Ingénieur Bioinformaticienne - Tag - présentation - Commentaires

32 questions pour cerner mon côté littéraire... - BJC

BJC — Wed, 27 Aug 2008 09:33:35 +0200

demoiselle STP !
mais non, rassure toi, je ne suis pas choquée ! ça m'a fait rire au contraire
bises

32 questions pour cerner mon côté littéraire... - Evy

Evy — Wed, 27 Aug 2008 09:03:01 +0200

@ Nathalie

Ne t'inquiète pas, j'ai jamais dit et encore moins pensé qu'à quarante ans, on était "sénior"... M'enfin j'ai pas écrit ça non plus... C'est le mot "dame" qui t'a choqué ? La prochaine fois je mets "jeune fille" promis !

32 questions pour cerner mon côté littéraire... - BJC

BJC — Tue, 26 Aug 2008 21:27:41 +0200

Tu veux que je te dise ? la "dame" de... 44 ans (y'a des claques qui se perdent !) lit les Harry Potter, les Magyk, les Arthur et les minimoys, les Eragon... Et elle les achète au rayon moyens grands aussi Mais au fait ? on est toujours "dame" à 44 ans hein ? tu m'as pas encore mise dans les séniors ? Ah... ces jeunes...

32 questions pour cerner mon côté littéraire... - Touline

Touline — Tue, 26 Aug 2008 19:42:38 +0200

Jolie collection et bel environnement littéraire !

32 questions pour cerner mon côté littéraire... - Véronique

Véronique — Tue, 26 Aug 2008 18:57:30 +0200

Romain Gary , Stephan Sweig, Jules Verne, et Andersen (je l'avais oublié!) en commun nous avons
J'ai aussi quelques ouvrages scientifiques anciens (histoire des sciences, physique!).
Un vrai plaisir que de te découvrir ainsi!

32 questions pour cerner mon côté littéraire... - Evy

Evy — Tue, 26 Aug 2008 15:18:04 +0200

Ça ne se dit pas les "moyens grands" ?

D'un côté j'ai été rassurée ce matin dans le bus en regardant une dame (jeune fille, mais c'est juste pour BJC... ) d'une quarantaine d'année lire Harry Potter et être totalement captivée par sa lecture...

C'est peut-être pour les grands en fin de compte... Mon seul problème est que comme je les ai lu en anglais, en édition originale, c'était assez encombrant pour mon sac !

PS : j'ai dit moyen grand pour le clan des otori car quand j'ai demandé à une vendeuse d'un grand magasin vendeur entre autre de livres où je pouvais trouver le dernier tome, elle m'a répondu : "Il n'est pas encore sorti en poche, aller voir rayon enfant..." Et le livre était coincé entre une histoire de dragon et une de princesses enlevées par une méchante sorcière...

32 questions pour cerner mon côté littéraire... - BJC

BJC — Tue, 26 Aug 2008 14:24:36 +0200

Et bien je nous découvre là de nombreux points en commun !! Pas tant sur les livres en dehors de ceux pour les "moyens-grands" (tu m'as bien fait rire !), le Da Vinci Code et La Ligne Verte" (un conseil lis le livre, le film n'est qu'1/10 de l'oeuvre !) mais sur ta philosophie de lecture (pas d'annotation, une bibliothèque qui te ressemble, lire pour l'enchantement...) Preuve que les scientifiques et les littéraires ne sont pas si différents ;-). La conclusion de nos 4 x 36 réponses ? Qui se ressemblent s'assemblent !
je t'embrasse et bonne reprise !

Une semaine de pré-vacances d'août ! - BJC

BJC — Fri, 08 Aug 2008 16:55:45 +0200

joli billet chronomettré à la minute près !!
nous on sait que ton chéri il est gentil
mais dis moi, t'aurais pas oublié le moment où vous.........
jouez à la Wii je t'ai fait peur hein ?

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Touline

Touline — Wed, 06 Aug 2008 21:43:50 +0200

Et n'oublie pas que le mercredi tu gagnes un concours...
Bravo EVY !

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Véronique

Véronique — Wed, 06 Aug 2008 19:44:57 +0200

Bien joli billet
Bravo pour le concours, c'est bien mérité, tu n'arrêtes pas d'améliorer les choses (si c'est possible!!!!!). Et oui, ton chéri a l'air super (non, on n'en doute pas) !

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Julien B.

