augmente de manière considérable la productivité d'un laboratoire puisque des tâches répétitives sans aucun intérêt scientifique peuvent être faites plus vite et mieux via des programmes informatiques.

De plus, et comme précisé précédemment, la biologie nécessite des contrôles soigneux, des vérifications, des contre-expertises, ce qui nécessitent l'utilisation de tests statistiques. Ainsi, les chercheurs peuvent faire appel à des biostatisticiens pour gérer les problèmes mathématiques et assurer un contrôle qualité du produit. Le biostatisticien peut étudier une population, faire des hypothèses d'évolution... et se servir des logiciels spécifiques de manière plus fine que ne le ferait un biologiste avec peu de connaissances en mathématiques probabilistes. Il pourra aussi développer informatiquement des scripts permettant la réalisation automatique d'une chaîne de contrôles statistiques pour valider une expérience.

En outre, en biologie, nous avons souvent à faire face à un problème très ennuyeux : le problème technique ! Souvent, la technique actuelle nous bloque dans nos expériences. En effet, par exemple, pour représenter en 3D une molécule, celle-ci doit être cristallisée puis analysée très précisément. Or, dans de nombreux cas, la cristallisation est impossible. On fait donc appel à des bioinformaticiens qui auront pour tâche d'élaborer une comparaison avec des protéines proches pour "deviner" la structure la plus probable d'une manière statistique. C'est ce qu'on appelle faire de la prédiction de structure. Cela passe par l'étude d'homologues (protéines autres proches de manière évolutive) mais aussi par l'analyse de la séquence des acides-aminés. Ma connaissance du sujet étant faible, j'espère que vous me pardonnerez mes raccourcis.
La prédiction est un travail récurrent pour le bioinformaticien qui travaille souvent sur des données dites "putatives" c'est-à-dire non vérifiées expérimentalement. Personnellement, je crée des données de manière in silico, c'est-à-dire des données informatiques qui collent à la réalité biologique.
C'est aussi ce besoin qui permet aux bioinformaticiens de développer les logiciels de demain !

Enfin, le bioinformaticien est très utile quand il s'agit de mettre en place un partage de connaissances pour toute la communauté scientifique. En effet, la biologie n'est utile que si plusieurs équipes peuvent travailler de manière conjointe, et avoir accès à des logiciels semblables. Pour ce faire, des nombreuses connaissances sont partagées sur la toile via des banques de données publiques, qui permettent d'avoir à disposition les protéines connues pour un organisme donné, les voies métaboliques particulière d'un autre, la structure des protéines, des enzymes, des classifications qui font foi dans la communauté (ontologies GO)... Il n'y a plus de chercheurs fous dans son laboratoire, seul et protégeant ses connaissances. Le monde de la recherche est actuellement à l'ère de la collaboration. On partage et on reconnaît le travail de chacun.

Certes, l'activité réelle du bioinformaticien n'est pas forcément visible pour tout un chacun, mais elle devient vite essentielle au bon déroulement des recherches dans un laboratoire pour automatiser des tâches, vérifier la qualité des produits, développer les nouveaux logiciels et prédire des événements, et surtout partager les connaissances.

En espérant vous avoir éclairer sur mon métier... N'hésitez pas à me poser des questions !

Le vrai visage de la bioinformatique : le bioinformaticien

Evelyne Duvernois — Fri, 11 Jul 2008 09:22:00 +0200

Suite à mon dernier sondage en date, qui date il vrai de plusieurs semaines, il est apparu à mes lecteurs une envie de découvrir plus profondément mon travail, mes capacités, mes aspirations, bref, ce qui fait de moi une bioinformaticienne.

J'inaugure donc ici une nouvelle catégorie de mon blog à laquelle j'ai rattaché des vieux billets, concernant le vrai visage de la bioinformatique !

Ingénieur Bioinformaticien... Joli nom mais ça veut dire quoi en réalité ? Voilà ce que je vais tenter d'expliquer dans ce billet...

