Ingénieur Bioinformaticienne - Tag - profession - Commentaires

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Evy

Evy — Sun, 17 Aug 2008 11:21:21 +0200

@ Noureddine

La mission d'un ingénieur base de données serait intéressant dans la mesure où ce blog serait dédié à l'informatique générale. Or le but ici est de faire découvrir mon métier en général et les différentes missions que l'on peut donner à un bioinformaticien. Je n'ai pas pour vocation ni ambition de me présenter en tant qu'informaticienne pure et dure, je ne le suis en aucun cas. Je suis bioinformaticienne et cette catégorie avait pour vocation première de faire découvrir les différentes facettes de mon métier...

En espérant avoir pu te répondre...

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Noureddine

Noureddine — Sat, 16 Aug 2008 12:01:01 +0200

Je crois qu'il vaut mieux parler de la mission de l'ingénieur de base de donnée en général.

Une semaine de pré-vacances d'août ! - BJC

BJC — Fri, 08 Aug 2008 16:55:45 +0200

joli billet chronomettré à la minute près !!
nous on sait que ton chéri il est gentil
mais dis moi, t'aurais pas oublié le moment où vous.........
jouez à la Wii je t'ai fait peur hein ?

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Touline

Touline — Wed, 06 Aug 2008 21:43:50 +0200

Et n'oublie pas que le mercredi tu gagnes un concours...
Bravo EVY !

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Véronique

Véronique — Wed, 06 Aug 2008 19:44:57 +0200

Bien joli billet
Bravo pour le concours, c'est bien mérité, tu n'arrêtes pas d'améliorer les choses (si c'est possible!!!!!). Et oui, ton chéri a l'air super (non, on n'en doute pas) !

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Julien B.

Julien B. — Tue, 05 Aug 2008 13:09:56 +0200

Bien sûr qu'il est gentil, vous en doutiez?
Tu devrais mettre plus l'accent sur ton travail, car d'après ce que je sais tu abats un travail monstre ^^

Une semaine de pré-vacances d'août ! - Modérateur

Modérateur — Tue, 05 Aug 2008 11:36:30 +0200

C'est bien vu cet aspect chronologique d'une journée type. Et oui, ton chéri a l'air sympa !

La bioinformatique, où trouver un emploi ? - spaque

spaque — Wed, 07 May 2008 07:24:30 +0200

Bonjour, je souhaite me lancer dans une licence en Bioinformatique après mon BTS BIotech...
J'ai une chance de trouver un emplois ou vous pensez que les débouchées sont limitées...?

Le débat du mois : les différentes formes de CV - touline

touline — Mon, 07 Apr 2008 20:50:20 +0200

Merci de ce billet très exhaustif !

Le débat du mois : les différentes formes de CV - Boy Job & Comm

Boy Job & Comm — Sun, 06 Apr 2008 14:34:29 +0200

Bonjour Evy et merci pour cet excellent travail ! Nombres d'idées interessantes ! et toujours aussi bien écrit. Et aujourd'hui, je suis contente ! j'ai tout compris (je suis plus forte en Cv qu'en Biochimie pardonne moi !)

Le débat du mois : les différentes formes de CV - Véronique

Véronique — Sat, 05 Apr 2008 07:28:22 +0200

Merci Evelyne; ton billet sur les CV est à l'image de tes autres billets: précis, didactique,agréable à lire, et tout et tout; il m'aide bien, et je retiens l'info du "CV détaillé"!

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Thu, 03 Apr 2008 15:29:50 +0200

Je viens de déjeuner avec lui. je lui ai parlé de votre demande. Contactez-le (kupiec@canoe.ens.fr). Oui je suis au tel avec lui, il se souvient de vous.

Le débat du mois : les différentes formes de CV - Renata

Renata — Wed, 02 Apr 2008 19:31:18 +0200

Je pense que le choix d’un candidat et en conséquence d’un CV n’est jamais objectif. C’est humain. Un recruteur ou un DRH (éventuellement DG) ont probablement envie que la personne choisie soit en harmonie avec la « culture » de l’entreprise.

