Ingénieur Bioinformaticienne - Tag - expérience professionnelle

Phylogénie et visibilité font bon ménage...

Evelyne Duvernois — Thu, 10 Apr 2008 10:07:00 +0200

Petite annonce aujourd'hui pour grand moment d'augmentation de ma propre visibilité grâce à la publication d'un de mes billets sur le journal en ligne TechnAgora, intitulé La Phylogénie, ou comment remonter le temps grâce à l'ADN... Ce billet a été écrit dans le cadre de ma rubrique "Ma vie, mon métier...", sur le métier de Phylogénéticien et vous avez donc pu déjà le lire en "avant première" sur ce blog.

Je suis ravie que cette collaboration avec TechnAgora ait pu se faire et je vous invite tous à découvrir ou à redécouvrir, ce journal en ligne dédié plus particulièrement à la communauté des ingénieurs, mais ouverts à tous. Merci donc à Technagora pour m'avoir permis de participer à cette édition d'avril.

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques !

Evelyne Duvernois — Thu, 31 Jan 2008 15:21:00 +0100

Comme le disait il n'y a pas si longtemps Julien ici, sa série "Un jour, un métier..." est dédiée à la description d'une des facettes du métier d'ingénieur en génie industriel.
Pour ma part, j'ai créé la série "Ma vie, mon métier..." pour vous parler plus profondément du métier de bioinformaticien actuellement en France. J'espère que Julien ne m'en voudra pas trop de m'être honteusement inspiré son titre de série...

Et pour commencer cette série, je vais parler de ce que je fais tous les jours depuis maintenant 2 mois : créer et gérer des bases de données biologiques.

Qu'est-ce qu'une base de données ?

Pour commencer, commençons bien et commençons par le début ! Savez-vous exactement ce qu'est une base de données et à quoi cela sert ? Si la réponse est non, ce petit paragraphe va remplir ces inconnues avec quelques notions essentielles à la compréhension du métier.

Une base de données est une structure très commune, permettant de rassembler au sein d'une même entité un ensemble de données ayant une cohérence entre-elles. Les bases de données se retrouvent dans le milieu de la biologie mais aussi dans tous les milieux professionnels, de la banque à l'hotellerie, en passant par le milieu de la recherche internationale.

Le but d'une base de données est d'avoir :

accès simultanée aux données par plusieurs postes
grande capacité de stockage
une gestion plus facile (pas besoin de recouper 25 fichiers différents) : centralisation des données + confidentialité

PS: pour les puristes, je ne ferais pas le distingo ici entre base et banques de données

Les missions de l'ingénieur

La mission principale ici est, bien évidemment, de créer la base de données demandées mais cela passe par plusieurs phases qui ne sont pas forcément toutes rencontrées par des ingénieurs informaticiens.

Rencontrer les chercheurs : une base de données biologiques n'est correcte que si elle a été créée en adéquation avec le monde scientifique. Il ne sert à rien de refaire ce qui a déjà été fait et il ne sert à rien de faire ce qui ne servira pas. Ainsi, il faut de nombreuses discussions avec les chercheurs qui sont à l'origine du projet pour comprendre leurs attentes et comprendre à quoi pourra et devra servir la base.
Vérifier la localisation des données : Les données biologiques sont multiples : elles sont "trouvées" sur des publications, générées automatiquement via des règles précises (synthèse dite in silico), ou calculées (exemple : masse des composés). Le but est donc, avant la création de toute base, d'analyser le type de données nécessaires et de vérifier où trouver ces données. Lors un cas récent auquel j'ai dû faire face, le but était de créer une base regroupant des informations présentes sur plusieurs supports au sein d'une même structure, ceci afin de simplifier les interrogations.
A la mode informatique : Une fois que ces étapes sont réalisées, nous nous changeons alors en véritable informaticien, et nous réfléchissons au schéma de la base, et nous commençons notre codage. Ce qu'il faut néanmoins savoir est que la majorité des biologistes ne connaissent pas la langage des bases de données (SQL) et qu'il faut prévoir un outil de requêtage pour eux, avec une interface conviviale.