1. Les compétences requises pour faire un bon bioinformaticien

Je le répète souvent dans mes billets, je considère le métier de bioinformaticien comme appartenant à la grande famille des métiers de la biologie. Il faut ici comprendre que le bioinformaticien est celui qui traite l'information de et pour la biologie.

Il n'est pas, à mon sens, un informaticien au sens où la plupart des gens l'entendent. Ce n'est pas la personne que vous recherchez si vous voulez gérez un réseau intranet ou lui faire faire tout ce qu'un informaticien sait faire. Sa plus-value, sa valeur ajoutée pour parler plus français, c'est de véritablement comprendre la biologie. C'est ce qui fait son intérêt et ce qui mérite d'être souligné dans toute offre d'emploi pour la bioinformatique.

En effet, le monde de la biologie est complexe. Ce n'est pas une matière mais un domaine. J'entends par là que la biologie est vaste et que votre voisin peut être biologiste, sans faire le même travaille que vous. De nombreuses thématiques se mélangent, s'entrechoquent et se rencontrent dans le grand monde de la biologie moderne. C'est cette pluralité inhérente à la biologie qui permet la création d'un nombre de données importants. Le bioinformaticien sert à gérer ces données, c'est son travail et sa particularité.

Ainsi, un bon bioinformaticien est à mon sens une personne qualifiée pour comprendre la biologie, comprendre les divers aspects d'une thématique tout en ayant des connaissances nécessaires dans le domaine de recherche, tout en étant capable de développer les outils logiciels, techniques ou statistiques nécessaires pour étudier correctement les données émises.

2. Capacités informatiques

Le bioinformaticien est un biologiste, je le redis encore une fois (c'est juste histoire que ça rentre ! ). Mais quand est-il de ses compétences en informatique ? Je dirais que là, tout dépend de la personne. En effet, on peut se passionner pour la lecture des tutoriaux des langages informatiques ... ou non ! Personnellement, je pense savoir développer dans la mesure de mes compétences. Je suis consciente du fait que certains de mes codes feraient hurler sans doute de véritables informaticiens.
"Ton code n'est pas propre !"... Je n'ai jamais compris comment Monsieur Propre pouvait agir sur un code info...

Ceci étant, je suis je pense à même de mener un projet dont la part informatique est grande. Mon travail est de poser les bases, de concrétiser les idées "biologiques" par un développement informatique. Je fais tout pour que mes codes soient "propres" et optimisés à souhait. Toutefois, le monde de la bioinformatique est aussi couvert par de véritables informaticiens de métiers, qui sont charger de véritablement gérer le côté ultra-technique que requiert la biologie.

Ainsi, tout le monde a sa place et nos travaux respectifs sont inter-dépendants !

Pour parler un peu de moi, mes compétences informatiques vont de la création du simple script en langage tel que python au développement d'application standalone en java. Je touche aussi au développement web avec le php et surtout, pour ce qui est de mon travail actuel, je gère des bases de données en postgresql ou mysql. Je "touche" donc à beaucoup de choses et me perfectionne chaque jour !

J'espère que ce billet vous aura éclairer un peu sur ce qui fait mon métier. Je développerai plus tard les aspects plus concrets pour vous, chers lecteurs, concernant la bioinformatique dans le vie de tous les jours, et la description sans doute d'une de mes journées type. Si vous avez des remarques, comme d'habitude, n'hésitez pas !

Netvibes public, ou comment copier son cher et tendre...

Evelyne Duvernois — Thu, 05 Jun 2008 09:05:00 +0200

Et bien oui, je l'avoue, je copie honteusement sur mon "cher et tendre" et vous fais partager ma page publique de Netvibes...

Cette page est en construction mais vous y trouverez des renseignements sur ma formation, en particulier les pages Web associées aux établissements que j'ai fréquentés ! Bonne lecture à tous !