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32 questions pour cerner mon côté littéraire...

Evelyne Duvernois — Tue, 26 Aug 2008 10:03:00 +0200

Comme Véronique qui a lancé cette "suite" et Sylvie et Nathalie qui ont poursuivi, voilà mon tour de vous faire découvrir mon côté littéraire.

Je suis certes une "scientifique", oui oui tout de suite les grands mots, mais j'aime lire et pendant longtemps les livres ont été pour moi de fidèles compagnons de route... Je dévore beaucoup de chose, je ne m'arrête pas aux a priori, je souhaite découvrir un monde qui m'enchante...

Voilà donc quelques éléments de réponse sur mes lectures et ce qui fait mon environnement littéraire... Suivez le guide

1. Quel(s) souvenir(s) gardez-vous de votre apprentissage de la lecture ?
L’alphabet que je savais par cœur en maternelle… Pas de mérite, j’étais dans un petit village où les maternelles étaient avec les CP… Alors je les entendais répéter leur alphabet à longueur de journées !

2. Vos lectures préférées, enfant ?
Les Roal Dahl avec « Matilda » qui était mon préféré avec « Sacrées sorcières », mais aussi « Charlie et la chocolaterie » et « Charlie et le grand ascenseur de verre ». J’étais aussi fan des Jules Verne (déjà une scientifique dans l’âme avec « De la Terre à la Lune » ou « Voyage au centre de la Terre » et « 20 000 lieues sous les mers ») et les Agatha Christie, plus fan d’Hercule que de Miss Marple. J’ai lu aussi Pagnol mais j’en garde un moins bon souvenir. Je pense que je lisais plus « pour faire comme tout le monde » que parce que ça me plaisait vraiment. J’étais aussi friande de théâtre, avec « Cyrano de Bergerac » ou « La Guerre de Troie n’aura pas lieu ».

Un peu plus tard, vers 10-12 ans, je lisais Sartre (oui oui) et Stefan Sweig. Je ne garantis pas que je comprenais tout comme il fallait, mais j’aimais ce genre de livre un peu plus philosophique. Mon livre préféré date de cette époque : « Les Cerfs-volants » de Romain Gary. Quelques classiques aussi avec Maupassant. Vous avez dit éclectique ? Ne vous inquiétez pas, c’est toujours le cas !

3. Aimez-vous la lecture à haute voix ?
Non à part pour faire la lecture à un petit. Je préfère tout garder pour moi…

4. Votre conte préféré ?
Les contes d’Hendersen que ma maman me lisait petite, les vrais, pas les « à la Walt Disney », ceux qui sont dures, ceux où la petite sirène meure à la fin… Pendant ces vacances, j’ai d’ailleurs récupéré ces contes, et je cherche les contes des frères Grimm que je ne sais plus où j’ai mis !

5. La meilleure adaptation d’un roman ou d’une pièce de théâtre ?
Alors là dur dur car j’ai toujours trouvé relativement mauvaise toute adaptation que j’ai vue d’un livre ou d’une pièce que j’ai lu. J’ai quand même beaucoup aimé « Cyrano de Bergerac » avec Depardieu mais j’ai trouvé quelques coupures malvenues. J’ai adoré le film « La Ligne Verte », mais je n’ai jamais lu le livre de King.

6. Apprenez-vous par cœur certains poèmes, répliques de théâtre, extraits de romans ?
Oh que oui, je peux réciter des passages entiers de Cyrano de Bergerac « A la fin de l’envoie, je touche »…

7. Avez-vous des livres ou des magazines dans vos toilettes ?
Non, il n’y a pas assez de place et puis ce n’est pas la pièce où je lis.

8. Avez-vous plusieurs lectures en chantier ? Combien ? Lesquelles ?
Je lis souvent plusieurs livres à la fois. En ce moment, je suis dans ma période « livre en série » alors je lis plus ou moins simultanément « Le Clan des Otori » Volume 4 de Lian Hearn (C’est normalement pour « moyen petit » mais j’aime quand même), « Inca » volume 2 d’Antoine B Daniel, « Le disque de Jade » volume 2 de José Frèches et « Le Rêve Botticelli » de Sophie Chauveau.

