Ingénieur Bioinformaticienne - Tag - qualifications

Le vrai visage de la bioinformatique : le bioinformaticien

Evelyne Duvernois — Fri, 11 Jul 2008 09:22:00 +0200

Suite à mon dernier sondage en date, qui date il vrai de plusieurs semaines, il est apparu à mes lecteurs une envie de découvrir plus profondément mon travail, mes capacités, mes aspirations, bref, ce qui fait de moi une bioinformaticienne.

J'inaugure donc ici une nouvelle catégorie de mon blog à laquelle j'ai rattaché des vieux billets, concernant le vrai visage de la bioinformatique !

Ingénieur Bioinformaticien... Joli nom mais ça veut dire quoi en réalité ? Voilà ce que je vais tenter d'expliquer dans ce billet...

1. Les compétences requises pour faire un bon bioinformaticien

Je le répète souvent dans mes billets, je considère le métier de bioinformaticien comme appartenant à la grande famille des métiers de la biologie. Il faut ici comprendre que le bioinformaticien est celui qui traite l'information de et pour la biologie.

Il n'est pas, à mon sens, un informaticien au sens où la plupart des gens l'entendent. Ce n'est pas la personne que vous recherchez si vous voulez gérez un réseau intranet ou lui faire faire tout ce qu'un informaticien sait faire. Sa plus-value, sa valeur ajoutée pour parler plus français, c'est de véritablement comprendre la biologie. C'est ce qui fait son intérêt et ce qui mérite d'être souligné dans toute offre d'emploi pour la bioinformatique.

En effet, le monde de la biologie est complexe. Ce n'est pas une matière mais un domaine. J'entends par là que la biologie est vaste et que votre voisin peut être biologiste, sans faire le même travaille que vous. De nombreuses thématiques se mélangent, s'entrechoquent et se rencontrent dans le grand monde de la biologie moderne. C'est cette pluralité inhérente à la biologie qui permet la création d'un nombre de données importants. Le bioinformaticien sert à gérer ces données, c'est son travail et sa particularité.

Ainsi, un bon bioinformaticien est à mon sens une personne qualifiée pour comprendre la biologie, comprendre les divers aspects d'une thématique tout en ayant des connaissances nécessaires dans le domaine de recherche, tout en étant capable de développer les outils logiciels, techniques ou statistiques nécessaires pour étudier correctement les données émises.

2. Capacités informatiques

Le bioinformaticien est un biologiste, je le redis encore une fois (c'est juste histoire que ça rentre ! ). Mais quand est-il de ses compétences en informatique ? Je dirais que là, tout dépend de la personne. En effet, on peut se passionner pour la lecture des tutoriaux des langages informatiques ... ou non ! Personnellement, je pense savoir développer dans la mesure de mes compétences. Je suis consciente du fait que certains de mes codes feraient hurler sans doute de véritables informaticiens.
"Ton code n'est pas propre !"... Je n'ai jamais compris comment Monsieur Propre pouvait agir sur un code info...

Ceci étant, je suis je pense à même de mener un projet dont la part informatique est grande. Mon travail est de poser les bases, de concrétiser les idées "biologiques" par un développement informatique. Je fais tout pour que mes codes soient "propres" et optimisés à souhait. Toutefois, le monde de la bioinformatique est aussi couvert par de véritables informaticiens de métiers, qui sont charger de véritablement gérer le côté ultra-technique que requiert la biologie.

Ainsi, tout le monde a sa place et nos travaux respectifs sont inter-dépendants !

Pour parler un peu de moi, mes compétences informatiques vont de la création du simple script en langage tel que python au développement d'application standalone en java. Je touche aussi au développement web avec le php et surtout, pour ce qui est de mon travail actuel, je gère des bases de données en postgresql ou mysql. Je "touche" donc à beaucoup de choses et me perfectionne chaque jour !

J'espère que ce billet vous aura éclairer un peu sur ce qui fait mon métier. Je développerai plus tard les aspects plus concrets pour vous, chers lecteurs, concernant la bioinformatique dans le vie de tous les jours, et la description sans doute d'une de mes journées type. Si vous avez des remarques, comme d'habitude, n'hésitez pas !

Phylogénie et visibilité font bon ménage...

Evelyne Duvernois — Thu, 10 Apr 2008 10:07:00 +0200

Petite annonce aujourd'hui pour grand moment d'augmentation de ma propre visibilité grâce à la publication d'un de mes billets sur le journal en ligne TechnAgora, intitulé La Phylogénie, ou comment remonter le temps grâce à l'ADN... Ce billet a été écrit dans le cadre de ma rubrique "Ma vie, mon métier...", sur le métier de Phylogénéticien et vous avez donc pu déjà le lire en "avant première" sur ce blog.