Le choix de la forme d’un CV devient donc quasi aussi important que le fond. Et là, Evy, je rejoins ton approche : il faut qu’un CV fasse la différence parmi ceux qu’un recruteur est censé consulter. Il faut oser, mais doser avec subtilité.

Disons nous : « bonne chance » pour nos CV !

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S

Wed, 02 Apr 2008 17:59:04 +0200

Je suis heureuse d'avoir de ses nouvelles (à JJK). J'espère qu'il trouvera l'équipe et les financements pour faire ces travaux qui sont d'un grand intérêt. Passez lui le bonjour de ma part (Saloua Zrioual) : il comprendras

Le débat du mois : les différentes formes de CV - Julien B.

Julien B. — Wed, 02 Apr 2008 16:15:35 +0200

Je viens de retrouver le nom du diplôme, c'est le "First Certificate"... une arme ultime ! ^^

Le débat du mois : les différentes formes de CV - Julien B.

Julien B. — Wed, 02 Apr 2008 16:09:45 +0200

Un billet fort intéressant et fort rempli.

J'apprécie particulièrement la partie sur les langues étrangères, car les gens ont tendance à mettre le fameux "parlé, lu, écrit" par simplicité, mais qui ne veut strictement rien dire.
En plus des éventuellement scores du TOEIC, TOEFL ou autre (il existe des diplôme qui n'ont pas de durée dans le temps, mais les noms ne me reviennent plus...), est-ce que vous pensez qu'il est intéressant de mettre les voyages ou stage à l'étranger significatifs (entendez par là des évènements dont la durée est supérieur au mois...) ?
Pour ma part, je pense que oui ... et vous ?

Le débat du mois : les différentes formes de CV - Elisa

Elisa — Wed, 02 Apr 2008 14:54:23 +0200

Très bonne analyse, d'autant plus que nos points de vue se rejoignent !
Je suis sûre que ces conseils aideront les personnes qui ont l impression d'être perdue quand on leur parle de Cv !

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Mon, 31 Mar 2008 16:04:50 +0200

1. Pour Evy et les autres, je vous conseille de faire un tour sur le blog (nouveau) de Thomas Heams. Thomas est un jeune biologiste (dont JJK était le directeur de thèse) plein de talent, de finesse et de bonne humeur. Son blog est à la fois sérieux sur le plan scientifique et plein d'humour. http://www.mediapart.fr/club/blog/t...

2. Pour S. A ma connaissance, JJK n'a pas à proprement parlé fait des travaux expérimentaux à partir de son nouveau modèle, si ce n'est la simulation qui a permis la publication de l'article que vous citez. Et si j'ai bien suivi, la thèse de Thomas tournait autour des travaux de JJK. Par contre des chercheurs en France et ailleurs ont commencé depuis à expérimenter, notamment un chercheur du côté de Toulouse. Vous pouvez toujours contacter JJK à l'ENS (Centre Cavaillès). C'est un type charmant, une espèce de professeur Tournesol qui fait pas loin de 2 mètres de haut, avec un humour décalé et parfois corrosif. Bien que je le considère comme un Copernic de l'embryogénése, (il sait que je pense ça de lui, c'est un de nos sujets de conversations favoris) il est abordable, humainement c'est un bon gars et il fait de très bons sandwichs juifs d'Europe centrale (c'est ce qu'il me fait à manger chaque fois que je vais papoter avec lui à midi. J'aimerais bien autre chose mais bon, ça lui fait plaisir !) . Quand son nouvel opus sortira (à l'automne sans doute) je préviendrais; Je viens de relire le manuscrit, avant de lui en rendre compte, je peux dire sans déflorer que ça va faire du bruit dans les labos et pas seulement de biologie.