9. Le poète que vous ne cesserez jamais de relire / de vous réciter ?
Ce n’est pas un véritable poème, c’est tiré de Cyrano : la « Ballade du duel qu’en l’hôtel bourguignon Monsieur de Bergerac eut avec un bélître ». Mon passage préféré ? Le premier couplet que je peux réciter de tête :
« Je jette avec grâce mon feutre,
Je fais lentement l’abandon
Du grand manteau qui me calfeutre,
Je tire mon espadon,
Elégant comme Céladon,
Agile comme Scaramouche,
Je vous préviens, cher Mirmidon,
Qu’à la fin de l’envoie, je touche ! »

10. Le livre que vous avez lu le plus rapidement ? Le plus lentement ?
Le plus rapidement ? Tout ceux que j’adore. Le dernier en date doit être le « Da Vinci Code » même si je l’ai lu en anglais. « Huis-Clos » de Sartre, que j’ai lu dans la journée.

Le plus lentement ? « Le Capitaine Fracasse » de Theophile Gauthier, je l’ai commencé il y a 10 ans au moins, il n’est toujours pas fini ! Certains auteurs classiques aussi comme Balzac avec qui j’ai un peu de mal. J’avais aussi du mal avec Zola et j’ai découvert à l’école « L’œuvre », que j’ai adoré et lu très rapidement au final.

11. Préférez-vous les éditions de poche aux originales ? Pourquoi ?
Je préfère les livres originaux pour ma bibliothèque mais j’achète plutôt des poches pour pouvoir les lire facilement dans le bus. Comme ça, si je les abîme un peu, je ne suis pas trop déçue. Si un livre me plaît beaucoup, j’achète alors la « belle version » pour lire à la maison.

12. Le(s) livre(s) que vous ne rangez jamais dans votre bibliothèque et qui traînent toujours ?
Ceux du moment, ils oscillent entre le salon, mon sac et la table de nuit. Ils me suivent pour que je puisse les lire tranquillement, quand je le souhaite.

13. Quel est votre rapport physique à la lecture ? Assis ? Couché ? Debout ?
Assis dans le bus, debout en attendant le bus, et couché dans mon lit ou dans mon bain…

14. Vos lectures sont-elles commentées, crayon en main ?
Jamais si ce ne sont pas des livres « d’étude », ceux qu’on étudie à l’école. Je préfère avec une petite feuille sur laquelle je recopie les phrases qui me touchent, mais je n’écris rien dans mes livres.

15. Offrez-vous des livres ?
Souvent oui. Pour moi les livres offrent un tel panel de possibilités que j’aime en offrir.

16. La plus belle dédicace, que ce soit de l’auteur ou de la personne qui vous l’a offert ?
Je ne me souviens pas d’une dédicace qu’on a pu me faire si ce n’est les « bon anniversaire » de mon enfance.

17. Quel est votre rapport sensuel au livre ? (Odeur, texture,…)
J’aime les vieux livres, le toucher des pages un peu épaisses, l’odeur de l’encre vieillie… Chez mes parents, j’ai récupéré des vieilles éditions que je feuillette juste pour avoir ce toucher et cette odeur. Mes parents le savent et m’ont offert de vieilles éditions de livres « biologiques » avec de magnifiques gravures en relief.
Je n’ai pas ce rapport avec les livres de poche récents mais j’aime parcourir des vieux ouvrages juste pour cela.

18. Quels sont les auteurs dont vous avez lu les œuvres intégrales ?
Je ne crois pas avoir lu l'intégralité des oeuvres d'un auteur. J'ai lu beaucoup d'Agatha Christie ou de Paulo Coelho mais pas tous. Je n'aime pas me concentrer juste sur un auteur, en oubliant les autres.

19. Un livre qui vous a particulièrement fait rire ?
« Pourquoi j’ai mangé mon père » de Roy Lewis, même si ce n’est pas totalement drôle.

20. Un livre qui vous a particulièrement émue ?
« Véronika décide de mourir » et « Onze minutes » de Paulo Coelho

21. Le livre qui vous a terrifiée ?
« Etat d’urgence » d’André Brink, pas terrifiant en soi, mais ça ne laisse pas de marbre.

22. Le livre qui vous a fait pleurer ?
« Lettre d’une inconnue » de Stefan Sweig

23. L’avertissement / L’introduction qui vous a le plus marquée ?
A priori, il n’y a pas d’avertissement ou d’introduction qui m’a marqué, sinon je m’en souviendrais...