Pourquoi un bioinformaticien pour ce travail ?

Il est vrai que la création d'une base de données peut parraître spécifique des informaticiens "purs". Toutefois, il faut considérer ici que les biologistes ne parlent pas le langage informatique et que le dialogue entre 2 personnes ne comprenant pas le monde de l'autre est difficile.
Un bioinformaticien a pour capacité de comprendre les 2 mondes, sans pour autant être excellent dans les 2 domaines. Sa spécificité est ici d'être multi-thématique et d'avoir une forte capacité d'adaptation.

De plus, pour comprendre comment construire sa base de données "biologiques", il faut comprendre les données, et pouvoir dégager des tables d'intérêt, à la fois pour permettre d'interroger facilement la base mais aussi que les entités crées aient biologiquement du sens.

Exemple de bases de donnes "biologiques"

PubMed regroupe les papiers publiés
Uniprot KB regroupe des informations sur les protéines
PubChem regroupe des informations sur des éléments chimiques
... et encore bien bien d'autres...

Travail et valorisation de son travail...

Evelyne Duvernois — Tue, 29 Jan 2008 15:42:00 +0100

Qu'est-ce que son travail sans la valorisation de son travail ?

Dans le monde impitoyable de l'emploi, une constante reste : comment est valoriser votre travail ?

J'ouvre ici cette discussion sur ce sujet car il me semble important de souligner que la motivation doit être certes importante pendant la recherche d'un emploi, mais elle doit l'être aussi pendant le dit emploi. Et cette fameuse motivation passe entre autre, à mon sens, par la valorisation de son travail.

Pourquoi cette nécessité d'être valorisé dans son travail ?
Ou trouver cette valorisation ?
Voilà quelques questions auxquelles je tente de donner mes réponses.

Pourquoi a-t-on besoin d'être valoriser dans son travail ?

La valorisation de son travail est une chose essentielle à sa vie professionnel.
Pourquoi travailler si son travail n'est pas reconnu, et donc valorisé ? Autant que quelqu'un d'autre s'en charge !

Selon nos fameux amis les RH, les désirs personnels s'étalent au sein d'une pyramide inversée appelée "Pyramide de Maslow". Si si je suis certaine qu'on vous en a déjà parlé. Si ce n'est pas le cas, voilà à quoi cela ressemble : Les étapes basales correspondent à des besoins primaires de l'individu (manger, dormir, se protéger...) et les étapes hautes constituent véritablement ce qui est nécessaire au bien être moral et mental d'une personne. L'estime et l'accomplissement personnel rejoignent cette notion de valorisation de l'individu tant personnellement que professionnellement.

Un individu quel qu'il soit à besoin d'être reconnu et valorisé pour se sentir exister, que ce soit personnellement ET professionnellement. Mais restons dans le monde du travail. Un employé qui n'obtient aucun retour sur son travail se sent inutile au sein de son équipe et au sein de son entreprise. Cela fait echo à :

ne plus aimer aller au travail
ne plus se sentir à l'aise dans son travail
aller au travail... à reculons !

Ou trouver cette valorisation ? Vient-elle à nous ou devons nous la cultiver ?

Je dirais simplement ici que la valorisation de son travail peut être obtenue de plusieurs façons :

La valorisation "abstraite"

Au niveau de son équipe de travail

Combien est-il plaisant de s'entendre dire qu'on a fait du "bon boulot" ! Si, si, je vous jure, c'est très agréable ! Que ce soit de ses collaborateurs proches ou encore plus de son chef direct, une remarque positive sur son travail est un atout important pour se remotiver.
La première valorisation qu'un employé peut avoir est donc le retour que ses collègues lui font au jour le jour.