Je suis ravie que cette collaboration avec TechnAgora ait pu se faire et je vous invite tous à découvrir ou à redécouvrir, ce journal en ligne dédié plus particulièrement à la communauté des ingénieurs, mais ouverts à tous. Merci donc à Technagora pour m'avoir permis de participer à cette édition d'avril.

Est-on handicapé du coeur ?

Evelyne Duvernois — Thu, 13 Mar 2008 08:02:00 +0100

Dans la lignée ouverte par Véronique, la rédaction, et bien d'autres encore, je vais donner ici ma contribution au thème sur le handicap au travail.

Intégration difficile, problème logistique ? Quelle est notre vision du handicap au travail ? Voilà de quoi je me propose de vous parler...

L'handi-tolérance

Le handicap au travail est un thème très intéressant. Sommes-nous réellement handi-tolérant. Voici un petit test dont le lien a déjà été signalé par Sylve lors de son billet Handicap... T'es pas cap ?! pour tester votre handi-tolérance. Voici mes propres résultats :

Votre note : 18.5/20

Véritable intégrateur du handicap, vous êtes aujourd'hui de ceux qui contribuent à un meilleur accueil des personnes handicapées, nous comptons sur vous ! Vous vous engagez et vous refusez l'intolérance. Pour vous, le fait de travailler ensemble n'a plus de secret. Attention n'en faites pas trop, une personne handicapée est une personne comme une autre : elle n'a pas tant besoin d'être assistée que d'être accueillie comme n'importe quel autre salarié.

Rejet du handicap ?

Je pense qu'il est difficile de parler d'un handicap quand on n'en est pas soi-même atteint. Je n'ose pas essayer de comprendre ce que les handicapés ressentent envers un rejet. Toutefois, je connais et côtoie des personnes handicapées et je vois certaines de leur difficulté, en particulier au travail. Que l'on soit valide ou non, cette question de l'intégration des handicapés dans le monde du travail nous préoccupe. Est-on bien sûr de faire le maximum pour leur rendre la vie plus "facile" ? Voulons-nous réellement prendre le taureau par les cornes pour rendre les choses meilleures ?

Je pense ici que cela diffère selon les gens et selon les milieux professionnels. Je suis, pour ma part, heureuse de constater que partout où j'ai travaillé, les handicapés sont plutôt bien étaient intégrés. Les mentalités évoluent-elles ou le monde scientifique est-il plus propice à l'accueil des handicapés ? Mais pourquoi emploie-t-on des handicapés ? Simplement pour faire bien ou pour donner une belle image à l'entreprise ? J'espère sincèrement que non, et j'espère tout autant que ces embauches révèlent une véritable volonté sociale portée sur l'individu employé, et non sur les possibles retombées économiques pour l'entreprise.

En conclusion

Je dirais, pour finir ce billet, que les compétences pour moi priment sur la santé. Pourquoi ne pas donner sa chance à quelqu'un qui est apte, qui est capable, et qui saura parfaitement s'intégrer dans une équipe, dans des méthodes de travail et dans une directive commerciale quelconque ? Pensons un peu que nous aussi, un jour, un accident de la vie pourra nous prendre notre mobilité, ou un de nos sens, pour ne parler que du physique. Devrons-nous alors arrêter de travailler et arrêter toute vie sociale ? Ou préfèrerons-nous que des gens se soient battus pour les handicapés, pour leur intégration... ?

Je pense que la meilleure intégration sera quand on ne se posera plus la question, que tout ira de soit, et que des semaines du handicap au travail, et des billets en rapport sur des blogs se seront plus d'actualité, car tout handicapé sera intégré de manière normale en entreprise, et qu'on ne les mettra plus dans une "classe", dans une "case" qui me parraît à moi, bien restrictive.... Un handicapé, c'est une personne avant tout...
Pour bientôt ? J'espère !

Ma vie, mon métier.... : Phylogénéticien !

Evelyne Duvernois — Mon, 11 Feb 2008 15:21:00 +0100

Pour continuer notre série "Ma vie, mon métier..." débutée ici, je vais vous parler aujourd'hui d'une des facettes que je préfère dans la bioinformatique/génomique : la phylogénie ou comment remonter le temps grâce à l'ADN...

L'ADN, mais qu'est-ce que c'est que cette bête là ???

