Le latin et la biologie / bioinformatique
Par Evelyne Duvernois le jeudi 24 juillet 2008, 17:49 - Définitions et autres lexicalités - Lien permanent
En biologie comme en médecine, nous utilisons des mots latins pour exprimer notre pensée. Le latin, ça fait pro, ça fait bien mais surtout quand tout le monde comprend ce que l'on dit.
Je vous propose donc un petit medlay de définitions latines couramment utilisé en biologie et en bioinformatique. J'espère que ceci vous permettra de mieux comprendre ma pensée...
La biologie moderne est une science récente mais qui utilise pourtant des termes latins.
Nous pouvons compter parmi ces termes latins tous les noms scientifiques des organismes. En effet, les organismes portent majoritairement le nom que les naturalistes leur ont donné au moment de leur découverte. Il s'avère que la plupart des organismes ont été découverts alors que le latin était élégamment pratiqué par la communauté scientifique. L'habitude est restée...
Je vous fais grâce ici des exemples compliqués qui ne vous diront sans doute rien. Mais je vous le jure, on s'habitue à appeler le riz, celui que vous manger, Oryza sativa. Je trouve ça très joli. La levure ? Saccharomyces cerevisiae. Un que vous connaissez... si si si... Homo sapiens, l'homme ! Ou encore le poulet, Gallus gallus...
Déjà que nous avons la fâcheuse tendance à parler mi-français mi-anglais...
Quand le latin s'en mêle, voilà quelques exemple de ce que cela peut donner :
- In vivo et in vitro
Ces deux termes sont couramment utilisés lors de manipulation, c'est-à-dire d'expériences. On dit qu'une expérience est faite in vivo pour montrer que nous travaillons "dans le vivant" donc à l'intérieur de ou sur l'organisme que l'on étudie. Au contraire, ex vivo ou plus couramment in vitro indique que le travail se faire en dehors du vivant mais "dans le verre" donc dans un milieu artificiel.
- In planta
Ce terme est couramment utilisé dans les laboratoires végétalistes. Sa signification précise le in vivo puisqu'il signifie "dans la plante".
- In situ
Ce terme est utilisé pour indiquer qu'on observe un phénomène "sur place", sans modification, c'est-à-dire dans son milieu d'origine. A la différence de in vivo où l'on étudie un organisme souvent mort, le travail in situ oblige de garder l'intégrité du système étudié, et donc de travailler sur un organisme vivant. Cette définition fait souvent le lien entre un travail in vivo et un travail in vitro.
- In utero
On travaille ici "dans l'uterus" en gestation. On étudie ici un fœtus ou un embryon (l'embryon étant le stade précédent l'embryon dans le développement) directement dans l'utérus de la femelle en gestation. Cette manière de travailler est utilisée souvent en biologie du développement pour comprendre, par exemple, comment se déroule une malformation au cours du développement, ou comprendre les phénomènes entrant en jeu dans une mauvaise gestation.
- In silico
En bioinformatique, nous utilisons d'autres termes. En effet, ne travaillant pas sur du matériel vivant mais avec un ordinateur, nous disons que nous générons des données in silico c'est-à-dire "dans le silicium". Cela indique que nous travaillons grâce à des simulations informatiques.
- De novo
Ce terme indique la nouveauté d'un élément. Il est un peu compliqué d'indiquer une définition fiable à ce terme car il est très utilisé et de manière différente selon les disciplines. En bioinformatique, il indique par exemple une nouvelle structure 3D d'une protéine qu'on a identifié de manière informatique. Je vous propose de vous référer à un pdf de Pharmaterm rédigé par Diane Bouilhac pour de plus amples explications.
- Locus
Le locus d'un gène est l'endroit où il est placé sur le génome. En effet, tous les ATGC et donc les acides aminés sont comptés dans un génome, sur l'ADN des organismes séquencés. Ainsi, on peut indiquer précisément la position d'un gène au sein de tout une génome.
- Consensus
Consensus est un terme courant dans la langue française. En alignement de séquences, on parle de séquences consensus pour désigner la séquence que l'on retrouve dans les deux séquences que l'on aligne.
- Per se
"Per se" est un terme que l'on retrouve parfois dans les publications qui signifie par traduction directe "par soi". Ce terme n'est pas uniquement utilisé dans le milieu de la Recherche et on retrouve parfois ce terme dans les textes de loi.
Je me ferai un plaisir de compléter cette liste si d'autres termes me viennent.
Bonne lecture et bon latin !
EDIT :
Ajout de in situ, in utero
EDIT 2 :
Ajout de in planta
EDIT 3 :
Ajout de per se






Commentaires
Quel talent Evy dans ces billets où tu parles de ton métier!
Je ne connaissais pas in silico. J'avoue que c'est étrange de trouver la coexistence ainsi de l'ancien et du moderne!
J'imagine que le latin permet de garder toute la diversité des organismes sans réinventer de nouveaux termes. J'ignorais aussi in silico (ou avais oublié).
Passionnant !