Est-on handicapé du coeur ? - Cesarina Moresi/Philippe Barraqué

Cesarina Moresi/Philippe Barraqué — Mon, 31 Mar 2008 00:40:36 +0200

Pour prolonger votre débat, un clic sur notre blog Handi t'es pas cap (http://handistory.blogs.psychologie...). Nous avons également sorti, récemment, un ouvrage sur cette thématique du handicap : "Handicap, un challenge au quotidien" (Editions Jouvence)
Cesarina est handicapée (IMC) et avocate au Barreau des Hauts de Seine; je suis valide. Notre ouvrage est davantage un art du bien vivre ensemble qu'un livre spécialisé sur le handicap. Il serait intéressant de bien faire la distinction entre le handicap et la déficience. Le handicap, c'est le traitement que la société réserve aux personnes atteintes d'une déficience. On reconnait une société évoluée, notamment à sa manière de traiter les personnes handicapées. Si la personne en situation de handicap met toute son énergie pour gérer sa déficience, elle attend de la société la même volonté d'y remédier. Si les lieux sont accessibles, les formations adaptées, la prise en charge de la déficience effective, il n'y a plus de handicap. Attention aussi aux idées reçues, ce n'est pas parce qu'une personne a un handicap qu'elle est malade ou fragile. Bien au contraire, sa confrontation à un quotidien plus difficile lui a souvent permis de développer des qualités d'endurance, de résistance et des qualités humaines souvent hors du commun.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Wed, 26 Mar 2008 21:57:51 +0100

Bonjour Robert,
Est-ce que vous sauriez si JJK fait des travaux expérimentaux? (cf. possibilité de post-doc en biologie)

Merci. S

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evy

Evy — Mon, 24 Mar 2008 07:47:39 +0100

Merci beaucoup pour l'info Robert. Je vais regarder tout ça dès que ça sera sorti...
Je suis pour le moment trop "overbookée" pour pouvoir me pencher sur le sujet avec suffisamment de concentration mais dès que cette période se calme, je m'y intéresserai avec le plus grand plaisir.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Sun, 23 Mar 2008 15:10:23 +0100

JJK va bientôt publier un nouvel opus sur ses travaux. Il m'a fait l'honneur d'en être le premier lecteur mais il m 'a demandé la discrétion. Donc à suivre, publication à l'automne. Sinon, à l'ENS, s'est tenu fin janvier un colloque passionnant et riche dont l'intitulé était "Le hasard au coeur de la cellule". Les actes de ces colloques sont généralement publiés un an après chez Syllepses. L'année dernière c'était "Modèles, simulations, systèmes" et les actes ont été publiés en février de cette année, toujours chez Syllepses. http://www.syllepse.net/

Est-on handicapé du coeur ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Mon, 17 Mar 2008 08:04:18 +0100

Merci Renata pour ce commetaire...

Je suis bien d'accord sur le fait que le test de l'handi-tolérance veut tout et rien dire. J'ose à penser tout de même que les gens qui tombe sur ce test pourront se remettre en question et se dire "et moi, dans tout ça, suis-je vraiment ce que je crois ? Suis-je tolérant ou n'est-ce qu'une façade ?"

Il est facile je pense de dire "mais moi je n'ai pas de problème avec les handicapés" mais je pense que ce qui compte véritablement est de ne rien dire et d'agir, en intégrant véritablement des collaborateurs et non "un handicapé"...

Je suis aussi d'accord avec le fait que le problème vient plus souvent de l'environnement professionnel direct, des collaborateurs, plutôt que de l'administration. Mais si l'administration ne faisait pas le premier pas, se serait encore plus difficile je pense. Ensuite, c'est une question d'individu, et malheureusement, les idées reçues ont la vie dure, et il faudra du temps pour que les mentalités changent...

Espérons que ça arrive le plus vite possible !

Est-on handicapé du coeur ? - Renata

Renata — Sat, 15 Mar 2008 21:09:07 +0100

Bonsoir Evelyne,

J’ai eu l’occasion, en ma qualité d’Assistante du DG, d’être le lien privilégié entre les Collaborateurs et la Direction.

Je ne voudrai pas paraître pessimiste mais la réalité est bien plus triste que la note du test sur la handi-tolérance. Et parfois le rejet à l’embauche d’une personne handicapée ne vient pas de la Direction ou de l’environnement managérial mais des Collaborateurs eux-mêmes, contrairement à ce qu’on pourrait imaginer.

J’espère sincèrement que ceux qui ont travaillé avec moi dans la dernière société et qui au hasard de leur surf sur Internet auront le loisir de lire votre billet et tous ceux consacrés au handicap, se remettront rapidement en question.

