La bio-analyse, mon nouveau dada
Par Evelyne Duvernois le dimanche 21 juin 2009, 10:26 - Espace recruteurs - Lien permanent
Salut mon ninternaute !
Comme je te l'avais promis, je vais te raconter un peu ma nouvelle vie professionnelle. J'ai eu la chance de trouver rapidement un CDD d'un an à l'INRA de Versailles juste après mon arrivée sur la région parisienne. Outre l'avantage d'avoir trouver un travail et de ne pas avoir l'obligation d'aller voir Paul Pôle, ce nouveau travail va me permettre de me retrouver la bio-analyse, et utiliser l'informatique de la bioinformatique en tant qu'outil et non plus en tant que finalité en soit de mon travail.
Voilà donc l'occasion de vous parler un peu de mon nouvel emploi.
Un nouvel amploi !
Cette aventure commence donc dès le 4 juin 2009, date à laquelle j'ai fait mon entrée à l'Institut Jean-Pierre Bourgin, à la Station de Génétique et d'Amélioration des Plantes de l'INRA de Versailles.
Mon travail est de trouver de nouvelles protéines chez les plantes par un travail de bio-analyse.
La bio-analyse ? mékeskeçé ?
Et là je t'entends déjà mon ninternaute. LA BIO-ANALYSE ? Mékeskeçé ? Mékeskeldi ?
Pour résumer, la bio-analyse, c'est l'analyse des données de la biologie. Bon ok, ça ne change pas beaucoup de la bioinfo, et c'est logique. Je dirais que la bioinfo est plus... informatique. Les projets proposés en bioinfo consistent surtout à développer des logiciels ou bases de données. Les projets de bio-analyse consistent surtout à utiliser les logiciels déjà existants, et les programmes développés sont surtout une aide à l'analyse.
En clair, et appliqué à mon nouveau projet, c'est utiliser tout un tas d'outils pré-existants (et éventuellement en créer moi-même) pour trouver de nouvelle protéine chez Arabidopsis thaliana.
L'arabidopsis est une plante modèle pour la biologie et ressemble à ça :
source : Equipe Cytosquelette du SGAP
Cette petite plante a l'avantage d'avoir son génome décodé. Génome décodé veut dire qu'on a séquencé son ADN, et ça ne veut pas dire qu'on sait à quoi servent les protéines découvertes. Ces protéines sont à disposition dans des bases de données spécifiques (TAIR spécifique d'Arabido) ou non, mais il reste à savoir à quoi ces protéines servent. Un exemple ? Les bases de données regorgent de "hypothetical protein", de "potential protein" , ou pire, de "unknown protein":
source : recherche TAIR - fenêtre coupée
Qu'est-ce que je fais de mes journées
Cela fait à peine 10 jours que j'ai commencé ce nouvel emploi. Mais j'ai déjà commencé à entamer mon projet. Mon travail se résumé à :
- faire des alignements de séquences
- lancer des blasts
- lancer des recherches de motifs
- créer un set complet de données
Tout ces points ne te disent rien, mon ninternaute ? L'explication viendra dans un nouveau billet très prochainement !
Commentaires
Toujours intéressantes les explications sur ton métier ! Bonne course à ton blog et à ton nouveau dada !! Et bienvenue en Ile de France !
Oh oui, quelques explications seront les bienvenues... Et bonne lecture dans les transports... mais cela vaut la peine pour une si jolie plante