ordi bioinfo

En quoi la bioinformatique est utile à la société ? C'est une bonne question, merci de l'avoir poser !

Le bioinformaticien développe des médicaments ? Pas vraiment !
Le bioinformaticien crée de nouveaux logiciels pour le public ? Non plus !
Mais alors, que fait-il véritablement pour notre société ?

Il est relativement difficile à répondre à la question "que fait le bioinformaticien pour nous ?". Le travail du bioinformaticien est en relation avec le monde de la biologie dans son ensemble, sans pour autant être "visible" de l'extérieur. Il est clair que son action influe sur les percées dans certains domaines mais il faut avouer que pour le commun des mortels, vu de l'extérieur, son travail est plutôt abstrait voire illusoire voire inutile (?). Je vais tout de même tenter une présentation des bienfaits apportés par la bioinformatique au monde de la biologie, et donc ayant un intérêt pour tous.
Comment donc répondre à cette question le mieux possible ? Je vais tenter d'aborder des petits exemples dans lesquels l'action d'un bioinformaticien est requise. Peut-être ces exemples vous aideront-ils à mieux percer à jour l'intérêt d'une telle valeur ajoutée pour un laboratoire.

Je pense que vous avez tous toucher à un ordinateur dans votre vie (sinon vous ne seriez pas en train de me lire) et que vous avez tous parcouru des listings de milliers de lignes en quête d'une information X ou Y, que vous avez sans doute dû un jour copier coller des dizaines de fichiers, ou que vous avez déjà perdu votre dossier contenant le rapport hyper important de la réunion du lendemain. C'est "petites" choses sont tout autant présentes en biologie, à ceci près que le volume de données est bien souvent énorme, qu'une traçabilité est nécessaire dans toute expérience et que des tests statistiques doivent valider les résultats. Une répétition des tâches est souvent nécessaires pour obtenir un résultat. La bioinformatique peut aider un biologiste en créant des scripts qui feront ces tâches répétitives sans qu'aucune erreur de copier-coller ne sera produite : pipeline d'alignement de séquences, remplissage automatique de bases de données à partir de fichier ou formulaires (sauvegarde + rangement). Bref, tout ceci augmente de manière considérable la productivité d'un laboratoire puisque des tâches répétitives sans aucun intérêt scientifique peuvent être faites plus vite et mieux via des programmes informatiques.


De plus, et comme précisé précédemment, la biologie nécessite des contrôles soigneux, des vérifications, des contre-expertises, ce qui nécessitent l'utilisation de tests statistiques. Ainsi, les chercheurs peuvent faire appel à des biostatisticiens pour gérer les problèmes mathématiques et assurer un contrôle qualité du produit. Le biostatisticien peut étudier une population, faire des hypothèses d'évolution... et se servir des logiciels spécifiques de manière plus fine que ne le ferait un biologiste avec peu de connaissances en mathématiques probabilistes. Il pourra aussi développer informatiquement des scripts permettant la réalisation automatique d'une chaîne de contrôles statistiques pour valider une expérience.

En outre, en biologie, nous avons souvent à faire face à un problème très ennuyeux : le problème technique ! Souvent, la technique actuelle nous bloque dans nos expériences. En effet, par exemple, pour représenter en 3D une molécule, celle-ci doit être cristallisée puis analysée très précisément. Or, dans de nombreux cas, la cristallisation est impossible. On fait donc appel à des bioinformaticiens qui auront pour tâche d'élaborer une comparaison avec des protéines proches pour "deviner" la structure la plus probable d'une manière statistique. C'est ce qu'on appelle faire de la prédiction de structure. Cela passe par l'étude d'homologues (protéines autres proches de manière évolutive) mais aussi par l'analyse de la séquence des acides-aminés. Ma connaissance du sujet étant faible, j'espère que vous me pardonnerez mes raccourcis.
La prédiction est un travail récurrent pour le bioinformaticien qui travaille souvent sur des données dites "putatives" c'est-à-dire non vérifiées expérimentalement. Personnellement, je crée des données de manière in silico, c'est-à-dire des données informatiques qui collent à la réalité biologique.
C'est aussi ce besoin qui permet aux bioinformaticiens de développer les logiciels de demain !

Enfin, le bioinformaticien est très utile quand il s'agit de mettre en place un partage de connaissances pour toute la communauté scientifique. En effet, la biologie n'est utile que si plusieurs équipes peuvent travailler de manière conjointe, et avoir accès à des logiciels semblables. Pour ce faire, des nombreuses connaissances sont partagées sur la toile via des banques de données publiques, qui permettent d'avoir à disposition les protéines connues pour un organisme donné, les voies métaboliques particulière d'un autre, la structure des protéines, des enzymes, des classifications qui font foi dans la communauté (ontologies GO)... Il n'y a plus de chercheurs fous dans son laboratoire, seul et protégeant ses connaissances. Le monde de la recherche est actuellement à l'ère de la collaboration. On partage et on reconnaît le travail de chacun.

Certes, l'activité réelle du bioinformaticien n'est pas forcément visible pour tout un chacun, mais elle devient vite essentielle au bon déroulement des recherches dans un laboratoire pour automatiser des tâches, vérifier la qualité des produits, développer les nouveaux logiciels et prédire des événements, et surtout partager les connaissances.

En espérant vous avoir éclairer sur mon métier... N'hésitez pas à me poser des questions !