Effectivement, ce qui devrait idéalement compter ce sont les compétences et non notre apparence physique. Il faudra du temps pour que les mentalités évoluent mais plus nous mettrons en lumière les incohérences sociales plus nous aurons de chances de réussir.

Au plaisir de vous lire …

Est-on handicapé du coeur ? - Véronique

Véronique — Thu, 13 Mar 2008 08:58:07 +0100

Merci beaucoup Evelyne de ce billet personnel et analytique (et porteur d'espoir)

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Thu, 13 Mar 2008 05:43:28 +0100

Bonjour Evelyne,
Je partage votre intérêt pour le sujet, même si ça n'est pas (encore) mon domaine de prédilection. Ma thèse porte sur les mécanismes inflammatoires (vaste sujet) dans le cancer et les maladies autoimmunes. Je m'oriente pour ma recherche de post-doc sur des approches globales et transversales en biologie des systèmes (modélisation, émergence, auto-organisation...) : j'aimerais avoir une forte formation en biologie théorique pour à terme travailler dans une équipe pluridisciplinaire.
Je suis également sur la région Rhône-Alpes. Concernant vos recherches, avez-vous été voir du coté de Hélix-bioinformatique?

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 12 Mar 2008 07:49:40 +0100

Merci Robert et S. pour vos commentaires qui font sens... Je ne vois qu'une conclusions à vos commentaires : il va vraiment falloir que je me penche sur les travaux de JJK un peu plus sérieusement.

Il est vrai que je ne fais pas de phylogénie pour le moment, et que donc j'ai laissé ce domaine dans un coin de ma tête. Toutefois, et pour mon plaisir personnel, je vais dès que possible sortir les publi de JJK et comprendre un peu mieux tout son travail...

Merci encore à vous 2...

Pour S., je ne sais pas sur quoi porte exactement votre thèse mais je me ferais un plaisir de communiquer votre mail à qui pourrait vous proposer un post-doc.

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - S.

S. — Tue, 11 Mar 2008 20:26:37 +0100

Bonjour,
Je ne sais pas si c'est un espace de discussion privé...
J'avais assisté il y a 2 ans à la présentation des travaux de JJ Kupiec sur Paris; Après la parution de l'article "Modeling embryogenesis and cancer: an approach based on an equilibrium between the autostabilization of stochastic gene expression and the interdependence of cells for proliferation" dans Prog Biophys Mol Biol. 2005 Sep;89(1):93-120, il parlait d'entamer des validations expérimentales de son modèle de hasard-sélection. Pour ma part, j'ai trouvé tout cela très intéressant.
Quand on parle de la théorie Darwinnienne de l'évolution, on se place à des ères géologiques non accessibles à l'expérimentation, et finalement, même si la théorie fait consensus dans la communauté scientifique, la démarche scientifique de validation reste impossible. C'est peut-être en cela que cette démonstration au niveau moléculaire de la validité ou plutôt "viabilité" du modèle de hasard-sélection est d'un intérêt majeur dans le cadre de la théorie de l'évolution. ... Même si l'on admet que la complexité des êtres vivants n'a d'égal que la complexité des mécanismes mis en jeu.
Ce modèle est aussi très informatif lorsque l'on aborde les mécanismes mis en jeu dans les processus de différentiation cellulaires, l'exemple par excellence étant l'embryogenèse. En fait, en réfléchissant à l'époque à cela, j'y voyais l'explication plausible de certaines observation telles que la différentiation des cellules T, qui à leur état naif expriment les récepteurs de chimiokines et marqueurs de voies de différentiation Th1 ET Th2, puis au fur et à mesure de leur différentiation, se "stabilisent" en réprimant l'une des 2 voies... Y'a pleins d'exemples comme ça.

En fait, je suis en train de finir ma thèse et suis en recherche d'un post-doc avec qq idées de recherches fondamentales, et d'être tombée sur votre site, ben, ça donne qq idées... (Merci). Je laisse mon adresse email au cas où, car je suis intéressée par l'avancée de ses travaux

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Mon, 25 Feb 2008 08:21:18 +0100

Je suis partie sur l'idée du système immunitaire et le billet est en préparation. J'espère le finir dès que possible... Entre aujourd'hui et mercredi :p

Une autre idée pour la semaine prochaine ?