Au niveau de son entreprise

Une autre façon de se sentir valorisé est au niveau de sa propre entreprise. Une des clefs ici est sans doute les entretiens annuels qui permettent de discuter avec son manager de son profil, de son évolution ainsi que de ses efforts / objectifs atteints. Ces entretiens sont très importants je pense, puisqu'ils permettent de se remettre à jour dans les objectifs qui nous ont été confié et puisqu'ils permettent d'avoir un retour verbal de son manager sur ces objectifs. En effet, un manager travaille avec vous mais n'est pas forcément votre chef direct et ne voit donc pas vos progrès au jour le jour.

La valorisation "physique"

Je pense ici à mes collègues scientifiques et à leur valorisation vis à vis des papiers qu'ils publient. Un papier publié fait écho à une reconnaissance internationnale. Son travail est ainsi valorisé par toute la communauté internationale, d'autant plus que le journal est d'importance...

Je vous laisse donc à vos commentaires...
Bonne lecture à tous !

Le débat du mois, c'est Parti !

Evelyne Duvernois — Sat, 26 Jan 2008 08:20:00 +0100

"La candidature spontanée (par e-mail, par écrit..) et les annonces à cibler (adaptation du CV,...)", en voilà un beau sujet à traiter...

Souvent, lorsqu'une recherche d'emploi se prolonge, la question se pose alors de contacter directement les entreprises dans son domaine de compétence pour leur proposer directement ses services. Ces candidatures spontanées sont-elles réellement payantes ? Comment faire pour que sa candidature spontanée retienne l'attention de possibles recruteurs ?

Mails, envoi papier, appel téléphonique... les moyens sont multiples mais sont-ils réellement efficaces ? Quel beau programme pour véritablement se provoquer une bonne migraine...

Je vous donne ici mes quelques éléments de réponse...

Pourquoi proposer sa candidature spontanée

Dans le monde diabolique de la recherche d'emploi, un des outils possibles est de candidater spontanément vers les entreprises d'intérêt. Cette mesure peut paraître inutile à certains mais elle s'avère payante dans plusieurs cas :

Candidater spontanément peut payer : il "suffit" d'arriver au bon moment (je vous jure, ça m'est arrivé...), par exemple de proposer ses services alors que l'entreprise était sur le point de publier une annonce, ou tout simplement de ne pas avoir vu l'annonce collant à son propre profil.

Introduire son CV dans les bases de données de l'entreprise : même si cette candidature spontanée ne paye pas au moment de l'envoi, sachez que de nombreuses entreprises conservent vos CV et peuvent éventuellement vous rappelez ultérieurement si votre profil colle à une nouvelle proposition d'emploi.

Que faire pour bien réussir une candidature spontanée

Se préparer !

Comme le dit si bien Julien, aussi bien que pour n'importe qu'elle candidature, une candidature spontanée se prépare. Tout d'abord, il faut cibler sa demande et ne pas postuler à tord et à travers chez toutes les entreprises d'une région. Vous ave alors plus de risques de multiplier les candidatures inutiles que de véritablement pouvoir obtenir un poste.
Il faut se renseigner sur l'entreprise chez laquelle on postule. Il faut connaître ses capacités d'emploi, ses chiffres (bénéfices, nombre d'employés...) et bien cibler le domaine de compétence de l'entreprise. Quelques sites internet comme la Chambre de Commerce et d'Industrie peuvent vous donner ces informations mais penser toujours à les vérifier en multipliant les sources, ou même en prenant directement contact avec l'entreprise. Cela fait toujours mauvais effet de se tromper sur ces informations...

Revoir son CV

Comme pour toute candidature, il faut revoir son CV et sa lettre de motivation. Sans toutefois trop "modifier" son CV, il faut mettre en évidence les compétences susceptibles d'intéresser un potentiel recruteur. Cela peut passer par une mise en page différente, des couleurs ou une police en gras pour insister sur quelques expériences significatives. Enfin, je ne suis pas partisane de l'adaptation "trop forte" (entendre mensonge éhonté) d'un CV car je suis encore jeune diplômée et je considère toute expérience comme importante. Toutefois, les expériences considérées comme inutiles peuvent être "gommées" (entendre ici la réduction des détails) en gardant en mémoire qu'il faut toujours pouvoir donner des explications sur un "trou d'années" dans son CV ou sur une expérience peut décrite.
Des formations personnelles réalisées en entreprise ou de son propre chef doivent être indiquées si elles représentent un atout important à l'obtention d'un emploi.