24. Le tire le plus, original, décalé, astucieux ?
« Pourquoi j’ai mangé mon père » de Roy Lewis et « Je suis noir et je n’aime pas le manioc » de Gaston Kelman (ok je ne l’ai pas encore lu mais je l’ai offert à ma maman, ça compte un peu non ?)

24 bis. Le titre le plus marquant ?
« Sur les bords de la rivière Piedra, je me suis assise et j’ai pleuré » de Paulo Coelho car trouver un livre avec un titre aussi long, ça marque. Sans rire, je dirais surtout que je ne retiens pas vraiment les titres des livres, mais plutôt leur contenu.

25. Décrivez votre bibliothèque ?
Ma bibliothèque n’est pas extraordinaire pour le moment. Elle se trouve dans le salon et il n’y a pas de véritables meubles spécifiques. Les livres sont rangés dans une étagère et dans le meuble télé. On peut y trouver des romans d’auteurs classiques ou non, en français ou en anglais, des livres d’essais en biologie (Darwin et autre) qui frôlent les Harry Potter édition original chez Bloomsbury. Il y aussi des livres de cours qui nous restent de nos années fac qui côtoient les Harrap’s et autres dictionnaires, et des livres de « découverte » sur le Périgord (mon pays) ou les baleines, reliques du temps où je voulais devenir océanographe.
Mais la bibliothèque que je préfère et celle que j’ai côtoyée toute mon enfance, chez mes parents. Des livres, il y en a 2 pièces pleines, avec une bibliothèque pour les magazines et les poches, et une autre pour les beaux ouvrages sur les pays et régions visités, des œuvres d’auteurs plus ou moins philosophiques, et des livres d’art.

26. Les livres dont vous vous êtes finalement débarrassé ?
Tous ceux que j’ai lu et dont je n’ai rien retenu. Je les donne à une amie qui fait des ventes pour Amnesty International.

27. L’endroit le plus insolite où vous lisez ?
Dans mon bain.

28. Il ne vous reste que trois jours à vivre : que souhaitez-vous lire ou relire ?
« Les Cerfs-volants » ou « Cyrano de Bergerac », je les connais par cœur et les ai lu chacun près de 10 fois mais je recommencerai bien encore une dernière fois…

29. Votre livre d’art préféré ?
Je n’en ai pas chez moi, j’ai plutôt des romans d’art et j’ai beaucoup aimé « La jeune fille à la perle » de Tracy Chevalier & Marie-Odile Fortier-Masek.

30. La bibliothèque idéale ?
Celle qui me ressemble, avec tous les livres que j’aime et que je relis souvent. Où il y a toujours de la place pour les nouveaux ouvrages…

31. L'incipit (première phrase) qui vous a le plus marquée ?
J’aime beaucoup le début des livres de Paulo Coelho avec des extraits de la bible. Je ne suis pas croyante mais je prends ces petites phrases comme des réflexions philosophiques.

32. La clausule (dernière phrase) qui vous a le plus marquée ?
La fin de Cyrano :
Cyrano : Il y a malgré vous quelque chose
que j'emporte, et ce soir, quand j'entrerai chez Dieu,
mon salut balaiera largement le seuil bleu,
quelque chose que sans un pli, sans une tache,
j'emporte malgré vous, et c’est
Roxane : C’est
Cyrano : Mon panache

Une semaine de pré-vacances d'août !

Evelyne Duvernois — Tue, 05 Aug 2008 09:46:00 +0200

J'ai décidé aujourd'hui d'inaugurer une nouvelle catégorie de mon blog, je cite "La vie du bioinformaticien". Oui je sais, je prends souvent des titres qui font peur !
Bon alors, qu'est-ce que je vais bien pouvoir raconter dedans ? En fait, c'est simple. Je vais raconter un peu ma vie de tous les jours. Vu que les journées de travail se suivent mais ne se ressemble pas, j'ai décidé de vous raconter mes journées, une fois vécue (donc le lendemain) pour vous faire partager un peu mon quotidien.