De quoi pourrait-on parler ? - Florent

Florent — Fri, 22 Feb 2008 21:41:36 +0100

J'aime bien l'idée du système immunitaire

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Fri, 22 Feb 2008 14:04:27 +0100

Ok alors je retiens l'idée du système immunitaire pour la semaine prochaine...

De quoi pourrait-on parler ? - Véronique

Véronique — Fri, 22 Feb 2008 10:17:58 +0100

Je me doute Evelyne! Sinon, l'idée que tu proposes sur le système immunitaire est une bonne idée, ça intéresse tout le monde.

De quoi pourrait-on parler ? - Evelyne D.

Evelyne D. — Fri, 22 Feb 2008 08:09:53 +0100

@ John T
************
Euh j'avoue que je pensais recevoir ici des idées moins "technique" et j'avoue aussi ma non-connaissance du sujet proposé. Je peux parler de l'algorithme blast, te dire à quoi sert formadb (à indexer les bases sur lesquelles blast va travailler), mais l'algo de stockage, ça je ne sait pas... mais je peux toujours chercher...

@ Valériane
****************
Ok pour la science, recherche et biologie... Un terme particulier à aborder ?
* un sujet général : qu'est-ce que l'adn ? Comment marche le système immunitaire ?
* un sujet technique : quels sont les analyses de routine en biologie ? Comment déceler une maladie génétique ?

@ Véronique
****************
Désolée, je suis en "recherche" de déco... et j'aime bien le changement...
Promis, ce week-end je vais vraiment réfléchir à la future allure de ce blog. Mais jusqu'à présent, je n'avais pas le temps...

De quoi pourrait-on parler ? - Véronique

Véronique — Thu, 21 Feb 2008 22:23:15 +0100

Idem, comme Valériane.
Merci de penser à nous poser la question Evelyne!
Suis perdue sur ton blog qui est devenu tout sombre

De quoi pourrait-on parler ? - Valériane

Valériane — Thu, 21 Feb 2008 21:42:47 +0100

Moi j'aimerais beaucoup qu'on parle de science, de recherche, de biologie ... mais c'est purement égoïste, c'est parce que ce sont des sujets qui m'intéressent !

De quoi pourrait-on parler ? - John T

John T — Thu, 21 Feb 2008 16:37:30 +0100

Parlez moi de l'algorithme de stockage des sequences par formatdb qui formatte les sequences pour Blast. Comment marche t-il ?

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Robert

Robert — Tue, 19 Feb 2008 08:32:36 +0100

Bonjour,
C'est Véro qui m'a signalé votre blog, afin que je vous dise l'importance de l'informatique dans les travaux de Kupiec. D'abord, et je ne vous apprendrais rien, ils ne le sont pas plus chez lui que dans l'ensemble des recherches en biologie ou autres -voir BleuGene/P le supercalculateur que vient d'acquérir le CNRS-. Dans le cas de Kupiec, comme dans de nombreux cas en recherche fondamentale, l'importance réside dans la possibilité d'élaborer des simulations à partir d'un modèle (c'est bien le travail de BlueGene/P). Je vous renvoies à la publication du colloque annuel de 2007, que nous tenons chaque années à l'ENS. Publié par les éditions Syllepse ; il portait justement sur la modélisation en biologie. Dans le cas de JJK, la simulation informatique élaborée avec un physicien du CNES, a tout simplement permis de "vérifier" la validité du modèle "hasard sélection" et "l'expression stochastique du gène", que JJK trimbale dans sa tête et dans ses travaux depuis 30 ans, sans avoir eu jusque là les moyens financiers de le tester en labo. Je ne vous apprendrais rien en rappelant qu'une simulation informatique ne remplace pas la paillasse et ne peut que permettre l'élaboration d'un protocole expérimental en laboratoire. C'est d'ailleurs ce qui se passe dans plusieurs labos dans le monde, depuis que JJK a publié son article rendant compte des résultats de la simulation. Voilà. Si vous voulez plus d'information sur le travail de JJK, n'hésitez pas à me solliciter.