Julien B. — Tue, 05 Aug 2008 13:09:56 +0200

Bien sûr qu'il est gentil, vous en doutiez?
Tu devrais mettre plus l'accent sur ton travail, car d'après ce que je sais tu abats un travail monstre ^^

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Modérateur

Modérateur — Tue, 05 Aug 2008 11:36:30 +0200

C'est bien vu cet aspect chronologique d'une journée type. Et oui, ton chéri a l'air sympa !

Phylogénie et visibilité font bon ménage... - mo

mo — Mon, 14 Apr 2008 09:17:31 +0200

Félicitations... c'est une bonne nouvelle et je pense que cela te fait bien plaisir. Malheureusement pour moi ce domaine m'est inconnu

Phylogénie et visibilité font bon ménage... - Renata

Renata — Fri, 11 Apr 2008 14:03:49 +0200

Félicitations Evy !

Une 1ère porte ouverte laisse toujours entrevoir l'ouverture d'une autre ... encore plus grande.

Au plaisir de te lire …

Phylogénie et visibilité font bon ménage... - Modérateur

Modérateur — Fri, 11 Apr 2008 10:15:38 +0200

Bravo ! Cette collaboration a l'air prometteuse

Phylogénie et visibilité font bon ménage... - Véronique

Véronique — Thu, 10 Apr 2008 12:58:12 +0200

Bravo. Juste retour des choses, vu ta rigueur, ton travail et la façon dont tu sais faire passer les notions importantes dans ton domaine!

Phylogénie et visibilité font bon ménage... - Boy Job & Comm

Boy Job & Comm — Thu, 10 Apr 2008 11:08:35 +0200

Félicitations !!!

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Thu, 03 Apr 2008 15:29:50 +0200

Je viens de déjeuner avec lui. je lui ai parlé de votre demande. Contactez-le (kupiec@canoe.ens.fr). Oui je suis au tel avec lui, il se souvient de vous.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S

Wed, 02 Apr 2008 17:59:04 +0200

Je suis heureuse d'avoir de ses nouvelles (à JJK). J'espère qu'il trouvera l'équipe et les financements pour faire ces travaux qui sont d'un grand intérêt. Passez lui le bonjour de ma part (Saloua Zrioual) : il comprendras

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Mon, 31 Mar 2008 16:04:50 +0200

1. Pour Evy et les autres, je vous conseille de faire un tour sur le blog (nouveau) de Thomas Heams. Thomas est un jeune biologiste (dont JJK était le directeur de thèse) plein de talent, de finesse et de bonne humeur. Son blog est à la fois sérieux sur le plan scientifique et plein d'humour. http://www.mediapart.fr/club/blog/t...

2. Pour S. A ma connaissance, JJK n'a pas à proprement parlé fait des travaux expérimentaux à partir de son nouveau modèle, si ce n'est la simulation qui a permis la publication de l'article que vous citez. Et si j'ai bien suivi, la thèse de Thomas tournait autour des travaux de JJK. Par contre des chercheurs en France et ailleurs ont commencé depuis à expérimenter, notamment un chercheur du côté de Toulouse. Vous pouvez toujours contacter JJK à l'ENS (Centre Cavaillès). C'est un type charmant, une espèce de professeur Tournesol qui fait pas loin de 2 mètres de haut, avec un humour décalé et parfois corrosif. Bien que je le considère comme un Copernic de l'embryogénése, (il sait que je pense ça de lui, c'est un de nos sujets de conversations favoris) il est abordable, humainement c'est un bon gars et il fait de très bons sandwichs juifs d'Europe centrale (c'est ce qu'il me fait à manger chaque fois que je vais papoter avec lui à midi. J'aimerais bien autre chose mais bon, ça lui fait plaisir !) . Quand son nouvel opus sortira (à l'automne sans doute) je préviendrais; Je viens de relire le manuscrit, avant de lui en rendre compte, je peux dire sans déflorer que ça va faire du bruit dans les labos et pas seulement de biologie.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Wed, 26 Mar 2008 21:57:51 +0100

Bonjour Robert,
Est-ce que vous sauriez si JJK fait des travaux expérimentaux? (cf. possibilité de post-doc en biologie)