L'ADN ou Acide DesoxyriboNucléique est une molécule contenue dans toutes les cellules des être vivants, des plantes aux animaux, en passant par les bactéries. Cette molécule a la particularité de détenir ce que nous, biologistes, appelons l'information génétique. En effet, au sein d'une même espèce, par exemple l'homme, l'ADN entre individus est quasi semblable mais possède des différences qui peuvent nous permettre d'identifier un individu plutôt qu'un autre... Seuls des vrais jumeaux ont le même ADN...
L'ADN est constitué de 4 éléments qu'on appele bases azotées : adénine A, thymine T, guanine G et cytosine C... (Il existe une autre base Uracile U mais présente dans une autre molécule appelée ARN...). Ces bases s'associent 2 à 2 (A avec T et G avec C) et forment la structure très connue de l'ADN en double hélice...
Dans les cellules, l'ADN est "transcrit" en ARN (acide RiboNucléique) selon la règle : A donne T, T donne A, C donne U et G donne C...

Les acides aminés maintenant

Je suis sûre que beaucoup d'entres vous ont déjà entendu parler de acides aminés. Ce sont de petites molécules élémentaires, qui sont la base des protéines du corps. La création des acides aminés est régi par un code immuable qu'on appelle "code génétique" et qui permet d'associer une série de 3 bases azotées de l'ARN à un acide aminé...

Le rassemblement de ces acides aminés forment une protéine.

La phylogénie dans tout ça...

La phylogénie est l'art d'étudier les séquences protéines (la succession des acides aminés pour une protéine) au sein de plusieurs espèces pour retracer l'évolution de ces espèces. En effet, il faut considérer ici que les protéines ne sont pas figées. Au cours du temps, et le long d'espèces qui sont apparus, les séquences protéiques ont été modifiées, en remplaçant un acide aminé par un autre, ou encore en supprimant (ou insérant) toute un partie de la séquence.
En étudiant les séquences, les phylogénéticiens peuvent remonter l'histoire de la séquence et donc l'histoire de l'évolution...

Les missions du phylogénéticien

La mission principale est bien évidemment de retracer l'histoire évolutive d'espèces différentes. Mais cela passe par plusieurs étapes :

Récupérer les séquences protéiques : les séquences protéiques sont trouvées soit directement sur des banques de données publiques telles que le NCBI ou UniProtKB. Toutefois, pour certains organismes, les protéines ne sont pas toutes découvertes. On se réfère alors à l'ADN que l'on va traduire en protéine.
Aligner les séquences : Les séquences seules ne suffisent pas. En effet, et du fait des insertions / délétions de parties de séquences (voir plus haut), le phylogénéticien doit aligner toutes les séquences à étudier. Cela passe par des outils automatiques tels que ClustalW mais tout alignement doit être revu à la main.
Lancement des calculs et génération des arbres : Une fois les alignements obtenus, il faut lancer des calculs sur les séquences, calculs régi par des lois de probabilité (maximum de vraisemblance, lois bayésiennes...). Ces calculs permettent d'établir ce qu'on appelle une distance entre les séquences c'est-à-dire définir quelle séquence est plus proche de quelle autre... et ainsi de suite. Une fois ces distances calculées, des logiciels permettent de représenter le résultat sous forme d'arbre...

Interprétation des arbres : Le vrai travail commence à cette étape où le phylogénéticien interprète les résultats et donc les arbres. Suivant les calculs réalisés, les arbres sont différents. Il peuvent représenter une distance évolutive (gamme de temps) ou simplement une topologie (organisation visuelle).

Pourquoi ces études sont-elles importantes ?

L'étude de la phylogénie permet de comprendre comment les protéines ont évoluées, et surtout comment les espèces ont évoluées entre elles. L'idée est souvent que l'évolution est linéaire entre individu et entre protéine. Or, l'étude de la phylogénie montre que ce n'est pas le cas. Elle montre aussi que des protéines évoluent dans une espèce plus vite que d'autres, ce qui est lié à ce qu'on appelle la pression de sélection.
La phylogénie nous permet de comprendre pourquoi certaines protéines ont été sélectionnées par la nature plutôt que d'autres, pourquoi des organismes se sont éteints, pourquoi ils ont une caractéristique physique plutôt qu'une autre.
Plus près de nous, cela nous permet aussi de combattre certaines pathologies en attaquant des protéines ciblées du pathogène (bactérie, virus, parasite...) en sachant que les protéines humaines ne seront pas touchées car différentes...

source du code génétique :
--> google sous la requête "code génétique"
--> récupération sur le site de l'Université de Sherbrooke, relatif à la biochimie des protéines

Un peu d'ouverture...

Evelyne Duvernois — Fri, 08 Feb 2008 13:34:00 +0100

Aujoud'hui est le jour où Véronique a décidé de me consacrer un billet dans sa rubrique des Talents... Je dois bien admettre que sa proposition m'a beaucoup flatté, vu que je ne trouve que j'ai de "Talents" particuliers...
Toutefois, j'ai joué le jeu et je remercie beaucoup Véronique pour l'occasion qu'elle m'a donné de me faire connaître en dehors de mon blog, en dehors de ma région...
Alors Véronique :