Travail et valorisation de son travail... - elisabeth

elisabeth — Thu, 14 Feb 2008 14:50:34 +0100

MERCI POUR L´ENCOURAGMENT! J APPRENDRAIS PEU A PEU AV L EXPERIENCE! JE NE RENONCE JAMAIS!!!!! MALGRE LA MOQUERIE ET L INDIFFERENCE! JAMAIS!!!!!!!MAIS JE SUIS SURE DE CE QUE TU AS DIT AUTRE PART ON LES VALORISERAS CES QUALITÉS BONNE JOURNEE!!!

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Véronique

Véronique — Tue, 12 Feb 2008 17:57:08 +0100

Merci Evelyne d'avoir répondu si précisemment.
Oui, je parlais de JJ Kupiec; si tu as l'occasion de le lire, c'est très intéressant; et il travaille avec un informaticien sur la théorie qu'il développe; je ne veux pas te dire de bêtises, je reviendrai avec une info précise!

Travail et valorisation de son travail... - Evelyne D.

Evelyne D. — Tue, 12 Feb 2008 16:33:27 +0100

merci Elisabeth pour ton témoignage...

D'après ce que tu racontes, ça n'a pas l'air d'être la panacée ton travail. Je te souhaite bon courage. Mais ne désespère pas... Si eux ne voient pas les qualités de ton travail et tes qualifications, je suis certaine que d'autres les verront...

Travail et valorisation de son travail... - elisabeth

elisabeth — Tue, 12 Feb 2008 15:59:44 +0100

eh bien voici une argumentation très intéressante et d´actualité, vraiment c´est un débat sur lequel on pouraait parler des heures...à la TV même s´il le faut....personnelement je vis en Espagne et je suis dans une région en manque d´offres de travail....j´ai toujours sélectionner les entreprises mais pas de chance...cris, harcèlement moral..bref maintenant je me rends compte que mes dons je ne peux les utiliser, je parle 4 langues et j´essaie de mettre au service aux entreprises ces qualités, par exemple en ce moment je travaille comme récepcionniste emais réellement on m´utilise comme une vulgaire stagiaire, c´est un contrat de 3 mois de remplacement mais on me prend vraiment pour une bourrique, servir le café, faire les courses, photocopies, petits services de qui me le demande c´est à dire meme la femme de ménage..etc....baisser la tete et ne rien dire, ce matin on m´a dit que j´étais à 60 pour cent de mon travail alors que je fais tout pour m´investir et apporter toujours plus...ils osent me dire que c´est peut etre l´imcomprehension de la langue??? mais c´est injuste car je parle couramment et ils essaient de trouver un moyen pour se débarasser de moi car les collègues savent que 2 directeurs ont su que je parlais les langues et ayant formation universitaire et profesionnelle je pourrais aller plus loin que d´etre la planté a la recepcion...bref ....je continue de chercher autre chose...

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Tue, 12 Feb 2008 08:26:37 +0100

Les calculs de génération d'arbre que je présente ici sont assez anciens, et se fondent sur des méthodes statistiques "anciennes"...

L'inférence bayésienne se base sur le théorème de Bayes qui date de fin 18ème Siècle. Le maximum de vraisemblance a été développé au début du XXème siècle.

Par contre, je ne sais pas de quand date leurs applications à la génération des arbres phylogénétiques, mais je dirais que c'est assez récent, comme la phylogénie. Il faut aussi considéré que je parle ici de méthodes "classiques" et que d'autres sont développées chaque jour...

Ce tout dernier paragraphe était une ouverture, et je simplifie ici grandement les choses... Avec la phylogénie, il est possible de retrouver l'histoire évolutive des protéines. Si on considère un virus qui attaque un homme, des protéines virales sans aucune histoire "humaine" (pas trouver dans le génome de l'homme) pourront être la cible de médicaments. Le résumé est très rapide et les puristes m'en voudront sans doute mais c'était surtout pour indiquer que la phylogénie est une science qui peut aider la médecine, du moins dans une certaine mesure...