Merci. S

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evy

Evy — Mon, 24 Mar 2008 07:47:39 +0100

Merci beaucoup pour l'info Robert. Je vais regarder tout ça dès que ça sera sorti...
Je suis pour le moment trop "overbookée" pour pouvoir me pencher sur le sujet avec suffisamment de concentration mais dès que cette période se calme, je m'y intéresserai avec le plus grand plaisir.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Sun, 23 Mar 2008 15:10:23 +0100

JJK va bientôt publier un nouvel opus sur ses travaux. Il m'a fait l'honneur d'en être le premier lecteur mais il m 'a demandé la discrétion. Donc à suivre, publication à l'automne. Sinon, à l'ENS, s'est tenu fin janvier un colloque passionnant et riche dont l'intitulé était "Le hasard au coeur de la cellule". Les actes de ces colloques sont généralement publiés un an après chez Syllepses. L'année dernière c'était "Modèles, simulations, systèmes" et les actes ont été publiés en février de cette année, toujours chez Syllepses. http://www.syllepse.net/

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Thu, 13 Mar 2008 05:43:28 +0100

Bonjour Evelyne,
Je partage votre intérêt pour le sujet, même si ça n'est pas (encore) mon domaine de prédilection. Ma thèse porte sur les mécanismes inflammatoires (vaste sujet) dans le cancer et les maladies autoimmunes. Je m'oriente pour ma recherche de post-doc sur des approches globales et transversales en biologie des systèmes (modélisation, émergence, auto-organisation...) : j'aimerais avoir une forte formation en biologie théorique pour à terme travailler dans une équipe pluridisciplinaire.
Je suis également sur la région Rhône-Alpes. Concernant vos recherches, avez-vous été voir du coté de Hélix-bioinformatique?

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 12 Mar 2008 07:49:40 +0100

Merci Robert et S. pour vos commentaires qui font sens... Je ne vois qu'une conclusions à vos commentaires : il va vraiment falloir que je me penche sur les travaux de JJK un peu plus sérieusement.

Il est vrai que je ne fais pas de phylogénie pour le moment, et que donc j'ai laissé ce domaine dans un coin de ma tête. Toutefois, et pour mon plaisir personnel, je vais dès que possible sortir les publi de JJK et comprendre un peu mieux tout son travail...

Merci encore à vous 2...

Pour S., je ne sais pas sur quoi porte exactement votre thèse mais je me ferais un plaisir de communiquer votre mail à qui pourrait vous proposer un post-doc.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Tue, 11 Mar 2008 20:26:37 +0100

Bonjour,
Je ne sais pas si c'est un espace de discussion privé...
J'avais assisté il y a 2 ans à la présentation des travaux de JJ Kupiec sur Paris; Après la parution de l'article "Modeling embryogenesis and cancer: an approach based on an equilibrium between the autostabilization of stochastic gene expression and the interdependence of cells for proliferation" dans Prog Biophys Mol Biol. 2005 Sep;89(1):93-120, il parlait d'entamer des validations expérimentales de son modèle de hasard-sélection. Pour ma part, j'ai trouvé tout cela très intéressant.
Quand on parle de la théorie Darwinnienne de l'évolution, on se place à des ères géologiques non accessibles à l'expérimentation, et finalement, même si la théorie fait consensus dans la communauté scientifique, la démarche scientifique de validation reste impossible. C'est peut-être en cela que cette démonstration au niveau moléculaire de la validité ou plutôt "viabilité" du modèle de hasard-sélection est d'un intérêt majeur dans le cadre de la théorie de l'évolution. ... Même si l'on admet que la complexité des êtres vivants n'a d'égal que la complexité des mécanismes mis en jeu.
Ce modèle est aussi très informatif lorsque l'on aborde les mécanismes mis en jeu dans les processus de différentiation cellulaires, l'exemple par excellence étant l'embryogenèse. En fait, en réfléchissant à l'époque à cela, j'y voyais l'explication plausible de certaines observation telles que la différentiation des cellules T, qui à leur état naif expriment les récepteurs de chimiokines et marqueurs de voies de différentiation Th1 ET Th2, puis au fur et à mesure de leur différentiation, se "stabilisent" en réprimant l'une des 2 voies... Y'a pleins d'exemples comme ça.

En fait, je suis en train de finir ma thèse et suis en recherche d'un post-doc avec qq idées de recherches fondamentales, et d'être tombée sur votre site, ben, ça donne qq idées... (Merci). Je laisse mon adresse email au cas où, car je suis intéressée par l'avancée de ses travaux

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Mon, 25 Feb 2008 08:21:18 +0100

Je suis partie sur l'idée du système immunitaire et le billet est en préparation. J'espère le finir dès que possible... Entre aujourd'hui et mercredi :p

Une autre idée pour la semaine prochaine ?