On va commencer aujourd'hui avec hier (si, si, relisez la phrase doucement, ça veut dire quelque chose.). Bref, voilà comment commence ma semaine à une semaine des vacances. Ce n'est pas forcément la semaine la plus représentative, mais c'est souvent la plus remplie de l'année...

JOUR 1 : lundi, c'est parti...

Et voilà, la semaine pré-vacances d'août commence. Ce n'est pas ma semaine favorite, on attend qu'une seule chose : le vendredi pour enfin partir en vacances (pour mon cas, mardi soir de la semaine prochaine mais passons...). Voyons un peu ce qui s'est passé hier :

7h30
Mon chéri vient me réveiller gentiment, en douceur. Il sait que sinon, je boude et je ne me lève pas. Il me demande tout aussi gentiment "chocolat ou café ?" et je lui réponds d'un ton endormi "cafééééééééééééééé". Il sort de la chambre pour me préparer le dit-café (oui oui, j'ai un super chéri !).

7h40
"Le café est prêtttttttttt". Bon bref faut que je me lève. Je pose un pied, puis l'autre et youpla je suis debout. Je vais dans le salon et prend mon petit déjeuné. Au menu café donc, et céréales, y'a plus de pain, faut faire les courses (ça commence bien les semaines comme ça).

8h03
Mon chéri s'en va travailler. Pour ma part, je saute sous la douche et dans mes habits de lumière.

8h21
Je suis au bas de la rue et attend mon bus. Pour une fois que j'arrive à attraper mon bus à l'heure !

8h40
Je suis assise à mon bureau prête à travailler. On passe en revue les flux rss du matin : on lit la presse, les blogs de regionsjob en urgence (je suis quand même au boulot...) et surtout je lis mes mails. Bon 6 spams, 1 mail informatique disant "le réseau est planté sur tel serveur"... inintéressant pour moi !

9h02
Mon chef est rentré de vacances et vient discuter un petit moment. "Comment ça va ? C'était dur sans moi ?" et patati et patata.

9h13
J'ouvre le rapport de stage de mon étudiant. Aller hop, au boulot réellement ! Je corrige, j'annote, je commente... Ça prend du temps tout ça. Je mets tout sur clef usb et rends à César ce qui va à César (bref je donne à mon étudiant une première version corrigée de son rapport de stage). Il va corriger par rapport à ce que je lui ai indiqué, et je recorrigerai, et ainsi de suite jusqu'à ce que tout soit ok !

10h42
Oulala, déjà ! Bon, j'ouvre vite mon rapport d'implémentation, regarde où j'en étais. Ah oui, il faut que je me fasse de la biblio aujourd'hui sur mes enzymes. Aller hop c'est parti sur mes désaturases, mes lipoxygénases et j'en passe. Je compare, annote, lis, rédige la fin de la matinée.

11h48
"Evy, manger ?"... Oui le "Tu viens manger ?" c'est trop long à dire. Et nous voilà parti, on n'oublie pas ceux qui sont dans les bureaux "excentrés" et nous voilà parti pour la cantine. Au menu pour moi, jambon cru avec concombre, compote et fromage blanc. Puis petit café serré pour finir le repas.

12h43
On rentre au bureau. Je réouvre mon ordinateur, fais un check-up de mes mails et flux rss, et recommence à faire ma biblio. Ben oui, c'est jamais fini les choses comme ça. J'en suis à 2 articles lus, et j'ai comme toujours des incohérences. Aller hop, une petite recherche sur PubMed pour trouver les papiers complémentaires.

13h54
Je vais me faire un petit thé. Alors aujourd'hui, c'est "Thé des Ceylan" (c'est marqué sur la boîte), ça change de mon thé vert à la menthe, sans sucre évidemment. Dans le bureau, fenêtre ouverte et ventilateur, il fait environ 30° (je le sais, on a un thermomètre !!!). Au moins la salle café est climatisée elle ! Je retourne à ma biblio et fais un peu de rangement. "J'ai besoin des oméga 6 et 3, c'est quoi ce bordel !!". Ben voilà, il faut que je range mon classeur, sinon je m'y retrouve pas. Je vérifie que mes enzymes sont correctement rangées et attaque l'article 3 de la série.