Revoir sa lettre de motivation.

Ce qui s'applique au CV s'applique de même à la lettre de motivation. Une lettre de motivation se découpe en 3 parties

L'introduction : doit refléter le fait que l'entreprise avec ses opportunités d'emploi et ses compétences vous intéresse
Le développement : décrit ce que vous apportez à l'entreprise par vos compétences techniques mais aussi humaines
La conclusion : doit être l'accroche final de la lecture de la lettre et doit montrer votre confiance en vous (certitude qu'on va vous appeler...)

Mise en forme technique

Envoi par mail ou par papier ?

Je dirais simplement ici que la solution diffère selon le domaine auquel on postule. En ce qui me concerne, la bioinformatique est un domaine "jeune" et dynamique, dont les principaux acteurs travaillent leur 35h/semaine minimum les yeux rivés sur un ordinateur. Pour les toucher, mieux vaut un mail. De même, si on n'obtient pas d'adresse d'un acteur principal susceptible de vous recruter, je considère qu'un mail est plus facilement transmissible au sein de l'entreprise.

Envoi en pièces jointes ou dans le corps du mail

Deux écoles s'affrontent quant à l'insertion des pièces d'un dossier en pièces jointes d'un mail corps du mail. Je dirais que cela dépends vraiment de la personne que vous cibler. Si elle doit transmettre les pièces à quelqu'un, il est tout aussi simple pour elle de transférer les pièces jointes directement. Je préfère pour ma part cette solution de CV et lettre de motivation en pièces jointes avec comme corps de mail, un petit texte explicatif de ce que je recherche. De plus, je préfère le format pdf plus sécurisant (modifications non effectives, mise en page conservée...) pour ms pièces jointes.

Envoi des CV et lettres de motivation en pièces jointes

Comme le dit si bien Sylvie sur son post dédié au sujet, un petit détail qui fait son importance, toujours préciser son nom sur les fichiers envoyés. Toutefois, j'apporte ici un petit bémol qui est que je préfère mettre NOM_CV et NOM_LETTREdeMOTIVATION car ainsi, si le recruteur reçoit de nombreuses candidatures, il pourra obtenir dans un dossier informatique votre CV et votre lettre de motivation l'une en dessous de l'autre...
Il n'aura pas à défiler tous les dossiers pour atteindre les pièces liées à votre candidature, mais cela n'engage que moi...

En conclusion

Je dois bien admettre que les réponses aux candidatures spontanées sont rares. Toutefois, et comme on le dit parfois, tant qu'il y a de la vie, il y a de l'espoir. Cette technique permet quand même de placer un CV dans une entreprise.
En outre, postuler lors d'une candidature spontanée ne vous assure pas d'un poste et vos recherches ne doivent pas s'arrêter à quelques CV envoyés de ci de là. Les recherches doivent toujours être active.
Je rajouterai même à ce cas que malgré le fait d'avoir obtenu un CDD, mes recherches n'en sont pas moins stoppées. Je reste active, je poursuis mes recherches et je me renseigne sur le type de profil recherché dans les entreprises qui m'intéressent. Je profite également des opportunités de formation lors de mon CDD pour acquérir de nouvelles compétences qui pourront m'être essentielles lors d'une future candidature spontanée.

Les 10 commandements de la candidature spontanée

Ma recherche des entreprises susceptibles de m'employer je ciblerai
Me renseigner sur l'entreprise je ferais
Mes sources et mes informations je vérifierai
Mon CV je remanierai pour mettre en valeur les compétences qui pourraient intéresser
Ma lettre de motivation je reformaterai
Les pièces jointes je mettrai en PDF
Dans le nom des pièces jointes, je préciserai mon nom
Quelques semaines j'attendrai patiemment et au bout d'un mois, je pourrais éventuellement relancer ma candidature
Désespéré(e) je ne serai pas, si une réponse négative me parvient
Dans l'attente, je continuerai mes recherches

Je vous ai un peu abandonné...