De quoi pourrait-on parler ? - Florent

Florent — Fri, 22 Feb 2008 21:41:36 +0100

J'aime bien l'idée du système immunitaire

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Fri, 22 Feb 2008 14:04:27 +0100

Ok alors je retiens l'idée du système immunitaire pour la semaine prochaine...

De quoi pourrait-on parler ? - Véronique

Véronique — Fri, 22 Feb 2008 10:17:58 +0100

Je me doute Evelyne! Sinon, l'idée que tu proposes sur le système immunitaire est une bonne idée, ça intéresse tout le monde.

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Fri, 22 Feb 2008 08:09:53 +0100

@ John T
************
Euh j'avoue que je pensais recevoir ici des idées moins "technique" et j'avoue aussi ma non-connaissance du sujet proposé. Je peux parler de l'algorithme blast, te dire à quoi sert formadb (à indexer les bases sur lesquelles blast va travailler), mais l'algo de stockage, ça je ne sait pas... mais je peux toujours chercher...

@ Valériane
****************
Ok pour la science, recherche et biologie... Un terme particulier à aborder ?
* un sujet général : qu'est-ce que l'adn ? Comment marche le système immunitaire ?
* un sujet technique : quels sont les analyses de routine en biologie ? Comment déceler une maladie génétique ?

@ Véronique
****************
Désolée, je suis en "recherche" de déco... et j'aime bien le changement...
Promis, ce week-end je vais vraiment réfléchir à la future allure de ce blog. Mais jusqu'à présent, je n'avais pas le temps...

De quoi pourrait-on parler ? - Véronique

Véronique — Thu, 21 Feb 2008 22:23:15 +0100

Idem, comme Valériane.
Merci de penser à nous poser la question Evelyne!
Suis perdue sur ton blog qui est devenu tout sombre

De quoi pourrait-on parler ? - Valériane

Valériane — Thu, 21 Feb 2008 21:42:47 +0100

Moi j'aimerais beaucoup qu'on parle de science, de recherche, de biologie ... mais c'est purement égoïste, c'est parce que ce sont des sujets qui m'intéressent !

De quoi pourrait-on parler ? - John T

John T — Thu, 21 Feb 2008 16:37:30 +0100

Parlez moi de l'algorithme de stockage des sequences par formatdb qui formatte les sequences pour Blast. Comment marche t-il ?

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Tue, 19 Feb 2008 08:32:36 +0100

Bonjour,
C'est Véro qui m'a signalé votre blog, afin que je vous dise l'importance de l'informatique dans les travaux de Kupiec. D'abord, et je ne vous apprendrais rien, ils ne le sont pas plus chez lui que dans l'ensemble des recherches en biologie ou autres -voir BleuGene/P le supercalculateur que vient d'acquérir le CNRS-. Dans le cas de Kupiec, comme dans de nombreux cas en recherche fondamentale, l'importance réside dans la possibilité d'élaborer des simulations à partir d'un modèle (c'est bien le travail de BlueGene/P). Je vous renvoies à la publication du colloque annuel de 2007, que nous tenons chaque années à l'ENS. Publié par les éditions Syllepse ; il portait justement sur la modélisation en biologie. Dans le cas de JJK, la simulation informatique élaborée avec un physicien du CNES, a tout simplement permis de "vérifier" la validité du modèle "hasard sélection" et "l'expression stochastique du gène", que JJK trimbale dans sa tête et dans ses travaux depuis 30 ans, sans avoir eu jusque là les moyens financiers de le tester en labo. Je ne vous apprendrais rien en rappelant qu'une simulation informatique ne remplace pas la paillasse et ne peut que permettre l'élaboration d'un protocole expérimental en laboratoire. C'est d'ailleurs ce qui se passe dans plusieurs labos dans le monde, depuis que JJK a publié son article rendant compte des résultats de la simulation. Voilà. Si vous voulez plus d'information sur le travail de JJK, n'hésitez pas à me solliciter.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Véronique

Véronique — Tue, 12 Feb 2008 17:57:08 +0100

Merci Evelyne d'avoir répondu si précisemment.
Oui, je parlais de JJ Kupiec; si tu as l'occasion de le lire, c'est très intéressant; et il travaille avec un informaticien sur la théorie qu'il développe; je ne veux pas te dire de bêtises, je reviendrai avec une info précise!