16h12
Petit mail à mon chéri "Alors pour jeudi soir c'est ok ?". Bon on continue sur la pause "psychologique". Je pars me faire mon 2ème thé de la journée "Si si, mon thé à moi infuse à 70° et pas à 100° ! Sinon il perd de ses qualités." Oui, je suis une pro en matière de thé et j'apprends plein de chose à mes collègues ( ). Bon il me reste combien de vacances ? Je pose 2 jours en septembre pour un mariage, le 2 novembre, y'a un trop gros trou et Noël. Bon, ça c'est fait. Au compteur, il me reste encore 7,5 jours de rtt... Mais je vais poser ça où ???

17h29
Je prépare ma réunion avec mon chef demain. Rentrant de vacances, il souhaite savoir ce qu'on a fait sans lui, moi et mon étudiant. L'étudiant, il prépare son travail de son côté, et moi j'ai plein de choses dont il faut que je discute avec mon chef. Je suis la pro de l'organisation alors je rassemble les 25 post-it collés sur mon étagère et fais un post-it "résumé". Au total, 8 points recensés !

18h12
Ma collègue nous fait de bisous de bonnes vacances. Elle s'en va et on se revoit en septembre. Bonnes vacances à toi. Je discute un peu avec un collègue sur "moi ma vie en thèse" (il est en pleine rédaction !).

19h00
Piouf, j'ai eu mon bus pile poil. Je peux enfin rentrer à la maison. J'y arrive 20 minutes plus tard.

20h00
Je fais à manger. Au menu de ce soir, une tranche de gigot d'agneau avec tomate piment et oignon, avec un peu de riz. Dessert : glace avec quelques petites framboises. Une fois fini de manger, on se repose devant la télé. On regarde FBI mais on les a déjà vu. On supporte le premier épisode, mais pas le 2ème. Je pars me coucher avec mon livre et je bouquine jusqu'à éteindre la lumière... Bonne nuit les petits !

Voilà une première journée dans ma vie. Ça vous a plu ?

Phylogénie et visibilité font bon ménage...

Evelyne Duvernois — Thu, 10 Apr 2008 10:07:00 +0200

Petite annonce aujourd'hui pour grand moment d'augmentation de ma propre visibilité grâce à la publication d'un de mes billets sur le journal en ligne TechnAgora, intitulé La Phylogénie, ou comment remonter le temps grâce à l'ADN... Ce billet a été écrit dans le cadre de ma rubrique "Ma vie, mon métier...", sur le métier de Phylogénéticien et vous avez donc pu déjà le lire en "avant première" sur ce blog.

Je suis ravie que cette collaboration avec TechnAgora ait pu se faire et je vous invite tous à découvrir ou à redécouvrir, ce journal en ligne dédié plus particulièrement à la communauté des ingénieurs, mais ouverts à tous. Merci donc à Technagora pour m'avoir permis de participer à cette édition d'avril.

De quoi pourrait-on parler ?

Evelyne Duvernois — Thu, 21 Feb 2008 14:21:00 +0100

En voilà une bonne question ? Mais de quoi pourrais-je bien vous parler ?
Pour un soucis de rapprochement avec mes lecteurs, je laisse ici un espace libre dans lequel vous pouvez me demander de vous parler d'un sujet... Pas de limitations particulières pour ce sujet, du moment qu'il touche un temps soit peu au monde :

de la bioinformatique naturellement... mais aussi
de la biologie
de l'informatique pourquoi pas
de la recherche
ou de la science en général...

Donc, à vos commentaires...
Chaque semaine, je tenterai de répondre à un sujet au minimum....

Laisser donc s'exprimer votre inventivité !

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien !

Evelyne Duvernois — Mon, 11 Feb 2008 15:21:00 +0100

Pour continuer notre série "Ma vie, mon métier..." débutée ici, je vais vous parler aujourd'hui d'une des facettes que je préfère dans la bioinformatique/génomique : la phylogénie ou comment remonter le temps grâce à l'ADN...

L'ADN, mais qu'est-ce que c'est que cette bête là ???