Pour Kupiek, est-ce que tu parles de Jean-Jacques Kupiec ? Biologiste ayant écrit sur la théorie de l'évolution ?
Si oui, effectivement, je connais un peu... mais peu... Je crois savoir qu'il propose que le hasard joue un rôle dans l'évolution. Sa théorie est fondée surtout sur le développement embryonnaire, et je n'en ai fait que peu dans mon cursus universitaire. Je dois donc admettre que mes connaissances sont loin d'être suffisantes pour adhérer à l'une des deux parties ici, d'autant plus que je n'ai pas lu les écrits de Kupiec.
Toutefois, je suis partisane du fait que la biologie est loin d'être une science immuable et que c'est par le développement de théories que la science avance... Alors pourquoi pas, à lire ! :D

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien ! - Véronique

Véronique — Tue, 12 Feb 2008 07:34:57 +0100

Passionnant billet.
Juste, deux, trois questions: à quand remontent les programmes utilisés pour obtenir les calculs sur la génération des arbres?
Ton tout dernier paragraphe: je ne comprends pas très bien?
Et enfin, connais-tu les travaux de Kupiek?

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 06 Feb 2008 07:52:08 +0100

Véronique
*************
Pour ce qui est des bases de données "françaises", je ne connais que celles développées au sein même d'un laboratoire pour utilisation personnelle, et encore.
En effet, l'usage veut que tout soit en anglais, à la fois par habitude mais surtout parce que tous les collaborateurs d'une équipe ne sont pas forcément francophones.

Florent
********
Merci beaucoup de ton soutien... J'espère pouvoir développer ce blog de mieux en mieux

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Florent

Florent — Tue, 05 Feb 2008 23:16:43 +0100

Très bon blog, ça fait plaisir d'entendre parler de la bioinformatique.

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Véronique

Véronique — Tue, 05 Feb 2008 18:31:50 +0100

C'est très intéressant, et l'on comprend de mieux en mieux ton métier.
Y-a-t-il des bases de données en français, ou sont-elles toutes en anglais, biology oblige?

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Evelyne D.

Evelyne D. — Mon, 04 Feb 2008 13:13:01 +0100

C'est bien pour cela qu'on parle "biologique" avec des biologistes...
Non, je rigole... Ce n'est pas compliqué, il suffit de bien expliquer les choses, de mettre le temps qu'il faut lors des réunions pour poser les problèmes "techniques" dont la réponse est "biologique".

Globalement, il n'y a pas de problème. Mais il faut de temps en temps se tourner vers de vrai informaticien si le problème à résoudre est véritablement technique.

Ma vie, mon métier.... : Ingénieur bases de données biologiques ! - Julien B.

Julien B. — Mon, 04 Feb 2008 13:09:48 +0100

Je te rassure tout de suite, il n'y a aucun copyright sur mon titre. Tu peux t'en inspirer comme tu veux.

Billet intéressant ^^
Est-ce facile de disucter avec les chercheurs sur des sujets relatifs aux base de données ?
Parce que je me doute que le langage typement "informatique" ne leur est pas compréhensible tout de suite, non?

Travail et valorisation de son travail... - Véronique

Véronique — Wed, 30 Jan 2008 15:36:40 +0100

Oui, bien sûr! Ca arrive heureusement. Moi aussi j'en ai besoin.:) Simplement, je pars du principe qu'il n'y en a pas!

Travail et valorisation de son travail... - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 30 Jan 2008 15:31:40 +0100

Je comprends tout à fait ton point de vue de ne rien attendre des autres. Il est vrai que son travail doit être fait, alors faisons-le...

Mais il est vrai aussi qu'une petite remarque amicale de son entourage professionnel peut être une aide non négligeable. Il ne faut pas non plus tomber dans le piège de souhaiter tout le temps des remarques positives sur son travail. Nous sommes humains et nous avons des faiblesses, des périodes de baisse de régime totalement naturelles... et le travail de son chef est de nous le faire remarquer quand cela dure trop longtemps.