Un peu d'ouverture... - Modérateur

Modérateur — Tue, 12 Feb 2008 11:15:02 +0100

Elle est bien cette rubrique Talents... Longue vie à elle !

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Tue, 12 Feb 2008 08:26:37 +0100

Les calculs de génération d'arbre que je présente ici sont assez anciens, et se fondent sur des méthodes statistiques "anciennes"...

L'inférence bayésienne se base sur le théorème de Bayes qui date de fin 18ème Siècle. Le maximum de vraisemblance a été développé au début du XXème siècle.

Par contre, je ne sais pas de quand date leurs applications à la génération des arbres phylogénétiques, mais je dirais que c'est assez récent, comme la phylogénie. Il faut aussi considéré que je parle ici de méthodes "classiques" et que d'autres sont développées chaque jour...

Ce tout dernier paragraphe était une ouverture, et je simplifie ici grandement les choses... Avec la phylogénie, il est possible de retrouver l'histoire évolutive des protéines. Si on considère un virus qui attaque un homme, des protéines virales sans aucune histoire "humaine" (pas trouver dans le génome de l'homme) pourront être la cible de médicaments. Le résumé est très rapide et les puristes m'en voudront sans doute mais c'était surtout pour indiquer que la phylogénie est une science qui peut aider la médecine, du moins dans une certaine mesure...

Pour Kupiek, est-ce que tu parles de Jean-Jacques Kupiec ? Biologiste ayant écrit sur la théorie de l'évolution ?
Si oui, effectivement, je connais un peu... mais peu... Je crois savoir qu'il propose que le hasard joue un rôle dans l'évolution. Sa théorie est fondée surtout sur le développement embryonnaire, et je n'en ai fait que peu dans mon cursus universitaire. Je dois donc admettre que mes connaissances sont loin d'être suffisantes pour adhérer à l'une des deux parties ici, d'autant plus que je n'ai pas lu les écrits de Kupiec.
Toutefois, je suis partisane du fait que la biologie est loin d'être une science immuable et que c'est par le développement de théories que la science avance... Alors pourquoi pas, à lire ! :D

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Véronique

Véronique — Tue, 12 Feb 2008 07:34:57 +0100

Passionnant billet.
Juste, deux, trois questions: à quand remontent les programmes utilisés pour obtenir les calculs sur la génération des arbres?
Ton tout dernier paragraphe: je ne comprends pas très bien?
Et enfin, connais-tu les travaux de Kupiek?

Un peu d'ouverture... - Véronique

Véronique — Fri, 08 Feb 2008 15:31:08 +0100

Oh! il est beau ce merci Evelyne

LisaBuzz, le remonte-moral de blog... - Evelyne D.

Evelyne D. — Mon, 28 Jan 2008 11:46:11 +0100

Web Caviar... OGM...
J'avais pas fait le rapprochement mais maintenant que tu le dis...

LisaBuzz, le remonte-moral de blog... - Véronique

Véronique — Mon, 28 Jan 2008 11:18:33 +0100

Waw! J'ai expérimenté aussi, c'est vrai que c'est bin pour le moral!
Sinon, est-ce que le Web caviar est OGM?

Ma carte de visite - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 23 Jan 2008 10:43:06 +0100

Merci Flavien pour la "réduction" de format...

Que je me présente un peu ! - rabia

rabia — Sat, 25 Aug 2007 14:58:20 +0200

coucou, et bonne chance !

Que je me présente un peu ! - Slim

Slim — Sat, 25 Aug 2007 14:56:53 +0200

Bonjour Evelyne,

Merci d'abord pour ton blog et les informations que tu as partagé avec nous, ensuite je te souhaite bonne continuation et bonne réussite pour ton blog en particulier et tes objectifs en générale. enfin mon email est : hassani_92@hotmail.com , nous restrons en contact.

Que je me présente un peu ! - Modérateur

Modérateur — Wed, 25 Jul 2007 16:29:39 +0200

Bonjour, et bienvenue sur cette plate-forme de blogs emploi ! Ton blog commence vraiment bien, j'espère que tu continueras dans ce sens ! Si tu as des questions, n'hésites pas à me contacter par mail ou via mon blog.