L'ADN ou Acide DesoxyriboNucléique est une molécule contenue dans toutes les cellules des être vivants, des plantes aux animaux, en passant par les bactéries. Cette molécule a la particularité de détenir ce que nous, biologistes, appelons l'information génétique. En effet, au sein d'une même espèce, par exemple l'homme, l'ADN entre individus est quasi semblable mais possède des différences qui peuvent nous permettre d'identifier un individu plutôt qu'un autre... Seuls des vrais jumeaux ont le même ADN...
L'ADN est constitué de 4 éléments qu'on appele bases azotées : adénine A, thymine T, guanine G et cytosine C... (Il existe une autre base Uracile U mais présente dans une autre molécule appelée ARN...). Ces bases s'associent 2 à 2 (A avec T et G avec C) et forment la structure très connue de l'ADN en double hélice...
Dans les cellules, l'ADN est "transcrit" en ARN (acide RiboNucléique) selon la règle : A donne T, T donne A, C donne U et G donne C...

Les acides aminés maintenant

Je suis sûre que beaucoup d'entres vous ont déjà entendu parler de acides aminés. Ce sont de petites molécules élémentaires, qui sont la base des protéines du corps. La création des acides aminés est régi par un code immuable qu'on appelle "code génétique" et qui permet d'associer une série de 3 bases azotées de l'ARN à un acide aminé...

Le rassemblement de ces acides aminés forment une protéine.

La phylogénie dans tout ça...

La phylogénie est l'art d'étudier les séquences protéines (la succession des acides aminés pour une protéine) au sein de plusieurs espèces pour retracer l'évolution de ces espèces. En effet, il faut considérer ici que les protéines ne sont pas figées. Au cours du temps, et le long d'espèces qui sont apparus, les séquences protéiques ont été modifiées, en remplaçant un acide aminé par un autre, ou encore en supprimant (ou insérant) toute un partie de la séquence.
En étudiant les séquences, les phylogénéticiens peuvent remonter l'histoire de la séquence et donc l'histoire de l'évolution...

Les missions du phylogénéticien

La mission principale est bien évidemment de retracer l'histoire évolutive d'espèces différentes. Mais cela passe par plusieurs étapes :

Récupérer les séquences protéiques : les séquences protéiques sont trouvées soit directement sur des banques de données publiques telles que le NCBI ou UniProtKB. Toutefois, pour certains organismes, les protéines ne sont pas toutes découvertes. On se réfère alors à l'ADN que l'on va traduire en protéine.
Aligner les séquences : Les séquences seules ne suffisent pas. En effet, et du fait des insertions / délétions de parties de séquences (voir plus haut), le phylogénéticien doit aligner toutes les séquences à étudier. Cela passe par des outils automatiques tels que ClustalW mais tout alignement doit être revu à la main.
Lancement des calculs et génération des arbres : Une fois les alignements obtenus, il faut lancer des calculs sur les séquences, calculs régi par des lois de probabilité (maximum de vraisemblance, lois bayésiennes...). Ces calculs permettent d'établir ce qu'on appelle une distance entre les séquences c'est-à-dire définir quelle séquence est plus proche de quelle autre... et ainsi de suite. Une fois ces distances calculées, des logiciels permettent de représenter le résultat sous forme d'arbre...

Interprétation des arbres : Le vrai travail commence à cette étape où le phylogénéticien interprète les résultats et donc les arbres. Suivant les calculs réalisés, les arbres sont différents. Il peuvent représenter une distance évolutive (gamme de temps) ou simplement une topologie (organisation visuelle).

Pourquoi ces études sont-elles importantes ?

L'étude de la phylogénie permet de comprendre comment les protéines ont évoluées, et surtout comment les espèces ont évoluées entre elles. L'idée est souvent que l'évolution est linéaire entre individu et entre protéine. Or, l'étude de la phylogénie montre que ce n'est pas le cas. Elle montre aussi que des protéines évoluent dans une espèce plus vite que d'autres, ce qui est lié à ce qu'on appelle la pression de sélection.
La phylogénie nous permet de comprendre pourquoi certaines protéines ont été sélectionnées par la nature plutôt que d'autres, pourquoi des organismes se sont éteints, pourquoi ils ont une caractéristique physique plutôt qu'une autre.
Plus près de nous, cela nous permet aussi de combattre certaines pathologies en attaquant des protéines ciblées du pathogène (bactérie, virus, parasite...) en sachant que les protéines humaines ne seront pas touchées car différentes...

source du code génétique :
--> google sous la requête "code génétique"
--> récupération sur le site de l'Université de Sherbrooke, relatif à la biochimie des protéines