J'avoue que je n'attends pas spécialement de reconnaissance et ce que je reçoit comme reconnaissance est encore plus apprécier. Toutefois, je ne pense pas que je supporterai ne jamais avoir de valorisation de mon travail.

Travail et valorisation de son travail... - Véronique

Véronique — Wed, 30 Jan 2008 09:33:05 +0100

Voilà effectivement un très bon sujet sur lequel, je l'espère le débat va être alimenté.
Ayant travaillé dans beaucoup d'entreprises très différentes, j'ai toujours constaté que la demande de "valorisation" de son travail était une constante.
Combien de fois, ai-je entendu des plaintes à ce sujet, des découragements, entraînant parfois de vraies problématiques dans une équipe.
De part mes fonctions, j'ai souvent été une "courroie de transmission" entre salarié et patron (pour dire les choses vite), essayant de relayer ces demandes, attirer l'attention.
Beaucoup de patrons ont du mal à comprendre; pour eux, le travail est à faire; point. Attention, cela ne les empêche pas d'encourager, mais souvent (dans les PME en tout cas) on ressent très fortement ces demandes, très souvent.
En ce qui me concerne, et c'est vraiment venu de la fréquentation d'entreprises différentes, je n'attends rien. Je fais ce que j'ai à faire; j'écoute et j'encourage l'équipe qui dépend de moi (et ce n'est pas toujours facile de déceler dans la vitesse des choses qui en a besoin et pourquoi). Si vraiment j'ai besoin d'une "valorisation", je vais la chercher directement en en parlant avec mon patron. Mais, sincèrement, même si c'est humain, il n'y a rien à "attendre". C'est peut-être un peu dur; peut-être est-ce une façon de se protéger, mais cela permet de travailler plus sereinement.

Travail et valorisation de son travail... - Julien B.

Julien B. — Wed, 30 Jan 2008 07:44:13 +0100

Très bon sujet !

Il est clair qu'une reconnaissance, si petite soit-elle, est toujours bon à prendre. D'ailleurs, certains "chefs" l'ont bien compris, et font des remarques qui vont dans ce sens.
"C'est grâce à vous que cela fonctionne..." ou encore "Bon travail d'équipe...".
Cependant, il est risqué de faire ce genre compliments trop souvent. Pourquoi ? Parce que si l'employé sent qu'il est "parfait" dans son boulot, il va se complaire et son évolution sera ralentie. C'est pour cette raison qu'à tous les compliments, il faut en plus rajouter "Continuez comme ça" ou encore "Ne vous relâchez pas". Bref une petite ouverture vous signalant que vous avez fait du bon boulot mais qu'on peut toujours faire mieux ! ^^

La bioinformatique, où trouver un emploi ? - Modérateur

Modérateur — Mon, 15 Oct 2007 17:12:35 +0200

Comme quoi, Plugoo est bien utile Merci pour ces éclaircissements !

Moi et mon parcours professionnel - Evelyne D.

Evelyne D. — Wed, 01 Aug 2007 11:31:02 +0200

Effectivement, c'est un peu ça...

On dit souvent de nous que nous sommes ceux qui comprenont le langage des Informaticiens et des Biologistes et que cela permet de faire une passerelle entre les 2 mondes.
C'est tout de même un peu plus compliqué que cela, mais tu as bien résumé les choses...

Oui evidemment j'accepte que tu fasses un lien vers mon blog. J'ai vu le tien et si tu acceptes, je mettrais aussi un lien vers le tien...

A bientôt sur nos blogs respectifs !

Moi et mon parcours professionnel - Julien B.

Julien B. — Tue, 31 Jul 2007 13:57:14 +0200

Parcours professionnel très intéressant !
Je ne connais pas réellement la BioInformatique, mais ce domaine m'a l'air relativement complexe.
Si j'ai bien compris, tu fais le lien entre chercheurs (biologistes de base) et les informaticiens, n'est-ce pas?
En réalité, tu es doublement compétente si j'ai bien suivi !

En tant bonne chance pour la suite !
Je epnse revenir souvent pour voir les évolutions de ce blog.
Si tu acceptes, je peux mettre un lien sur mon blog vers le tien

A la prochaine !