Evelyne Duvernois — Thu, 03 Jan 2008 07:50:00 +0100

Je crois bien avoir failli à l'une de mes propres règles de conduite à suivre pour un blog : ne pas le laisser à l'abandon ! Mais qu'a-t-il donc pu m'arriver pour être à ce point prise, que je n'ai pas eu le temps de faire le moindre billet depuis des semaines ?

Ai-je été prise dans un tourbillon de fénéantise à n'en plus finir ? Suis-je tombée dans un trou spatio-temporel qui m'a empêché d'approcher de mon ordinateur ?
NON, mais des décisions importantes à prendre sont venues interférer avec mon emploi du temps !!!

Mi-octobre ??? Et oui, voilà bien la dernière fois où je vous ai écrit un réel petit mot sur ce blog. INEXCUSABLE !!!
Pour me faire pardonner, voici pourquoi j'ai été à ce point prise que je n'ai pas pû vous écrire ce serais-ce qu'un petit mot...

1. Les préparatifs de mon nouvel emploi

Entrant dans une grande entreprise, les démarches administratives nécessaires à mon nouvel emploi sont longues et rigoureuses. Après de multiples documents à remplir, et d'autres à fournir, il faut attendre plusieurs semaines avant que votre dossier soit accepté définitivement. De plus, ces démarches ont débutés avant la fin véritable de mes études, avant le passage de mon oral de stage et donc avant tout document explicatif précisant l'obtention de mon diplome. Une démarche de plus à prévoir pour obtenir de sa faculté un justificatif de diplome avant l'heure et en urgence...
De plus, pour mon nouvel emploi, il me fallait lire une thèse pour entrer dans le projet qui m'était proposé. Je voulais lire cette thèse avant de débuter mon contrat. En outre, je ne voulais pas me presser pour la lire, afin de prendre le temps de la découvrir, de la digérer et de bien comprendre pour être fin prête pour ma 1ère journée.

2. Mes vacances

Et oui, après le mois de septembre et mes dernières choses à faire (entendez par là dernières réunions et oral de stage), j'ai pû enfin profiter de véritables vacances, et je ne m'en suis pas privée.

Après une petite halte chez papa maman pour me ressourcer, j'ai profité de ces jours de repos pour me consacrer, pour une fois à moi. Ainsi, mes journées étaient consacrées tout d'abord à du shopping : garde robe à modifier d'urgence pour quitter le statut de jeune étudiante et à passer à celui de salarié d'entreprise.
Ensuite, j'ai enfin pu lire la pile de livres en attente qui ne demandaient qu'à être lu. Cela avait fait longtemps que je n'avais pas pu prendre un bon livre, m'assoir sur mon canapé et profiter juste de ce que je tenais entre mes mains. J'ai toujours été une dévoreuse de livre, et c'est vrai que maintenant, il me faut programmer ces temps de lecture dans mon emploi du temps.
Enfin, j'ai pu enfin prendre le temps, le temps de tout faire, sans me presser. J'ai pu me consacrer à mon appartement, à enfin le ranger comme il fallait, à réorganiser les choses telles que je le souhaitais depuis des mois. J'ai aussi pu prendre le temps de déjeuner avec mon amoureux le midi, à faire la cuisine pour le soir... toutes ces petites choses qui paraissent anodines et peu utililes, mais qui sont bien agréables quand on peut les vivre.

Je dirais donc que cette période de transition, où quantitativement je n'ai pas fait grand chose, m'a été énormément bénéfique pour pouvoir commencer mon nouvel emploi dans les meilleurs conditions possibles. Je suis reposée, détendue et malgré le fait qu'il est toujours difficile de se lever le matin pour moi (mais cela a toujours été, et je remercie mon amoureux de me réveiller le matin en douceur...), je suis contente d'aller travailler... N'est-ce pas le plus important ? A vous de me le dire !